| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,319,687 | C→A | 5.3% | G144C (GGC→TGC) ‡ | PP_2036 ← | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,319,687 | 0 | C | A | 5.3% | 1244.2 / 39.7 | 368 | G144C (GGC→TGC) ‡ | PP_2036 | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (187/160); new base A (18/2); total (206/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.81e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 372 total aligned reads displayed.
GTTGCAACCGTTGTAGAACGCCACCTGCCCATCTGTAGCCGTGAACAGGCGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGC > NC_002947/2319538‑2319836 | ttGCAACCGTTGTAGAACGCCACCTGCCCATCTGTAGCCGTGAACAGGCGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCg > 1:8667446/1‑150 (MQ=255) aCCGTTGTAGAACGCCACCTGCCCATCTGTAGCCGTGAACAGGCGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGt < 2:6223060/150‑1 (MQ=255) aCCGTTGTAGAACGCCACCTGCCCATCTGTAGCCGTGAACAGGCGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCATGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGt < 1:8065663/150‑1 (MQ=255) ttGTAGAACGCCACCTGCCCATCTGTAGCCGTGAACAGGCGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGccc > 1:823423/1‑150 (MQ=255) gTAGAACGCCACCTGCCCATCTGTAGCCGTGAACAGGCGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCgg < 1:5552350/150‑1 (MQ=255) tAGAACGCCACCTGCCCATCTGTAGCCGTGAACAGGCGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCggg < 1:4955762/150‑1 (MQ=255) aGAACGCCACCTGCCCATCTGTAGCCGTGAACAGGCGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGgt < 2:6314104/150‑1 (MQ=255) aGAACGCCACCTGCCCATCTGTAGCCGTGAACAGGCGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGgt < 1:1879906/150‑1 (MQ=255) aaCGCCACCTGCCCATCTGTAGCCGTGAACAGGCGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGgttg > 1:7194268/1‑150 (MQ=255) aaCGCCACCTGCCCATCTGTAGCCGTGAACAGGCGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGgttg > 1:7437498/1‑150 (MQ=255) cGCCACCTGCCCATCTGTAGCCGTGAACAGGCGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGgttgtt < 2:4198359/150‑1 (MQ=255) cGCCACCTGCCCATCTGTAGCCGTGAACAGGCGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGgttgtt < 1:54205/150‑1 (MQ=255) cACCTGCCCATCTGTAGCCGTGAACAGGCGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCAGGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTa < 2:6878178/150‑1 (MQ=255) gcgtGCCCATCTGTAGCCGTGAACAGGCGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTag > 2:5179166/4‑150 (MQ=255) ccTGCCCATCTGTAGCCGTGAACAGGCGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTaga < 2:2947606/150‑1 (MQ=255) gCCCATCTGTAGCCGTGAACAGACGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCa > 2:1007851/1‑150 (MQ=255) cccATCTGTAGCCGTGAACAGGCGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCAt < 1:8129938/150‑1 (MQ=255) cccATCTGTAGCCGTGAACAGGCGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCAt < 1:434074/150‑1 (MQ=255) ccATCTGTAGCCGTGAACAGGCGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATg > 2:7900761/1‑150 (MQ=255) cATCTGTAGCCGTGAACAGGCGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGa > 1:8491793/1‑150 (MQ=255) gTAGCCGTGAACAGGCGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGa > 1:7763272/1‑150 (MQ=255) cGTGAACAGGCGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTc > 2:2359198/1‑150 (MQ=255) gAACAGGCGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGAt > 2:5592330/1‑150 (MQ=255) 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ggCGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATggcgg > 1:5769566/1‑150 (MQ=255) gCGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATggcggc < 1:6199070/150‑1 (MQ=255) aTGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGAcc < 1:5120920/150‑1 (MQ=255) aTGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGAcc > 2:3035407/1‑150 (MQ=255) tGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCg > 2:1966617/1‑150 (MQ=255) 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cAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCAc > 1:4725617/1‑150 (MQ=255) cAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCAGCTGGTGCCCGGGGTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTAGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGAAGCACCATCAc > 1:6423313/1‑150 (MQ=255) aGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAATAAGAGATGGGCAGCACCATCAcc > 2:3746016/1‑150 (MQ=255) tCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCAccgccg < 2:7460258/150‑1 (MQ=255) cagcggcACCGACCTGTCGGTGGAGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGt > 1:6854555/7‑150 (MQ=255) cagcggcACCGACCTGTCGGTGGAGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGt > 2:2377802/7‑150 (MQ=255) cagcggcACCGACCTGTCGGTGGAGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACAATCACCGCCGt > 2:7103438/7‑150 (MQ=255) cagcggcACCGACCTGTCGGTGGAGCTGGTG‑CCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTa > 2:3228886/7‑150 (MQ=255) cagcggcACCGACCTGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCCTGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGt > 2:5775936/7‑150 (MQ=255) agcggcACCGACCTGTCGGTGGAGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTa > 1:2146228/6‑150 (MQ=255) gCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTAg > 1:4175165/1‑150 (MQ=255) cTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATgg < 2:922738/128‑1 (MQ=255) cTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATgg > 1:922738/1‑128 (MQ=255) ccACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTAGCAc < 2:1700816/150‑1 (MQ=255) ccACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTAGCAc > 1:3005767/1‑150 (MQ=255) cACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTAGCAcc > 1:6111015/1‑150 (MQ=255) cACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTAGCAcc < 2:8329681/150‑1 (MQ=255) cACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTAGCAcc < 1:2948073/150‑1 (MQ=255) cACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATAGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCCCCGTAGCAcc > 1:4032145/1‑150 (MQ=255) gTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCtg > 2:4655823/1‑150 (MQ=255) gTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCtg > 2:7743207/1‑150 (MQ=255) ggTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGGTGGGCAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGc < 1:2365948/150‑1 (MQ=255) gTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGcc > 2:4794035/1‑150 (MQ=255) cGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGc < 2:7418632/150‑1 (MQ=255) cGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGc > 2:3616037/1‑150 (MQ=255) | GTTGCAACCGTTGTAGAACGCCACCTGCCCATCTGTAGCCGTGAACAGGCGGTGCATGCGCTGGATGTCACCGGTGCTTTCCTTGACCATGGTCACATTGGGCACCTCGCCGAGGATACGCAGGATCAGCTCCACCGACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGGCAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGC > NC_002947/2319538‑2319836 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |