Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,100,181 | G→C | 6.9% | intergenic (‑240/+77) | htpX ← / ← alaA | protease HtpX/glutamate‑pyruvate aminotransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,100,181 | 0 | G | C | 6.9% | 866.9 / 40.2 | 261 | intergenic (‑240/+77) | htpX/alaA | protease HtpX/glutamate‑pyruvate aminotransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (115/128); new base C (5/13); total (120/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.42e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.09e-01 |
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
AACTGTGTACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑GC‑GCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAG > NC_002947/2100032‑2100330 | aaCTGTGTACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCcgcg > 2:7545584/1‑150 (MQ=255) cTGTGTACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCcgcgcg > 1:2622002/1‑150 (MQ=255) cTGTGTACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCcgcgcg > 1:2622815/1‑150 (MQ=255) tgtACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCgcgggc > 2:8777616/1‑150 (MQ=255) gtACGGCGGAGTCTGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGAGGTAAGACACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCgcgggcg < 2:7961631/150‑1 (MQ=255) gtACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGGGGCGC‑‑‑‑‑AGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCt < 1:4486392/150‑1 (MQ=38) gtACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGGGGCGC‑‑‑‑‑AGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCt < 2:3066670/150‑1 (MQ=38) aCGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGggcggc < 2:4907358/150‑1 (MQ=255) aCGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCGGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGATACCTTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGggcggc < 2:5470130/150‑1 (MQ=255) ggcggAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGgcgc > 1:4031561/1‑150 (MQ=255) gcggAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCt < 2:8560856/150‑1 (MQ=255) cggAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTc > 2:396491/1‑150 (MQ=255) gAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGa < 1:2778644/150‑1 (MQ=255) gAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGa < 1:8584261/150‑1 (MQ=255) gAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGa < 2:5283022/150‑1 (MQ=255) tATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGATGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCt < 2:6515931/150‑1 (MQ=255) gCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑gc‑gc < 2:2991999/150‑1 (MQ=255) cAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑GC‑Gcc > 2:1403828/1‑150 (MQ=255) 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gaTCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑GC‑GCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATc < 2:5977591/150‑1 (MQ=255) gaTCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑GC‑GCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATc < 1:7336256/150‑1 (MQ=255) ttgAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑GC‑GCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCa > 2:2122962/3‑150 (MQ=255) tCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑GC‑GCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCCCCCCCCTCCAACCCAACTGCGCAAAAACCATAAGGAAAATGCCGATACCGCCAAATTCCGCGTCCAGGTCaaaca > 1:8227431/1‑146 (MQ=255) tCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑GC‑GCCCCACCACCACCCCCGCGGCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGCACCCGACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCa > 1:817476/1‑150 (MQ=255) cGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑GC‑GCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCAc < 1:6676936/150‑1 (MQ=255) aGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑GC‑GCCCCACCACCACCCCCGCGGCGGACCTCTGGTAGCCCCCGGCGCCCCCCTCGAACCCAACAGCGAATAAACCATCAGGAAAATTCCGAAACCGCCAAATTCCGCGTCCAGGTCAACCAccc > 2:4228610/1‑150 (MQ=255) aGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGATCTCACAGGCACCACACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCAc > 1:2223733/1‑150 (MQ=37) aGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGATCT‑GC‑GCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCACTCCTACCCCCCCGCGCCCCCCTCGAACCCAACACCCAAAAACCCGACAGGAAAATGCCGATCCGGCCAATTGCCCCGTCCAGGTCAACCAccc > 1:1851293/1‑150 (MQ=255) gcgcCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑GC‑GCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCGTCAGGCAAATGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCCGGTCATCCACCcg > 2:8275884/1‑150 (MQ=255) gcgcCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑GC‑GCCCCACCACCACCCCCGCGGCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGCACCCGACTGCGAATAACCCGTCAGGCAATTGCCGATCCGGCCCATTGCCGCGTCCAGGTCATCCACCcg > 1:540271/1‑150 (MQ=255) gccgcGCGGGCGGCGCTCGATCT‑GC‑GCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCcgcg > 2:8203932/1‑150 (MQ=255) | AACTGTGTACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑GC‑GCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAG > NC_002947/2100032‑2100330 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |