| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,083,278 | A→C | 10.9% | intergenic (+71/+44) | PP_1853 → / ← PP_1854 | LysR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,083,278 | 0 | A | C | 10.9% | 571.4 / 2.9 | 253 | intergenic (+71/+44) | PP_1853/PP_1854 | LysR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (123/72); new base C (4/30); total (128/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.26e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
GGCGTTCATCGATTTTGTGGTGGAGCAGTTTGCCGAGCAGGGGCTGGCGGGGCGGTTCGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTC‑GCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGG‑CCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTGCCCCAGCGGCGATCGTGGGGTAATCACC > NC_002947/2083129‑2083427 | cGTTCATCGTTTTTGTGGTGGAGCAGTTTGCAGAGCAGGGGCTGGCGGGGCGGTTCGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTC‑GCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACAGt < 1:5518738/150‑1 (MQ=255) aTCGATTTTGTGGTGGAGCAGTTTGCCGAGCAGGGGCTGGCGGGGCGGTTCGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTC‑GCGGGCCCGCCCGCACCCCCAGGGATATAACAGCCCAGAAGACAGTGGGGt > 1:1429268/1‑150 (MQ=255) aTCGATTTTGTGGTGGAGCAGTTTGCCGAGCAGGGGCTGGCGGGGCGGTTCGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTC‑GCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATATCACAGCCCTGAAGAAAGTGGGGt > 2:1381241/1‑150 (MQ=255) 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aGCCCTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGG‑CCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTGCCCCAGCGGCGATCGt > 2:5604689/1‑150 (MQ=255) ccccTGATGACCGGGGGGTCCTGGTGGGAGGGGGCGGG‑CCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTGCCCCAGCGGCGATCGTg < 1:4603486/149‑1 (MQ=255) cccTGAAGACCGGGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGG‑CCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGACACTGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTGCCCCAGCGGCGATCGTgg < 2:6343964/150‑1 (MQ=255) ccTGAAGACCGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGG‑CCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGACAATGAACGAGACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTGCCCCAGCGGCGATCGTggg < 2:7135077/150‑1 (MQ=255) ccTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGG‑CCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTGCCCCAGCGGCGATCGTggg > 2:757959/1‑150 (MQ=255) ccTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGG‑CCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTGCCCCAGCGGCGATCGTggg < 2:4884776/150‑1 (MQ=255) cTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGG‑CCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTGCCCCAGCGGCGATCGTgggg > 2:7958609/1‑150 (MQ=255) cTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGG‑CCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATAGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTAGCCCAGCAGTTGCTGCCCCAGCGGCGATCGTgggg > 1:5685586/1‑150 (MQ=255) tGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGG‑CCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTGCCCCAGCGGCGATCGTGGGGt > 2:4095827/1‑150 (MQ=255) tGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGG‑CCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTGCCCCAGCGGCGATCGTGGGGt > 2:7759701/1‑150 (MQ=255) tGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGG‑CCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTGCCCCAGCGGCGATCGTGGGGt > 2:2204827/1‑150 (MQ=255) tGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGG‑CCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTGCCCCAGCGGCGATCGTGGGGt > 2:8432275/1‑150 (MQ=255) gACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGG‑CCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTGCCCCAGCGGCGATCGTGGGGTAATc > 2:3111148/1‑150 (MQ=255) gACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGG‑CCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTGCCCCAGCGGCGATCGTGGGGTAATc > 1:4511708/1‑150 (MQ=255) aCAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGG‑CCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTGCCCCAGCGGCGATCGTGGGGTAATCa > 1:8560227/1‑150 (MQ=255) aGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGG‑CCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTGCCCCAGCGGCGATCGTGGGGTAATCAcc > 1:998868/1‑150 (MQ=255) | GGCGTTCATCGATTTTGTGGTGGAGCAGTTTGCCGAGCAGGGGCTGGCGGGGCGGTTCGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTC‑GCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACAGTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGG‑CCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATCCACCCGCTTGCCCAGCAGTTGCTGCCCCAGCGGCGATCGTGGGGTAATCACC > NC_002947/2083129‑2083427 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |