| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 1,958,398 | G→C | 6.2% | T45T (ACC→ACG) ‡ | mnmC ← | methyltransferase/FAD‑dependent oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 1,958,398 | 0 | G | C | 6.2% | 1238.2 / 50.1 | 369 | T45T (ACC→ACG) ‡ | mnmC | methyltransferase/FAD‑dependent oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (164/181); new base C (11/12); total (175/194) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 377 total aligned reads displayed.
ACGCTGACGAAGTGCAGGCGCGCGTCGCTGTGTGCGTGCTGGTCGAACAGCTGCCAGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAAACGCTCGGCCAGGCGGGTCTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCGATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGGGCGGCCCTGGTCGTCCCAGTCGATCTGGGCGTGCTGGAGGAGGGTGGGCATGGTGGGCTCGGTTG > NC_002947/1958249‑1958546 | ccGCTGACGAAGTGCAGGCGCGCGTCGCTGTGTGCGTGCTGGTCGAACAGCGGCCAGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAAACGCTCGGCCAGGCgg < 2:1527450/149‑1 (MQ=255)aCGCTGACGAAGTGCAGGCGCGCGTCGCTGTGTGCGTGCTGGTCGAACAGCTGCCAGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAAACGCTCGGCCAGGCgg < 2:262135/150‑1 (MQ=255) aGTGCAGGCGCGCGTCGCTGTGTGCGTGCTGGTCGAACAGCTGCCAGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAAACGCTCGGCCAGGCGGGTCTGGCCGa < 2:1351024/150‑1 (MQ=255) 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gggTCTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCGATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGGGCGGCCCTGGTCGTCCCAGTCGATCTGGGCGTGCTGGAGGAGGGTGGGCATGGTGGGCTCGGTTg > 1:3269032/1‑150 (MQ=255) | ACGCTGACGAAGTGCAGGCGCGCGTCGCTGTGTGCGTGCTGGTCGAACAGCTGCCAGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAAACGCTCGGCCAGGCGGGTCTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCGATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGGGCGGCCCTGGTCGTCCCAGTCGATCTGGGCGTGCTGGAGGAGGGTGGGCATGGTGGGCTCGGTTG > NC_002947/1958249‑1958546 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |