| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 1,947,358 | 0 | T | A | 5.1% | 700.6 / 15.3 | 244 | intergenic (+44/‑161) | betX/yjcH | choline/betaine/carnitine ABC transporter substrate‑binding protein BetX/inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (116/107); new base A (2/9); total (119/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.31e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.19e-01 | |||||||||||
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
TGGCGAGGTGATGCTGGCGATCCAGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCC‑TTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCTGTGCTGCTA > NC_002947/1947209‑1947507 | ggCGAGGTGATGCTGGCGATCCAGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCC‑TTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTc < 1:3628091/150‑1 (MQ=255) gAGGTGATGCTGGCGATCCAGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCC‑TTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTa < 1:2602745/150‑1 (MQ=255) ggTGATGCTGGCGATCCAGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCC‑TTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACg > 2:4002595/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |