| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,099,024 | C→T | 6.3% | intergenic (+68/+30) | tpm → / ← htpX | thiopurine S‑methyltransferase/protease HtpX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,099,024 | 0 | C | T | 6.3% | 998.4 / 35.5 | 317 | intergenic (+68/+30) | tpm/htpX | thiopurine S‑methyltransferase/protease HtpX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (162/135); new base T (10/10); total (172/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 322 total aligned reads displayed.
GGATGTGATTGAGGACAGCCCGAAGTTTGTGCAGGCCGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTCATGGTGTCCGGCAT > NC_002947/2098875‑2099173 | ggATGTGATTGAGGACAGCCCGAAGTTTGTGCAGGCCGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGAcc > 2:2154860/1‑150 (MQ=255) ttGAGGACAGCCCGAAGTTTGTGCAGGCCGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGc > 1:2877298/1‑150 (MQ=255) tGAGGACAGCCCGAAGTTTGTGCAGGCCGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGcc < 2:3967362/150‑1 (MQ=255) 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gAAGTTTGTGCAGGCCGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTAt > 2:2237571/1‑150 (MQ=255) gAAGTTTGTGCAGGCCGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTAt > 1:3866644/1‑150 (MQ=255) gTTTGTGCAGGCCGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAg < 1:675642/150‑1 (MQ=255) tttGTGCAGGCCGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAgg < 1:8221406/150‑1 (MQ=255) tttGTGCAGGCCGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAgg < 2:6808687/150‑1 (MQ=255) 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ccGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGcc < 2:1823306/150‑1 (MQ=255) ccGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGcc < 2:2417045/150‑1 (MQ=255) ccGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGcc < 1:5032896/150‑1 (MQ=255) tttGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAgg > 2:513255/1‑150 (MQ=255) tttGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAgg > 1:1810044/1‑150 (MQ=255) tgttgGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAATGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGc < 1:355101/150‑1 (MQ=255) tgttgGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGc < 1:7045651/150‑1 (MQ=255) gAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGa > 2:7645673/1‑150 (MQ=255) aGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGAt > 2:1218607/1‑150 (MQ=255) gggTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCg > 2:8460770/1‑150 (MQ=255) 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cGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGaa < 1:6361551/150‑1 (MQ=255) gggAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCg > 2:614581/1‑80 (MQ=255) gggAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAg > 2:7070388/1‑150 (MQ=255) gAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGc > 1:4296746/1‑150 (MQ=255) gAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACACAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGc > 2:4869171/1‑150 (MQ=255) aaTAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCGTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGcc > 2:4499993/1‑150 (MQ=255) aaaacaaaGGGCGACTTCGGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCtt > 1:2794469/2‑150 (MQ=255) aaacaaaGGGCGACTTCGGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTc > 1:934352/1‑150 (MQ=255) aaaaaaaGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTc > 1:3354115/1‑150 (MQ=255) aaaaaaGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTCa > 2:646863/1‑150 (MQ=255) aaaaaGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTCAt > 2:5109613/1‑150 (MQ=255) aaaaaGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGAAGCCGAAGGCCTTCag > 1:5501109/1‑149 (MQ=255) aaaaGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTCATg > 2:8354451/1‑150 (MQ=255) aaaGGGCGACTTCGGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTCATgg > 2:8207864/1‑150 (MQ=255) aaaGGGCGACTTCGGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTCATgg > 1:1483418/1‑150 (MQ=255) aaaGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTCATgg > 2:3675716/1‑150 (MQ=255) aaGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTCATGgt < 1:1459731/150‑1 (MQ=255) ggCGACCGAAGTCGCCCTATGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGcc > 1:8647415/1‑108 (MQ=255) ggCGACCGAAGTCGCCCTATGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGcc < 2:8647415/108‑1 (MQ=255) gCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTCATGGTGTcc > 2:3223628/1‑150 (MQ=255) gACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTCATGGTGTCCgg > 1:3400025/1‑150 (MQ=255) | GGATGTGATTGAGGACAGCCCGAAGTTTGTGCAGGCCGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAAAAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTCATGGTGTCCGGCAT > NC_002947/2098875‑2099173 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |