| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,083,267 | G→C | 6.5% | intergenic (+60/+55) | PP_1853 → / ← PP_1854 | LysR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,083,267 | 0 | G | C | 6.5% | 577.5 / 2.0 | 225 | intergenic (+60/+55) | PP_1853/PP_1854 | LysR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (108/97); new base C (5/9); total (119/106) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
GCAAGACCCGGGCGTTCATCGATTTTGTGGTGGAGCAGTTTGCCGAGCAGGGGCTGGCGGGGCGGTTCGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTC‑GCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGG‑CCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTGCCCCAGCGGCGATCGTG > NC_002947/2083119‑2083416 | gCAAGACCCGGGCGTTCATCGATTTTGTGGTGGAGCAGTTTGCCGAGCAGGGGCTGGCGGGGCGGTTCGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTC‑GCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGCTAACACAGc > 1:4884776/1‑150 (MQ=255) aaGACCCGGGCGTTCATCGATTTTGTGGTGGAGCAGTTTGCCGAGCAGGGGCTGGCGGGGCGGTTCGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTC‑GCGGGCCCGCCCCCACCCCCAGGGATATAACAAccc > 1:6303100/1‑150 (MQ=255) ccGGGCGTTCATCGATTTTGTGGTGGAGCAGTTTGCCGAGCAGGGGCTGGCGGGGCGGTTCGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTC‑GCGGGCCCGCCCGCACCCACACGGATATCACAGcccacaag > 2:8165190/1‑145 (MQ=255) 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gCCCTGAAGACAGTGGGGTCCTGGGGGGCGGGGGGGGG‑CCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTGCCCCAGCGGCGATCGTg < 1:5444559/150‑1 (MQ=255) | GCAAGACCCGGGCGTTCATCGATTTTGTGGTGGAGCAGTTTGCCGAGCAGGGGCTGGCGGGGCGGTTCGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTC‑GCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGG‑CCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTGCCCCAGCGGCGATCGTG > NC_002947/2083119‑2083416 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |