| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,100,184 | G→C | 6.9% | intergenic (‑243/+74) | htpX ← / ← alaA | protease HtpX/glutamate‑pyruvate aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,100,184 | 0 | G | C | 6.9% | 863.3 / 40.2 | 260 | intergenic (‑243/+74) | htpX/alaA | protease HtpX/glutamate‑pyruvate aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (118/124); new base C (5/13); total (123/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.34e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 | |||||||||||
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
GTGTACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑GC‑‑GCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAG > NC_002947/2100036‑2100330 | gtgtACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCgcggg < 1:2010253/150‑1 (MQ=255) tgtACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCgcgggc > 2:8777616/1‑150 (MQ=255) aCGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGggcggc < 2:4907358/150‑1 (MQ=255) 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agaTCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑GC‑‑GCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCAt < 2:8371185/150‑1 (MQ=255) gaTCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑GC‑‑GCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATc < 2:5977591/150‑1 (MQ=255) gaTCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑GC‑‑GCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATc < 1:7336256/150‑1 (MQ=255) tCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑GC‑‑GCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCCCCCCCCTCCAACCCAACTGCGCAAAAACCATAAGGAAAATGCCGATACCGCCAAATTCCGCGTCCAGGTCaaaca > 1:8227431/1‑146 (MQ=255) cGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑GC‑‑GCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCAc < 1:6676936/150‑1 (MQ=255) 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gcgcCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑GC‑‑GCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCGTCAGGCAAATGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCCGGTCATCCACCcg > 2:8275884/1‑150 (MQ=255) gcgcCGCCCGCGCGGCGCTCGATCTCACAGGCACCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCGTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCAc > 1:6013421/1‑150 (MQ=38) | GTGTACGGCGGAGTATGGCAGAGGATGGCGTGGGGGCTGTGGGATAGAGCGTTGCAGGATGTAAGAAACATTCGGCTTGGGGGCTGCGTCAAGGCCGCTGGGTGTTTGCCGCAAGTGGTGTGGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCT‑GC‑‑GCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAG > NC_002947/2100036‑2100330 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |