| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,321,029 | 0 | A | T | 6.3% | 1024.1 / 35.3 | 309 | intergenic (‑86/‑160) | PP_2037/PP_2038 | aldolase/long‑chain‑fatty‑acid‑‑CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (155/133); new base T (8/12); total (164/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 328 total aligned reads displayed.
TCAGCATCTGTTGCTGGGCGAGTTTGACAAGCTGGTCCTTGGGGGTGTGCATGGTGGTCGTCATAGGCGGTACCTGCAGGGGGTTGAGACTAGGAATGGCTGATCGGCGTGGAGGCGACGCCAGGACACGGCGTTGATCATAATGACACAAAGTGTCATATGCAAGCGATGTGTCATCCTTGCCTCAGGGCGTCAACCCATCAGTGCCAGCGCAATCTGTTATGGCGTGCATACGCAACTGGTATTACTTGCCCCGGCTTCACGCTGTTTAGCATCGATCGGGTCTTAACCGTCGACGA > NC_002947/2320880‑2321178 | tCAGCATCTGTTGCTGGGCGAGTTTGACAAGCTGGTCCTTGGGGGTGTGCATGGTGGTCGTCATAGGCGGTACCTGCAGGGGGTTGAGACTAGGAATGGCTGATTGGCGTGGAGGCGACGCCAGGACACGGCGTTGATCATAATGAcaca < 1:578250/150‑1 (MQ=255)tCAGCATCTGTTGCTGGGCGAGTTTGACAAGCTGGTCCTTGGGGGTGTGCATGGTGGTCGTCATAGGCGGTACCTGCAGGGGGTTGAGACTAGGAATGGCTGATCGGCGTGGAGGCGACGCCAGGACACGGCGTTGATCATAATGAcaca > 2:3231000/1‑150 (MQ=255) cATCTGTTGCTGGGCGAGTTTGACAAGCTGGTCCTTGGGGGTGTGCATGGTGGTCGTCATAGGCGGTACCTGCAGGGGGTTGAGACTAGGAATGGCTGATCGGCGTGGAGGCGACGCCAGGACACGGCGTTGATCATAATGACACAAAgt < 1:6583632/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |