Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,921,376 | G→C | 5.7% | intergenic (+87/‑28) | PP_1715 → / → PP_1716 | hypothetical protein/Cro/CI family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 1,921,376 | 0 | G | C | 5.7% | 1236.2 / 44.2 | 365 | intergenic (+87/‑28) | PP_1715/PP_1716 | hypothetical protein/Cro/CI family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (174/169); new base C (11/10); total (185/180) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 371 total aligned reads displayed.
CTGCGCGTGGTCGAGCGCCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGTTTCCAGTGAGGC > NC_002947/1921227‑1921525 | cTGCGCGTGGTCGAGCGCCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATg < 1:4578747/150‑1 (MQ=255) cTGCGCGTGGTCGAGCGCCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATg < 1:7441610/150‑1 (MQ=255) cTGCGCGTGGTCGAGCGCCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATg < 2:1816570/150‑1 (MQ=255) 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2:587665/4‑150 (MQ=255) aggATTACAGCATGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGttt > 1:4018342/2‑150 (MQ=255) ggATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAAGGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGTTTc < 1:8656927/150‑1 (MQ=255) aTTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGTTTCCa < 2:3688982/150‑1 (MQ=255) tACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGTTTCCAGt < 2:40132/150‑1 (MQ=255) tACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCACTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGTTTCCAGt > 1:3690904/1‑150 (MQ=255) 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tGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGTTTCCAGTGAgg > 2:5731861/1‑150 (MQ=255) | CTGCGCGTGGTCGAGCGCCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGTTTCCAGTGAGGC > NC_002947/1921227‑1921525 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |