| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_002947 | 1,549,495 | 0 | T | G | 43.4% | 115.0 / inf | 251 | intergenic (+63/+51) | mdfA/ampG | multidrug MFS transporter/muropeptide permease AmpG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (58/84); new base G (67/42); total (125/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.44e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.12e-04 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
GCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGCGTAGGCACCCC > NC_002947/1549346‑1549644 | gggggggggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCttt < 1:5223560/146‑1 (MQ=255) cgggggGGGGGGCGGGGGCGTGGGCGCTGTGGCGGCGGTGGTTTGGGGGGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCttt < 1:413115/150‑1 (MQ=39) cggcggGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCttt < 2:2893867/150‑1 (MQ=255) 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ggggggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTa < 1:3915622/149‑1 (MQ=37) ggggggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGGGGTGGGTGGGCGGCCGGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTa < 2:5616588/149‑1 (MQ=37) cggGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTa < 2:4320083/150‑1 (MQ=255) ggggggggCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAg < 1:3884451/150‑1 (MQ=37) gggggTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAg < 1:652488/150‑1 (MQ=37) 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tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:1412777/1‑150 (MQ=37) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCCCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:3142639/1‑150 (MQ=37) acacAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCAcc < 1:6194252/106‑1 (MQ=255) acacAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCAcc > 2:6194095/1‑106 (MQ=255) cacaGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcagg > 1:7878123/1‑150 (MQ=255) acaGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcagga > 2:2299083/1‑150 (MQ=255) aaagcggcgcggcccTGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcagga > 2:504301/8‑150 (MQ=38) aaagcggcgcggcccTGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcagga > 2:3913858/8‑150 (MQ=38) aagcggcgcggcccTGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcgggat > 2:2876327/7‑150 (MQ=38) aagcggcgcggcccTGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcaggat > 2:5771405/7‑150 (MQ=38) ggccggcgccgcTTTGTCGGCG‑GGTTTTACCCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcaggatca < 1:154400/145‑1 (MQ=255) gccgcgccgcTTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATCGCCCTGCAGTGGcatcaggaagccg < 1:598127/150‑6 (MQ=38) ccgcgccgcTTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGCg > 2:6415491/1‑150 (MQ=255) gcgccgcTTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGCGTa > 1:5348245/1‑150 (MQ=255) gcgccgcTTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGCGTa > 2:7359874/1‑150 (MQ=255) gcgccgcTTGGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGCGTa > 2:2772901/1‑150 (MQ=255) gccgcTTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGCGTAgg > 1:5025344/1‑150 (MQ=255) | GCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGCGTAGGCACCCC > NC_002947/1549346‑1549644 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |