| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,058,610 | T→C | 5.7% | intergenic (‑18/+48) | PP_1828 ← / ← PP_1829 | hypothetical protein/alpha/beta family hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,058,610 | 0 | T | C | 5.7% | 1351.2 / 42.6 | 422 | intergenic (‑18/+48) | PP_1828/PP_1829 | hypothetical protein/alpha/beta family hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (170/226); new base C (14/10); total (184/238) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 424 total aligned reads displayed.
GCTGCGGTCGGTCGGCAGTGCTGCCAGGCGTAGCAGCTGGAAATGTTCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGCTGCTGGCTCAT > NC_002947/2058464‑2058759 | gcGGTCGGTCGGCAGTGCTGCCAGGCGTAGCAGCTGGAAATGTTCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCct < 2:6134539/150‑1 (MQ=255) ggtcggtcGGCAGTGCTGCCAGGCGTAGCAGCTGGAAATGTTCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCctgc < 2:2296443/150‑1 (MQ=255) gtcggtcgGCAGTGCTGCCAGGCGTAGCAGCTGGAAATGTTCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCctgct < 2:6014011/150‑1 (MQ=255) cggtcggCAGTGCTGCCAGGCGTAGCAGCTGGAAATGTTCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGt > 1:1000580/1‑150 (MQ=255) ggtcggCAGTGCTGCCAGGCGTAGCAGCTGGAAATGTTCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTa < 2:5117214/150‑1 (MQ=255) tcggCAGTGCTGCCAGGCGTAGCAGCTGGAAATGTTCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATc < 2:743847/150‑1 (MQ=255) ggCAGTGCTGCCAGGCGTAGCAGCTGGAAATGTTCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCgg > 1:5115215/1‑150 (MQ=255) ggCAGTGCTGCCAGGCGTAGCAGCTGGAAATGTTCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCgg > 1:2765529/1‑150 (MQ=255) 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aGGCGTAGCAGCTGGAAATGTTCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCCATGCCTGCCGATACAGCAGGCATAGCTg < 1:7207225/150‑1 (MQ=255) ggCGTAGCAGCTGGAAATGTTCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTga < 1:6021122/150‑1 (MQ=255) ggCGTAGCAGCTGGAAATGTTCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCCGATACAGCAGGCATAGCTga < 2:5630530/150‑1 (MQ=255) ggCGTAGCAGCTGGAAATGTTCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCCATGCCTGCCGATACAGCAGGCATAGCTga < 1:4143314/150‑1 (MQ=39) gCGTAGCAGCTGGAAATGTTCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCGGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCCATGCCTGCCGATACAGCAGGCATAGCTgag < 2:4692959/150‑1 (MQ=38) 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ggCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTcg > 2:2252548/1‑150 (MQ=255) ggCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTcg < 1:8742143/150‑1 (MQ=255) gCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTcgc > 1:6905905/1‑150 (MQ=255) tcaggtcTCAGCCATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTcgcg > 1:5265595/7‑150 (MQ=255) ttGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCgcgc > 1:1224548/1‑150 (MQ=255) tGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCgct < 1:4432096/150‑1 (MQ=255) ggtcTCAGCCATGCCTGCCGATACAGCAGGCATAGCTGAGGCCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCgctg > 1:7234976/4‑150 (MQ=38) tCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGCTGCTgg > 2:4790575/1‑150 (MQ=255) tCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGCTGCTgg > 2:3657718/1‑150 (MQ=255) tCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGCTGCTgg > 2:1905116/1‑150 (MQ=255) tCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGCTGCTgg < 1:848188/150‑1 (MQ=255) tCAGCCATGCCTGCCGATACAGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGCTGCTgg > 1:2042266/1‑150 (MQ=255) tCAGCCATGCCTGCCGATACAGCAGGCATAGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGCTGCTgg > 1:1393971/1‑150 (MQ=39) tCAGCCATGCCTGCCGATACAGCAGGCATAGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGCTGCTgg > 2:91972/1‑150 (MQ=39) aGCCATGCCTGCCGATACAGCAGGCATAGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGCTGCTGGCt > 1:3714700/1‑150 (MQ=255) | GCTGCGGTCGGTCGGCAGTGCTGCCAGGCGTAGCAGCTGGAAATGTTCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGCTGCTGGCTCAT > NC_002947/2058464‑2058759 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |