New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1446649 | NA (NA) | 370 (0.930) | 159/290 | 0.8 | 100% | intergenic (+37/+395) | PP_1260/ghrB | transposase/2‑ketoaldonate reductase/hydroxypyruvate/glyoxylate reductase |
? | NC_002947 | 1849440 = | 0 (0.000) | coding (345/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
Only 100 of 861 total aligned reads displayed.
GCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATTCTCTCCAGTTGCGCAG > NC_002947/1849292‑1849588 | gcttatgttgaacaaggtcttgaggagttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgag < 1:3342489‑M2/1‑1 (MQ=255) gcctatgttgaacaaggtcttgaggagttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgag < 1:8197106‑M2/1‑1 (MQ=255) gcagcaGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGG > 2:3552234‑M2/1‑149 (MQ=255) gcagcaGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGG > 1:291383‑M2/1‑149 (MQ=255) cttatgttgaacaaggtcttgaggagttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaga < 2:8840968‑M2/2‑1 (MQ=255) cttatgttgaacaaggtcttgaggagttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaacaggtggccgcgggagtgcgtagaaaacaaagggttgcaatttgtttgatgaga > 2:519453‑M2/148‑149 (MQ=255) atgttgaacaaggtcttgaggagttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGtt < 2:2330500‑M2/5‑1 (MQ=255) tgttgaacaaggtcttgaggagttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGTTg < 2:6618299‑M2/6‑1 (MQ=255) cGTGCCGTCGTGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatcac > 2:7176314‑M2/1‑144 (MQ=255) tGCCGTCGTGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGGAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCGGGAGatcaccc < 2:6104041‑M2/149‑8 (MQ=255) cgtcgtGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatcacccagc > 1:3779994‑M2/1‑139 (MQ=255) cgtGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatcacccatccct > 1:6847001‑M2/1‑136 (MQ=255) gtcttgaggagttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGTTGGGTGCCGGTAc < 2:478460‑M2/17‑1 (MQ=255) gCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatcacccagcccttcc < 2:1833458‑M2/149‑17 (MQ=255) gCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatcacccagcccttcc > 2:8339379‑M2/1‑133 (MQ=255) cGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatcacccagcccttccg > 2:245396‑M2/1‑132 (MQ=255) gaggagttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGTTGGGTGCCGGTAccgccg < 1:7972571‑M2/22‑1 (MQ=255) aCAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatcacccagcccttccggg < 2:7634654‑M2/149‑20 (MQ=255) 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ttCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggctt > 1:7539417‑M2/1‑93 (MQ=255) gggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTggg < 1:2221834‑M2/59‑1 (MQ=255) gggctttgcgaagcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTggg > 2:8734571‑M2/91‑149 (MQ=255) ggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGc > 2:1001183‑M2/90‑149 (MQ=255) ggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGc < 2:5553909‑M2/60‑1 (MQ=255) ggctttgcgaagcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGc > 1:1152308‑M2/90‑149 (MQ=255) ccggcACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGATAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGagcacccagcccggccgggctgcgcggtcgcgcagcacaccggaggtgtacggcttcagtg < 2:5716537‑M2/149‑62 (MQ=255) cggcACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttc < 1:4990345‑M2/149‑63 (MQ=255) cggcACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttc < 2:3326642‑M2/149‑63 (MQ=255) ggcACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttcc > 2:7428436‑M2/1‑86 (MQ=255) 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tttgtttgatgaGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATtctct > 1:4114644‑M2/13‑149 (MQ=255) ttgatgaGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATTCTCTCCAGt < 2:1166029‑M2/142‑1 (MQ=255) tgatgaGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATTCTCTCCAGtt > 1:7372106‑M2/7‑149 (MQ=255) tGCAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacattttgaaaaagaaaaggcggttggcccggtagggccagccgccttttgctttgttagggttcg > 2:3193422‑M2/1‑8 (MQ=255) tgaGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATTCTCTCCAGTTgcg < 1:5201187‑M2/146‑1 (MQ=255) 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ggAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacatattgaaaaagaaaaggcggttggcccggtagggccagccgccttttgctttgttagggttcgtgtg > 1:4482362‑M2/1‑4 (MQ=255) aGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATTCTCTCCAGTTGCGCa < 2:6437884‑M2/148‑1 (MQ=255) | GCAGCAGCGTGCCGTCGTGCGACAGCTCGATCTCTACCCAGCCCAGCAGGCGCTCGGCTTCGGCCGGCACGGCGTCGGTGGCCAGGTCGCGGTGGTGGCCGAAAACTGGCATCAGGTAGCGGGTGGCGTCGTTGCCACTGCGCTGCAGGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATTCTCTCCAGTTGCGCAG > NC_002947/1849292‑1849588 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |