| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 2,319,686 | C→G | 5.2% | G144A (GGC→GCC) ‡ | PP_2036 ← | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 2,319,686 | 0 | C | G | 5.2% | 1253.1 / 39.8 | 368 | G144A (GGC→GCC) ‡ | PP_2036 | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (189/160); new base G (17/2); total (206/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.24e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 371 total aligned reads displayed.
GGTTGCAACCGTTGTAGAACGCCACCTGCCCATCTGTAGCCGTGAACAGGCGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGG > NC_002947/2319537‑2319835 | ttGCAACCGTTGTAGAACGCCACCTGCCCATCTGTAGCCGTGAACAGGCGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCg > 1:8667446/1‑150 (MQ=255) aaCCGTTGTAGAACGCCACCTGCCCATCTGTAGCCGTGAACAGGCGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTgg > 1:8041174/1‑150 (MQ=255) ttGTAGAACGCCACCTGCCCATCTGTAGCCGTGAACAGGCGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGccc > 2:5156144/1‑150 (MQ=255) 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cAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCAGCTGGTGCCCGGGGTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTAGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGAAGCACCATCAc > 1:6423313/1‑150 (MQ=255) aGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAATAAGAGATGGGCAGCACCATCAcc > 2:3746016/1‑150 (MQ=255) tCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCAccgccg < 2:7460258/150‑1 (MQ=255) cagcggcACCGACCTGTCGGTGGAGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGt > 1:6854555/7‑150 (MQ=255) cagcggcACCGACCTGTCGGTGGAGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGt > 2:2377802/7‑150 (MQ=255) agcggcACCGACCTGTCGGTGGAGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTa > 1:7594946/6‑150 (MQ=255) agcggcACCGACCTGTCGGTGGAGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTa > 1:2146228/6‑150 (MQ=255) gcggcACCGACCTGTCGGTGGAGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTAg > 1:7466161/5‑150 (MQ=255) gCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTAg > 1:4175165/1‑150 (MQ=255) cTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATgg < 2:922738/128‑1 (MQ=255) ccACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTAGCAc < 2:1700816/150‑1 (MQ=255) ccACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTAGCAc > 1:3005767/1‑150 (MQ=255) ttccGGCAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTAGCAcc > 2:6312813/3‑150 (MQ=255) cACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTAGCAcc < 2:8329681/150‑1 (MQ=255) cACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTAGCAcc < 1:2948073/150‑1 (MQ=255) cACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATAGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCCCCGTAGCAcc > 1:4032145/1‑150 (MQ=255) aCAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAgg > 2:2349023/1‑150 (MQ=255) gTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCtg > 2:4655823/1‑150 (MQ=255) gTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCtg < 2:4235177/150‑1 (MQ=255) gTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCtg > 2:3169399/1‑150 (MQ=255) gTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCtg > 2:7743207/1‑150 (MQ=255) gTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCtg > 2:1851564/1‑150 (MQ=255) tCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCtgt < 1:8452855/150‑1 (MQ=255) ggTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGGTGGGCAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGc < 1:2365948/150‑1 (MQ=255) gTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGcc > 2:4794035/1‑150 (MQ=255) | GGTTGCAACCGTTGTAGAACGCCACCTGCCCATCTGTAGCCGTGAACAGGCGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGG > NC_002947/2319537‑2319835 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |