| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,300,828 | T→G | 9.8% | intergenic (+82/+51) | PP_5496 → / ← PP_2023 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,300,828 | 0 | T | G | 9.8% | 717.9 / 22.0 | 289 | intergenic (+82/+51) | PP_5496/PP_2023 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (140/110); new base G (26/9); total (170/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.48e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
CACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTT > NC_002947/2300680‑2300976 | acCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCGTc > 1:4733305/1‑150 (MQ=255) cGAGCAGGACCTGCGCCAGAGCGCCAAGTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGGGCCCGCTTcgc < 2:6258581/150‑1 (MQ=255) ctggctggaggggtggctggcttcggagctgttcaaggcaatcatggtccgctgattaaacatcgggctgcacatgggtccgTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCgg > 2:199324‑M1/83‑150 (MQ=255) 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ccGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCGTCGCGGGCCTGCCCCCTCCCACACCGCCCCATTTGCAGCCCGATTTTTAATCAGCGGACCATGATTTCCTTTAAAAACTCCCAAGCCACCCACCCCACCACCCACCTCCCCACACCCGGATaa > 1:5923104/1‑150 (MQ=255) ccGGTGCCATCCACCGCGGGGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATaa < 2:6088896/150‑1 (MQ=255) ggTGCCATCCACCGCGGGGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAgc < 1:2989268/150‑1 (MQ=255) gTGCCATCCACCGCGGGGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAgcc < 1:7728785/150‑1 (MQ=255) tGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCCCCCCACCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAgccg > 1:6356401/1‑150 (MQ=255) aTCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGAGGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCACCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAgccgccac > 2:333634/1‑148 (MQ=255) aTCCACCGCGGTGCCCGCGTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACCCGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATTATTTCCGTGAAAAGCGCCCAAGCCCCCCACCCCACCAGCCAGCACCGCACACGCGGATAAGCCGCCTc > 1:8516225/1‑150 (MQ=255) tCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATTCCCGCTACCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATAAGCGGACCATGATTTCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCACCAGCCAGCAACGCACAACCGGATAAGCCGCCtag > 2:1144885/1‑148 (MQ=255) cACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTGCCACAAGGACCCAAGTGCAGCCCGATGTTTAATAAGCGGACAATTATTGCCTTGAAAAGCTCCGAACCCCGCCAACCCTACAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAATCCGCCACGGc > 1:2814300/1‑150 (MQ=255) aCCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCg < 2:6150555/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |