| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,147,328 | A→G | 5.9% | Q691R (CAG→CGG) | PP_1897 → | DNA internalization‑related competence protein ComEC/Rec2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,147,328 | 0 | A | G | 5.9% | 892.3 / 27.6 | 309 | Q691R (CAG→CGG) | PP_1897 | DNA internalization‑related competence protein ComEC/Rec2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (162/108); new base G (14/3); total (176/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.59e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.22e-01 | |||||||||||
Only 100 of 316 total aligned reads displayed.
GGACACTGAAGTGCCGCGTATCGACTGGCTGCAGGCGCCGCATCATGGCAGCCGCAGTTCGTCCACCGAGGCGTTCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAGGTGGTCGAGCGGTATGGGCGGCATGGGGTGGTGATGCATGATACGGCGGAGGAGGGGGCATTGCGGTTGGTGCTGGGGCGGCATGGGGTAGTCGAGGGGGTTAGGGGGCAGCGGCGGTTCTGGCGGGTTCGAGGGGAGTGAGGCAGAG > NC_002947/2147179‑2147477 | ggACACTGAAGTGCCGCGTATCGACTGGCTGCAGGCGCCGCATCATGGCAGCCGCAGTTCGTCCACCGAGGCGTTCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCa > 1:6585870/1‑150 (MQ=255) gACACTGAAGTGCCGCGTATCGACTGGCTGCAGGCGCCGCATCATGGCAGCCGCAGTTCGTCCACCGAGGCGTTCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAg < 2:4231780/150‑1 (MQ=255) gAAGTGCCGCGTATCGACTGGCTGCAGGCACCGCATCATGGCAGCCGCAGTTCGTCCACCGAGGCGTTCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAGGTGGTc < 2:5887181/150‑1 (MQ=255) aaGTGCCGCGTATCGACTGGCTGCAGGCGCCGCATCATGCCAGCCGAAGTTCGTCCACCGAGGCGGTCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAGGTGGTCg > 2:5510531/1‑150 (MQ=255) cgcgTATCGACTGGCTGCAGGCGCCGCATCATGGCAGCCGCAGTTCGTCCACCGAGGCGTTCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAGGTGGTCGAGCGGt < 2:2657293/150‑1 (MQ=255) cgTATCGACTGGCTGCAGGCGCCGCATCATGGCAGCCGCAGTTCGTCCACCGAGGCGTTCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAGGTGGTCGAGCGGTAt > 1:8226398/1‑150 (MQ=255) cgTATCGACTGGCTGCAGGCGCCGCATCATGGCAGCCGCAGTTCGTCCACCGAGGCGTTCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAGGTGGTCGAGCGGTAt < 1:8554808/150‑1 (MQ=255) gTATCGACTGGCTGCAGGCGCCGCATCATGGCAGCCGCAGTTCGTCCACCGAGGCGTTCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAGGTGGTCGAGCGGTATg > 1:4324877/1‑150 (MQ=255) cGACTGGCTGCAGGCGCCGCATCATGGCAGCCGCAGTTCGTCCACCGAGGCGTTCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAGGTGGTCGAGCGGTATGggcg > 1:8342351/1‑150 (MQ=255) gACTGGCTGCAGGCGCCGCATCATGGCAGCCGCAGTTCGTCCACCGAGGCGTTCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAGGTGGTCGAGCGGTATGggcgg > 2:8127921/1‑150 (MQ=255) aCTGGCTGCAGGCGCCGCATCATGGCAGCCGCAGTTCGTCCACCGAGGCGTTCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAGGTGGTCGAGCGGTATGggcggc > 1:4572830/1‑150 (MQ=255) aCTGGCTGCAGGCGCCGCATCATGGCAGCCGCAGTTCGTCCACCGAGGCGTTCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAGGTGGTCGAGCGGTATGggcggc > 1:2958754/1‑150 (MQ=255) tGGCTGCAGGCGCCGCATCATGGCAGCCGCAGTTCGTCCACCGAGGCGTTCGTCCGGGCTACCGCACCGCGCGGGGTATTGATTTCGCGGGGGCGCAACAACAGCTTCGGGCACCCGCACGTGCAGGTGGTCGAGCGGTATGGGCGGCAt > 2:2985828/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |