| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 199,681 | G→C | 5.7% | V1729V (GTG→GTC) | PP_0168 → | putative surface adhesion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 199,681 | 0 | G | C | 5.7% | 1027.1 / 38.6 | 316 | V1729V (GTG→GTC) | PP_0168 | putative surface adhesion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (138/159); new base C (8/10); total (147/169) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
GACGCTGGCCAGATCAGCTTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCTGCATTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACTGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACGGGCTCGGCGACTGCA > NC_002947/199532‑199828 | cGCTGGCCAGATCAGCTTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCTGCATTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGAc < 1:3946808/150‑1 (MQ=255) cGCTGGCCAGATCAGCTTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCTGCATTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGAc < 1:8379481/150‑1 (MQ=255) gCTGGCCAGATCAGCTTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCTGCATTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGAcc < 1:6487360/150‑1 (MQ=255) cTGGCCAGATCAGCTTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCTGCATTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTCACCg < 1:3625633/150‑1 (MQ=255) tGGCCAGATCAGCTTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCTGCATTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGa > 1:4046466/1‑150 (MQ=255) tGGCCAGATCAGCTTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCTGCATTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGa > 1:5136542/1‑150 (MQ=255) aGATCAGCTTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCTGCATTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CCGCCTTCGGTCACCGAAggg < 2:2110736/150‑2 (MQ=255) aGATCAGCTTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCTGCATTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCg < 1:809864/150‑1 (MQ=255) aGATCAGCTTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCTGCATTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTCACCGAAgggg < 1:1400481/150‑3 (MQ=255) gATCAGCTTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCTGCATTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CCGCCTTCGGTCACCGAAgggg < 1:7334496/150‑3 (MQ=255) gATCAGCTTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCTGCATTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCgg < 1:8768181/150‑1 (MQ=255) cAGCTTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCTGCATTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTga < 1:6031626/150‑1 (MQ=255) cAGCTTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCTGCATTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTga < 1:5875274/150‑1 (MQ=255) cAGCTTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCTGCATTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTga < 1:746071/150‑1 (MQ=255) aGCTTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCTGCATTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTgag < 1:2859541/150‑1 (MQ=255) cgtGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCTGCATTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGAt < 2:8463770/148‑1 (MQ=255) cTTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCTGCATTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGAt < 2:712776/150‑1 (MQ=255) ttGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCTGCATTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATc > 2:2981838/1‑150 (MQ=255) gggCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCTGCATTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCAc < 2:7951017/150‑1 (MQ=255) ggCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCTGCATTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCAcc < 1:4231967/150‑1 (MQ=255) gCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCTGCATTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCt > 2:3583902/1‑150 (MQ=255) cATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCTGCATTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTa < 1:7603799/150‑1 (MQ=255) aTCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCTGCATTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTac > 1:3537803/1‑150 (MQ=255) cAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCTGCATTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTacac < 2:6595495/150‑1 (MQ=255) aaCTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCTGCATTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACAcc > 2:548726/1‑150 (MQ=255) tCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCTGCATTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGGTCCAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGCCCGAAGGCGGTGAGATCACCTCCACCATc > 2:8368103/1‑150 (MQ=255) cggcggTGGACGCCACTGGTGCTGCATTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCa < 2:1439603/150‑1 (MQ=255) tGGACGCCACTGGTGCTGCATTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGa > 2:1824433/1‑150 (MQ=38) 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gagaACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATc > 1:4980544/1‑150 (MQ=34) agaACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCa < 2:7256509/150‑1 (MQ=34) gaACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCaa < 2:5245017/150‑1 (MQ=34) ccTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATaa < 1:4519331/150‑1 (MQ=37) tGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCa < 1:5669376/150‑1 (MQ=37) 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acgacgaAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACTgtcg > 1:1049731/2‑150 (MQ=21) cgaAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACTGTcgtcgt < 1:1841531/150‑1 (MQ=34) cgaAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACTGTcgtcgt < 1:3311590/150‑1 (MQ=34) gaAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACTGTCGTCGTg > 2:8079164/1‑150 (MQ=34) tggtggCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACTGTCGTCGTGGCAg > 1:6898937/1‑150 (MQ=34) 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aCTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACTGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACg < 1:3753840/150‑1 (MQ=35) tcaccgccTTCGGTCACCGAAGG‑GGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACTGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACGGGCt > 2:504277/7‑150 (MQ=255) cA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACTGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACGGGCTc < 2:2820201/150‑1 (MQ=39) cA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACTGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACGGGCTc > 1:4664480/1‑150 (MQ=39) a‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACTGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACGGGCTCg > 1:7722099/1‑150 (MQ=39) a‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACTGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACGGGCTCg > 2:4692021/1‑150 (MQ=39) accgccTTCGGTCACCGAAGG‑GGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACTGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACGGGCTCg > 1:2713424/5‑150 (MQ=255) ccgccTTCGGTCACCGAAGG‑GGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACTGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACGGGCTCgg > 2:1049057/4‑150 (MQ=255) cgccTTCGGTCACCGAAGG‑GGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACTGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACGGGCTCGGc > 2:3568984/3‑150 (MQ=255) cTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACTGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACGGGCTCGGCGa < 2:6941814/150‑1 (MQ=40) ttCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACTGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACGGGCTCGGCGAc > 1:983472/1‑150 (MQ=255) tCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACTGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACGGGCTCGGCGACt < 2:2637023/150‑1 (MQ=255) | GACGCTGGCCAGATCAGCTTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCTGCATTCGAGAACCTTGAGCTGGGCGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCCTCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACTGCCA‑CC‑CCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACTGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACGGGCTCGGCGACTGCA > NC_002947/199532‑199828 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |