| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,321,031 | 0 | A | T | 6.2% | 1059.2 / 40.2 | 321 | intergenic (‑88/‑158) | PP_2037/PP_2038 | aldolase/long‑chain‑fatty‑acid‑‑CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (162/139); new base T (8/12); total (170/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.48e-01 | |||||||||||
Only 100 of 325 total aligned reads displayed.
AGCATCTGTTGCTGGGCGAGTTTGACAAGCTGGTCCTTGGGGGTGTGCATGGTGGTCGTCATAGGCGGTACCTGCAGGGGGTTGAGACTAGGAATGGCTGATCGGCGTGGAGGCGACGCCAGGACACGGCGTTGATCATAATGACACAAAGTGTCATATGCAAGCGATGTGTCATCCTTGCCTCAGGGCGTCAACCCATCAGTGCCAGCGCAATCTGTTATGGCGTGCATACGCAACTGGTATTACTTGCCCCGGCTTCACGCTGTTTAGCATCGATCGGGTCTTAACCGTCGACGAGA > NC_002947/2320882‑2321180 | aGCATCTGTTGCTGGGCGAGTTTGACAAGCTGGTCCTTGGGGGTGTGCATGGTGGTCGTCATAGGCGGTACCTGCAGGGGGTTGAGACTAGGAATGGCTGATCGGCGTGGAGGCGACGCCAGGACACGGCGTTGATCATAATGACACaaa > 2:1136395/1‑150 (MQ=255) cATCTGTTGCTGGGCGAGTTTGACAAGCTGGTCCTTGGGGGTGTGCATGGTGGTCGTCATAGGCGGTACCTGCAGGGGGTTGAGACTAGGAATGGCTGATCGGCGTGGAGGCGACGCCAGGACACGGCGTTGATCATAATGACACAAAgt > 2:5181864/1‑150 (MQ=255) cATCTGTTGCTGGGCGAGTTTGACAAGCTGGTCCTTGGGGGTGTGCATGGTGGTCGTCATAGGCGGTACCTGCAGGGGGTTGAGACTAGGAATGGCTGATCGGCGTGGAGGCGACGCCAGGACACGGCGTTGATCATAATGACACAAAgt < 1:6583632/150‑1 (MQ=255) aTCTGTTGCTGGGCGAGTTTGACAAGCTGGTCCTTGGGGGTGTGCATGGTGGTCGTCATAGGCGGTACCTGCAGGGGGTTGAGACTAGGAATGGCTGATCGGCGTGGAGGCGACGCCAGGACACGGCGTTGATCATAATGACACAAAgtg < 1:8352373/150‑1 (MQ=255) tCTGTTGCTGGGCGAGTTTGACAAGCTGGTCCTTGGGGGTGTGCATGGTGGTCGTCATAGGCGGTACCTGCAGGGGGTTGAGACTAGGAATGGCTGATCGGCGTGGAGGCGACGCCAGGACACGGCGTTGATCATAATGACACAAAgtgt > 2:2499581/1‑150 (MQ=255) cTGTTGCTGGGCGAGTTTGACAAGCTGGTCCTTGGGGGTGTGCATGGTGGTCGTCATAGGCGGTACCTGCAGGGGGTTGAGACTAGGAATGGCTGATCGGCGTGGAGGCGACGCCAGGACACGGCGTTGATCATAATGACACAAAGTGTc < 1:5040907/150‑1 (MQ=255) cTGTTGCTGGGCGAGTTTGACAAGCTGGTCCTTGGGGGTGTGCATGGTGGTCGTCATAGGCGGTACCTGCAGGGGGTTGAGACTAGGAATGGCTGATCGGCGTGGAGGCGACGCCAGGACACGGCGTTGATCATAATGACACAAAGTGTc < 1:1568757/150‑1 (MQ=255) cTGTTGCTGGGCGAGTTTGACAAGCTGGTCCTTGGGGGTGTGCATGGTGGTCGTCATAGGCGGTACCTGCAGGGGGTTGAGACTAGGAATGGCTGATCGGCGTGGAGGCGACGCCAGGACACGGCGTTGATCATAATGACACAAAGTGTc < 1:3837502/150‑1 (MQ=255) 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acaAAGTGTCATATGCAAGCGATGTGTCATCCTTGCCTCAGGGCGTCAACCCATCAGTGCCAGCGCAATCTGTTATGGCGTGCATACGCAACTGGTATTACTTGCCCCGGCTTCACGCTGTTTAGCATCGATCGGGTCTTAACCGTcgac > 2:3590733/1‑150 (MQ=255) acaAAGTGTCATATGCAAGCGATGTGTCATCCTTGCCTCAGGGCGTCAACCCATCAGTGCCAGCGCAATCTGTTATGGCGTGCATACGCAACTGGTATTACTTGCCCCGGCTTCACGCTGTTTAGCATCGATCGGGTCTTAACCGTcgac > 1:4695280/1‑150 (MQ=255) | AGCATCTGTTGCTGGGCGAGTTTGACAAGCTGGTCCTTGGGGGTGTGCATGGTGGTCGTCATAGGCGGTACCTGCAGGGGGTTGAGACTAGGAATGGCTGATCGGCGTGGAGGCGACGCCAGGACACGGCGTTGATCATAATGACACAAAGTGTCATATGCAAGCGATGTGTCATCCTTGCCTCAGGGCGTCAACCCATCAGTGCCAGCGCAATCTGTTATGGCGTGCATACGCAACTGGTATTACTTGCCCCGGCTTCACGCTGTTTAGCATCGATCGGGTCTTAACCGTCGACGAGA > NC_002947/2320882‑2321180 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |