| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,430,856 | T→G | 12.1% | E33D (GAA→GAC) ‡ | PP_2126 ← | LuxR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,430,856 | 0 | T | G | 12.1% | 735.7 / 27.0 | 289 | E33D (GAA→GAC) ‡ | PP_2126 | LuxR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (85/158); new base G (39/3); total (128/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 301 total aligned reads displayed.
GACAGGATCAGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAGCGAGTGGTCATCTACCAGCAGTAGTCTACAGGTCATGGTTGGTAATACTCCTGGCGCGTTGCTGGGTGCGCGGGGACCACGGGAACA > NC_002947/2430707‑2431005 | cAGGATCAGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTc < 2:3228033/150‑1 (MQ=255) aGGATCAGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCg < 2:2012924/150‑1 (MQ=255) gATCAGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGcc < 2:2479318/150‑1 (MQ=255) gATCAGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGcc > 2:4153862/1‑150 (MQ=255) tCAGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGa > 2:1919664/1‑150 (MQ=255) tCAGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGa < 1:8208451/150‑1 (MQ=255) tCAGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGa > 2:787052/1‑150 (MQ=255) tCAGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCGTCGccca > 1:6356497/1‑148 (MQ=255) tCAGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCGTCGCCGa > 1:1188734/1‑150 (MQ=255) cAGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGAc < 1:6119825/150‑1 (MQ=255) cAGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGAc < 2:8413593/150‑1 (MQ=255) aGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGAcc < 1:8021980/150‑1 (MQ=255) aGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCGTAGCCGAcc > 1:239393/1‑150 (MQ=255) 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ccGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGAc < 2:2646890/150‑1 (MQ=255) ccGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCGTCGCCCACCACGACAAAGCCGGGGCTATAGCacac > 1:8346243/1‑150 (MQ=255) cAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAg < 2:8594053/150‑1 (MQ=255) aGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGt < 1:2480202/150‑1 (MQ=255) tAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTCGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTGCGGTTCGCCGACCACCAGATACCCGGGGGTATAGCACACCACAACCCGCa > 1:1881145/1‑150 (MQ=255) 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cGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCa < 1:5292947/150‑1 (MQ=255) cGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTAGCCCACCCCGGCATAGCCGGGGCTATAGCACGCCCGGGGCCGCACCCCCGCGCGGATcc > 1:8550253/1‑149 (MQ=255) gCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACCTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAg > 2:175419/1‑150 (MQ=255) cTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAGc < 1:7977628/150‑1 (MQ=255) tGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATATCCGGGGATATCGCAGACCAGTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAGCg > 2:5888762/1‑150 (MQ=255) 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tCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAGCGAGt < 2:3764416/150‑1 (MQ=255) cGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGCTGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGGGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAGCGAGTg < 2:6007207/150‑1 (MQ=255) aTGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAGCGAGTGGTCATCt < 2:6927920/150‑1 (MQ=255) aTGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAGCGAGTGGTCATCt > 2:8716880/1‑150 (MQ=255) tGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAGCGAGTGGTCATCTa > 2:4276480/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |