| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,062,803 | A→T | 5.8% | intergenic (+27/+101) | PP_1832 → / ← PP_1833 | oxidase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,062,803 | 0 | A | T | 5.8% | 997.6 / 2.7 | 324 | intergenic (+27/+101) | PP_1832/PP_1833 | oxidase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (141/150); new base T (15/3); total (169/155) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.01e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 336 total aligned reads displayed.
GTTGAGTTGGGTGATACACCGTTTTGCCTGGCGTTGCGCTTGTATGGCAGCGAGCAGGGCATGCAGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCCGGCCGCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAGGCAATACACCCCTCAGCGGTAGGTCGGCAAGGCAAACCGCTGCTGGCTCTGCAGCATCGAG > NC_002947/2062654‑2062952 | ctgtcctgggcgatcagtgccatccgtcgtgacctggccgaagaggccagtgaattgccggtcatctcgatgctgcagagccagcagcggtttgccttgccgacctaccgctgaggggtgtattgcctgaactggcctCTTCGCGGGTG‑a > 2:674445‑M1/139‑150 (MQ=255) tgtcctgggcgatcagtgccatccgtcgtgacctggccgaagaggccagtgaattgccggtcatctcgatgctgcagagccagcagcggtttgccttgccgacctaccgctgaggggtgtattgcctgaactggcctCTTCGCGGGTG‑aa < 1:6670346‑M1/13‑1 (MQ=255) tgtcctgggcgatcagtgccatccgtcgtgacctggccgaagaggccagtgaattgccggtcatctcgatgctgcagagccagcagcggtttgccttgccgacctaccgctgaggggtgtattgcctgaactggcctCTTCGCGGGTG‑aa > 1:3464851‑M1/138‑150 (MQ=255) gtcctgggcgatcagtgccatccgtcgtgacctggccgaagaggccagtgaattgccggtcatctcgatgctgcagagccagcagcggtttgccttgccgacctaccgctgaggggtgtattgcctgaactggcctCTTCGCGGGTG‑AAc > 2:1110474‑M1/137‑150 (MQ=255) tcctgggcgatcagtgccatccgtcgtgacctggccgaagaggccagtgaattgccggtcatctcgatgctgcagagccagcagcggtttgccttgccgacctaccgctgaggggtgtattgccttaactggcctCTTCGCGGGTG‑AAcc < 2:4241391‑M1/15‑1 (MQ=255) tcctgggcgatcagtgccatccgtcgtgacctggccgaagaggccagtgaattgccggtcatctcgatgctgcagagccagcagcggtttgccttgccgacctaccgctgaggggtgtattgcctgaactggcctCTTCGCGGGTG‑AAcc > 1:8336511‑M1/136‑150 (MQ=255) gAGTTGGGTGATACACCGTTTTGCCTGGCGTTGCGCTTGTATGGCAGCGAGCAGGGCATGCAGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCCGGCCGCTTCGCGGGTG‑AACC < 1:4559922‑M1/150‑1 (MQ=255) gAGTTGGGTGATACACCGTTTTGCCTGGCGTTGCGCTTGTATGGCAGCGAGCAGGGCATGCAGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCCGGCCGCTTCGCGGGTG‑AACC < 1:5207436‑M1/150‑1 (MQ=255) gAGTTGGGTGATACACCGTTTTGCCTGGCGTTGCGCTTGTATGGCAGCGAGCAGGGCATGCAGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGC‑GGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCCGGCCGCTTCGCCGGGG‑GACCC > 1:3146389‑M1/1‑150 (MQ=255) gTTGGGTGATACACCGTTTTGCCTGGCGTTGCGCTTGTATGGCAGCGAGCAGGGCATGCAGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCCGGCCGCTTCGCGGGTGTAACCC > 1:6368179‑M1/1‑150 (MQ=255) ctgggcgatcagtgccatccgtcgtgacctggccgaagaggccagtgaattgccggtcatctcgatgctgcagagccagcagcggtttgccttgccgacctaccgctgaggggtgtattgcctgaactggccgCTTCGCGGGTG‑AACCCg > 2:8284506‑M1/134‑150 (MQ=255) ttGGGTGATACACCGTTTTGCCTGGCGTTGCGCTTGTATGGCAGCGAGCAGGGCATGCAGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCCGGCCGCTTCGCGGGTG‑AACCCGC < 1:8636200‑M1/150‑1 (MQ=255) ttGGGTGATACACCGTTTTGCCTGGCGTTGCGCTTGTATGGCAGCGAGCAGGGCATGCAGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCCGGCCGCTTCGCGGGTG‑AACCCGC > 2:693824‑M1/1‑150 (MQ=255) tgggcgatcagtgccatccgtcgtgacctggccgaagaggccagtgaattgccggtcatctcgatgctgcagagccagcagcggtttgccttgccgacctaccgctgaggggtgtattgcctgaactggcctCTTCGCGGGTG‑AACCCGc > 1:7849604‑M1/133‑150 (MQ=255) gggcgatcagtgccatccgtcgtgacctggccgaagaggccagtgaattgccggtcatctcgatgctgcagagccagcagcggtttgccttgccgacctaccgctgaggggtgtattgcctgaactggcctCTTCGCGGGTG‑AACCCGCt < 2:7956240‑M1/19‑1 (MQ=255) ggcgatcagtgccatccgtcgtgacctggccgaagaggccagtgaattgccggtcatctcgatgctgcagagccagcagcggtttgccttgccgacctaccgctgaggggtgtattgcctgaactggcctCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTc < 2:3908644‑M1/20‑1 (MQ=255) ggTGATACACCGTTTTGCCGGGCGTTGCGCTTGTATGGCAGCGAGCAGGGCATGCAGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCCGGCCGCTTCGCGGGTT‑CACCCGCgaa < 1:4833653‑M1/150‑4 (MQ=255) tGATACACCGTTTTGCCTGGCGTTGCGCTTGTATGGCAGCGAGCAGGGCATGCAGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCCGGCCGCTTCGCGGGTG‑TACCCCCACCTA > 2:4553704‑M1/1‑150 (MQ=255) gatcagtgccatccgtcgtgacctggccgaagaggccagtgaattgccggtcatctcgatgctgcagagccagcagcggtttgccttgccgacctaccgctgaggggtgtattgcctgaactggcctCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTa < 2:7175615‑M1/23‑1 (MQ=255) atcagtgccatccgtcgtgacctggccgaagaggccagtgaattgccggtcatctcgatgctgcagagccagcagcggtttgccttgccgacctaccgctgaggggtgtattgcctgaactggcctCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTAc > 2:5417469‑M1/127‑150 (MQ=255) atcagtgccatccgtcgtgacctggccgaagaggccagtgaattgccggtcatctcgatgctgcagagccagcagcggtttgccttgccgacctaccgctgaggggtgtattgcctgaactggcctCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTAc > 1:441808‑M1/127‑150 (MQ=255) aTACACCGTTTTGCCTGGCGTTGCGCTTGTATGGCAGCGAGCAGGGCATGCAGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCCGGCCGCTTCGCGGGTG‑AAACCGCTCCTACa > 2:7994966/1‑150 (MQ=255) acacCGTTTTGCCTGGCGTTGCGCTTGTATGGCAGCGAGCAGGGCATGCAGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCCGGCCGCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACAtt < 2:5846057/150‑1 (MQ=255) 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ttGTATGGCAGCGAGCAGGGCATGCAGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCCGGCCGCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGggcggc < 2:316878/150‑1 (MQ=255) ttGTATGGCAGCGAGCAGGGCATGCAGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCCGGCCGCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGggcggc < 1:5076877/150‑1 (MQ=255) ttGTATGGCAGCGAGCAGGGCATGCAGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGGAATCGCATTGCCGGCCGCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGggcggc < 2:2238569/150‑1 (MQ=255) gtgtGGCAGCGAGCAGGGCATGCAGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCCGGCCGCTTCGCGGGTG‑TACCCCCACCTACAATTACAGCGCGAAGCCGAACGGCGgcgc > 2:6670336/4‑150 (MQ=255) tATGGCAGCGAGCAGGGCATGCAGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCCGGCCGCTTCGCGGGTG‑TACCCCCACCCACAATTACATCGCGATGCCAAAAGGCGGCGCa > 1:6473683/1‑150 (MQ=255) 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tGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCCGGCCGCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAgg < 2:195839/150‑1 (MQ=255) gcgGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACgaccgacggttgcgccgcccttaggcatcgcgcagtcaatgtaggagcgg < 1:3243760‑M1/120‑51 (MQ=255) aTTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCCGGCCGCTTCGCGGGGG‑GAACCCCCCCAAAAATTTCGGCGCGATTCCGAAAGGCGGCGCAACCCGCGGTCGGGGGGGCGGGTGGACCCCCCCAGAGGCCAGTTCAGGGAAAACAcc > 2:353378/1‑150 (MQ=255) tttCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCCGGCCGCTTCGCGGGTG‑AACCCGAACCAACATTCACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTAGGAGCGGGTACACCCGCGAAGAGGCCAGATCAGGCAATACAccc < 1:2889530/150‑1 (MQ=255) ttCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCCGGCCGCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCgtaggagcgggttcac > 2:5919474‑M2/1‑102 (MQ=255) ttGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCCGGCCGCTTCGCGGGGG‑GAACCGCTCCTACAATTTCTGGGCGCTGGCTGAGGGCGGCGCCACCCGCGGGGGGAGGGGCGGGGTGACCCCCGGACAGGCCCCGGCAGGCAAAACACCCcaca > 2:7443258/1‑150 (MQ=255) tCGACGAGCTGTAATCGCATTGCCGGCCGCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAGGCAATACACCCCTCAGCGGTa < 2:3762644/150‑1 (MQ=255) tCGACGAGCTGTAATCGCATTGCCGGCCGCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAGGCAATACACCCCTCAGCGGTa < 2:1258364/150‑1 (MQ=255) ccgaGCTGTAATCGCATTGCGGGCCGCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTACGGGCGGCGCAACGGTCGGTCGTAGGAGGGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAGGCAATACACCCCTCAGCGGTAGGt < 1:2562193/149‑1 (MQ=255) acgaGCTGGAATCGCATTGCCGGCCGCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAGGCAATACACCCCTCAGCGGTAGGt < 2:8734697/150‑1 (MQ=255) aGCTGTAATCGCATTGCCGGCCGCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAGGCAATACACCCCTCAGCGGTAGGTCgg < 2:5033895/150‑1 (MQ=255) ttGTAATCGCTTTGCGGGCCGCTTCGGGGGTG‑AACCCGCTCCTACTTTGACTGCGCGATGCCTACGGGCGGCGAAACCGTCGGTCGTAGGAGCGGTTACACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAGGCAATACACCCCTCAGCGGTAGGTCggca < 1:6918565/149‑1 (MQ=255) tAATCGCATTGCCGGCCGCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACATTGCCTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAGGCAATACACCCCTCAGCGGTAGGTCggcaagg < 1:7161221/150‑1 (MQ=255) ttGCCGGCCGCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCAACAATGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTATGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCAGTTCAGGCAAAACACCCCTCAGCGGGAGGTCGGCAAGGCAAACCgc > 2:6552575/1‑150 (MQ=255) cggccgCTGCGGGGGTG‑AACCCGCTCCTACCTTGACGGCGCGATGCCTATGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTAGGAGCGGGTACACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAGGCAATACACCCCTCAGCGGTAGGTCGGCAAGGCAAACCgctgct < 1:4163429/150‑1 (MQ=255) gccgCGTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACAGTGCCTGGGCGATGCCTACGGGCGGCGCACCCGTGGGTCGTCGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAGGCAATACACCCCTCAGCGGTAGGTCGGCAAGGCAAACCGCTGCTgg < 1:5690791/150‑1 (MQ=255) cgggggTT‑ACCCCGCTCCTACATTGACTGCGCGTGGCCTATGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTAGGCGGGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAGGCAATACACCCCTCAGCGGTAGGTCGGCAAGGCAAACCGCTGCTGGCTCTgca < 1:5944730/147‑1 (MQ=255) gcgGGTG‑AACCCGCTCCTACgaccgacggttgcgccgcccttaggcatcgcgcagtcaatgtaggagcgggttcacccgcgaagcggcctgccctgcgattacagctcgtcgataccaagaaatgcccgcgcagtcacagcgcccgtaaa > 2:8248980‑M1/1‑20 (MQ=255) GCGGGGG‑ACCCCGCTCCTACATTGACTGCGCGAGGCCAACGGGCGGCCCACCCGCCGGTCGTAGGCGCGGGTACACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAGGCAATACACCCCTCAGCGGTAGGTCGGCAAGGCAAACCGCTGCTGGCTCTgcag > 1:5285577‑M1/1‑150 (MQ=255) cgGGTG‑AACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagcggccggcaatgcgattacagctcgtcgataccaagaaatgcccgcgcagtcacatcgcccgtaaac < 1:361585‑M2/150‑92 (MQ=255) GGGTG‑AACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAGGCAATACACCCCTCAGCGGTAGGTCGGCAAGGCAAACCGCTGCTGGCTCTgcagca < 1:8105707‑M1/150‑1 (MQ=255) ggTG‑AACCCGCTCCTACgaccgacggttgcgccgcccttaggcatcgcgcagtcaatgtaggagcgggttcacccgcgaagcggccggcaatgcgattacagctcgtcgataccaagaaatgcccgcgcagtcacatcgcccgtaaaccg > 2:7264331‑M1/1‑17 (MQ=255) GTG‑AACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAATTCAGGCAATACACCCCTCAGCGGTAGGTCGGCAAGGCAAACCGCTGCTGGCTCTGCAGCATc > 1:682387‑M1/1‑150 (MQ=255) g‑AACCCGCTCCTACgaccgacggttgcgccgcccttaggcatcgcgcagtcaatgtaggagcgggttcacccgcgaagcggccggcaatgcgattacagctcgtcgataccaagaaatgcccgcgcagtcacatcgcccgtaaaccgcgc > 1:8421715‑M1/1‑14 (MQ=255) AACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAGGCAATACACCCCTCAGCGGTAGGTCGGCAAGGCAAACCGCTGCTGGCTCTGCAGCATCgag > 2:6836798‑M1/1‑150 (MQ=255) AACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGAGGCCTACGGGCGGCGCAACCGTCGGTCTTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAGGCAATACACCCCTCAGCGGTAGGTCGGCAAGGCAAACCGCTGCTGGCTCTGCAGCATCgag > 1:4587390‑M1/1‑150 (MQ=255) AACCCGCCCCAACTTGGACTGCGCGATGCCTACGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTCGGAGCGGGTCCCCCCGCGAAGAGGCCAGTTCAGGCAATACACCCCTCAGCGGTAGGTCGGCAAGGCAAACCGCTGCTGGCTCTGCAGCATCgag > 1:2503342‑M1/1‑150 (MQ=255) | GTTGAGTTGGGTGATACACCGTTTTGCCTGGCGTTGCGCTTGTATGGCAGCGAGCAGGGCATGCAGGCGCGGTTTACGGGCGATGTGACTGCGCGGGCATTTCTTGGTATCGACGAGCTGTAATCGCATTGCCGGCCGCTTCGCGGGTG‑AACCCGCTCCTACATTGACTGCGCGATGCCTAAGGGCGGCGCAACCGTCGGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAGTTCAGGCAATACACCCCTCAGCGGTAGGTCGGCAAGGCAAACCGCTGCTGGCTCTGCAGCATCGAG > NC_002947/2062654‑2062952 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |