| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,058,625 | 0 | G | A | 5.7% | 1294.8 / 40.1 | 405 | intergenic (‑33/+33) | PP_1828/PP_1829 | hypothetical protein/alpha/beta family hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (172/210); new base A (13/10); total (185/220) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 424 total aligned reads displayed.
GGCAGTGCTGCCAGGCGTAGCAGCTGGAAATGTTCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGCTGCTGGCTCATGCCCTTGGGGCTGAT > NC_002947/2058477‑2058774 | ggCAGTGCTGCCAGGCGTAGCAGCTGGAAATGTTCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCgg > 2:2938527/1‑150 (MQ=255) gCAGTGCTGCCAGGGGTAGCAGCTGGAAATGTTCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCGTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCggc > 2:5160945/1‑150 (MQ=255) gCAGTGCTGCCAGGCGTAGCAGCTGGAAATGTTCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCggc < 1:2986068/150‑1 (MQ=255) 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tcaggtcTCAGCCATGCCTGCCGATACAGCAGGCATAGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTcgcg > 1:5625873/7‑150 (MQ=38) cTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTcgcg > 1:454043/1‑150 (MQ=255) tGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCgct < 1:4432096/150‑1 (MQ=255) ggtcTCAGCCATGCCTGCCGATACAGCAGGCATAGCTGAGGCCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCgctg > 1:7235251/4‑150 (MQ=38) tCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCgctgc < 1:7770658/150‑1 (MQ=255) cTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGctgctg < 1:5356856/150‑1 (MQ=255) tCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGCTGCTgg > 1:1008141/1‑150 (MQ=255) tCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGCTGCTgg > 2:4383982/1‑150 (MQ=255) aGCCATGCCTGCCGATACAGCAGGCATAGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGCTGCTGGCt > 1:3714700/1‑150 (MQ=255) aGCCATGCCTGCCGATACAGCAGGCATAGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGCTGCTGGCt > 1:2257352/1‑150 (MQ=255) cTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATTGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGCTGATGGCTCa < 2:273244/150‑1 (MQ=255) tATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGCTGCTGGCTCAt < 1:2006880/150‑1 (MQ=255) tGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGCTGCTGGCTCATGc > 2:6025312/1‑150 (MQ=255) ccTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGCTGCTGGCTCATGccc > 2:5761548/1‑150 (MQ=255) ctgTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGCTGCTGGCTCATGCCCTTgg < 2:4678616/150‑1 (MQ=255) ctgTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGCTGCTGGCTCATGCCCTTgg > 2:771306/1‑150 (MQ=255) tgTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGCTGCTGGCTCATGCCCTTggg < 1:3479065/150‑1 (MQ=255) tgTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGCTGCTGGCTCATGCCCTTggg < 1:1041875/150‑1 (MQ=255) tATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGCTGCTGGCTCATGCCCTTGGGGc > 2:7343403/1‑150 (MQ=255) tATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGCTGCTGGCTCATGCCCTTGGGGc > 1:2816887/1‑150 (MQ=255) tCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGCTGCTGGCTCATGCCCTTGGGGCTg > 2:2154628/1‑150 (MQ=255) | GGCAGTGCTGCCAGGCGTAGCAGCTGGAAATGTTCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGCTGCTGGCTCATGCCCTTGGGGCTGAT > NC_002947/2058477‑2058774 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |