| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,068,200 | 0 | G | A | 17.4% | 552.2 / 93.7 | 236 | intergenic (+65/‑142) | PP_1838/PP_1839 | membrane protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (94/97); new base A (14/25); total (108/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.62e-02 | |||||||||||
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
AAGAAGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGC‑‑GGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGA > NC_002947/2068052‑2068349 | aagaagCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGC‑‑GGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGa > 2:2645690/1‑150 (MQ=255)aagaagCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGC‑‑GGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCAGTGCACAGGGTTCGGa > 2:5786568/1‑150 (MQ=255) gaagCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGC‑‑GGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCAATGCACCGGGTTCGGAcc > 1:4368085/1‑150 (MQ=255) 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gACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAaga > 1:8014065/1‑150 (MQ=255) | AAGAAGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGC‑‑GGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCCTGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGA > NC_002947/2068052‑2068349 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |