| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,167,912 | +A | coding (725/1344 nt) | oprB‑I → | carbohydrate‑selective porin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,167,910 | 1 | . | A | 91.8% | 1420.9 / 114.6 | 439 | coding (723/1344 nt) | oprB‑I | carbohydrate‑selective porin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (19/17); new base A (198/205); total (217/222) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 443 total aligned reads displayed.
ATCTGGTACAACTGGCCGGTCAGCCAGTGGGCGCTGCGGGTGAAGTACAACATCACGCCGGAGTTCTTCGTACAGGTCGGGGCCTTCGAGCAGAACCCTTCCAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACC‑A‑AGGGGGCGATCTTGCCGGTGGAAGCGGTGTGGTCGCCCAAGGTCAATGGCCTGCCGGGCGAGTACCGCCTGGGTTACTACTACAGCACGGCCAAGGCTGACGATGTGTACGACGACGTCAACGGCAACCCGCAGGCGCTGACA > NC_002947/1167764‑1168054 | tCTGGTACAACTGGCCGGTCAGCCAGTGGGCGCTGCGGGTGAAGTACAACATCACGCCGGAGTTCTTCGTACAGGTCGGGGCCTTCGAGCAGAACCCTTCCAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACC‑a‑aag > 1:4772396/1‑148 (MQ=255) cTGGTACAACTGGCCGGTCAGCCAGTGGGCGCTGCGGGTGAAGTACAACATCACGCCGGAGTTCTTCGTACAGGTCGGGGCCTTCGAGCAGAACCCTTCCAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACC‑A‑Aagg < 1:9617671/150‑1 (MQ=255) tGGTACAACTGGCCGGTCAGCCAGTGGGCGCTGCGGGTGAAGTACAACATCACGCCGGAGTTCTTCGTACAGGTCGGGGCCTTCGAGCAGAACCCTTCCAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACC‑A‑Aaggg > 1:6166949/1‑150 (MQ=255) ggTACAACTGGCCGGTCAGCCAGTGGGCGCTGCGGGTGAAGTACAACATCACGCCGGAGTTCTTCGTACAGGTCGGGGCCTTCGAGCAGAACCCTTCCAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACC‑A‑Aagggg < 1:5489524/150‑1 (MQ=255) gTACAACTGGCCGGTCAGCCAGTGGGCGCTGCGGGTGAAGTACAACATCACGCCGGAGTTCTTCGTACAGGTCGGGGCCTTCGAGCAGAACCCTTCCAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACC‑A‑Aaggggg < 2:8979950/150‑2 (MQ=255) gTACAACTGGCCGGTCAGCCAGTGGGCGCTGCGGGTGAAGTACAACATCACGCCGGAGTTCTTCGTACAGGTCGGGGCCTTCGAGCAGAACCCTTCCAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACC‑A‑Aaggggg > 1:10035466/1‑149 (MQ=255) tACAACTGGCCGGTCAGCCAGTGGGCGCTGCGGGTGAAGTACAACATCACGCCGGAGTTCTTCGTACAGGTCGGGGCCTTCGAGCAGAACCCTTCCAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACC‑A‑Aagggggc > 1:4973544/1‑148 (MQ=255) aaCTGGCCGGTCAGCCAGTGGGCGCTGCGGGTGAAGTACAACATCACGCCGGAGTTCTTCGTACAGGTCGGGGCCTTCGAGCAGAACCCTTCCAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGAt < 2:2424467/150‑1 (MQ=255) aaCTGGCCGGTCAGCCAGTGGGCGCTGCGGGTGAAGTACAACATCACGCCGGAGTTCTTCGTACAGGTCGGGGCCTTCGAGCAGAACCCTTCCAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGAt > 1:4076743/1‑150 (MQ=255) aCTGGCCGGTCAGCCAGTGGGCGCTGCGGGTGAAGTACAACATCACGCCGGAGTTCTTCGTACAGGTCGGGGCCTTCGAGCAGAACCCTTCCAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATc > 1:1188566/1‑150 (MQ=255) gCCGGTCAGCCAGTGGGCGCTGCGGGTGAAGTACAACATCACGCCGGAGTTCTTCGTACAGGTCGGGGCCTTCGAGCAGAACCCTTCCAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATCTTGc < 2:9148428/150‑1 (MQ=255) gCCGGTCAGCCAGTGGGCGCTGCGGGTGAAGTACAACATCACGCCGGAGTTCTTCGTACAGGTCGGGGCCTTCGAGCAGAACCCTTCCAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATCTTGc > 1:1070783/1‑150 (MQ=255) tgaccggCCAGTGGGCGCTGCGGGTGAAGTACAACATCACGCCGGAGTTCTTCGTACAGGTCGGGGCCTTCGAGCAGAACCCTTCCAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATCTTGCCg < 2:7605950/144‑1 (MQ=255) cGGTCAGCCAGTGGGCGCTGCGGGTGAAGTACAACATCACGCCGGAGTTCTTCGTACAGGTCGGGGCCTTCGAGCAGAACCCTTCCAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATCTTGCCg > 1:7244661/1‑150 (MQ=255) gTCAGCCAGTGGGCGCTGCGGGTGAAGTACAACATCACGCCGGAGTTCTTCGTACAGGTCGGGGCCTTCGAGCAGAACCCTTCCAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATCTTGCCGGt < 1:3602345/150‑1 (MQ=255) accggCCAGTGGGCGCTGCGGGTGAAGTACAACATCACGCCGGAGTTCTTCGTACAGGTCGGGGCCTTCGAGCAGAACCCTTCCAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATCTTGCCGGt < 2:3709018/146‑1 (MQ=255) aGCCAGTGGGCGCTGCGGGTGAAGTACAACATCACGCCGGAGTTCTTCGTACAGGTCGGGGCCTTCGAGCAGAACCCTTCCAACCTGGAAACTGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATCTTGCCGGTGGa > 1:2762514/1‑150 (MQ=255) gTGGGCGCTGCGGGTGAAGTACAACATCACGCCGGAGTTCTTCGTACAGGTCGGGGCCTTCGAGCAGAACCCTTCCAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATCTTGCCGGTGGAAGCgg > 2:7118458/1‑150 (MQ=255) tGGGCGCTGCGGGTGAAGTACAACATCACGCCGGAGTTCTTCGTACAGGTCGGGGCCTTCGAGCAGAACCCTTCCAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATCTTGCCGGTGGAAGCGgt < 2:8484766/150‑1 (MQ=255) ggggCGCTGCGGGTGAAGTACAACATCACGCCGGAGTTCTTCGTACAGGTCGGGGCCTTCGAGCAGAACCCTTCCAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATCTTGCCGGTGGAAGCGgt < 2:8118878/149‑1 (MQ=255) ggCGCTGCGGGTGAAGTACAACATCACGCCGGAGTTCTTCGTACAGGTCGGGGCCTTCGAGCAGAACCCTTCCAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATCTTGCCGGTGGAAGCGgtgt > 1:8549474/1‑150 (MQ=255) gcgcTGCGGGTGAAGTACAACATCACGCCGGAGTTCTTCGTACAGGTCGGGGCCTTCGAGCAGAACCCTTCCAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATCTTGCCGGTGGAAGCGGtgtg > 1:2991732/1‑150 (MQ=255) cTGCGGGTGAAGTACAACATCACGCCGGAGTTCTTCGTACAGGTCGGGGCCTTCGAGCAGAACCCGTCCAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATCTTGCCGGTGGAAGCGGTGTGGTc < 2:306142/150‑1 (MQ=255) 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tCACGCCGGAGTTCTTCGTACAGGTCGGGGCCTTCGAGCAGAACCCTTCCAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATCTTGCCGGTGGAAGCGGTGTGGTCGCCCAAGGTCAATGGCCTg > 1:6034022/1‑150 (MQ=255) cACGCCGGAGTTCTTCGTACAGGTCGGGGCCTTCGAGCAGAACCCTTCCAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATCTTGCCGGTGGAAGCGGTGTGGTCGCCCAAGGTCAATGGCCTGc < 1:1713084/150‑1 (MQ=255) gAGTTCTTCGTACAGGTCGGGGCCTTCGAGCAGAACCCTTCCAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATCTTGCCGGTGGAAGCGGTGTGGTCGCCCAAGGTCAATGGCCTGCCGGGCGa < 1:1485234/150‑1 (MQ=255) aGTTCTTCGTACAGGTCGGGGCCTTCGAGCAGAACCCTTCCAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATCTTGCCGGTGGAAGCGGTGTGGTCGCCCAAGGTCAATGGCCTGCCGGGCGAg < 2:4973181/150‑1 (MQ=255) cttcGTACAGGTCGGGGCCTTCGAGCAGAACCCTTCCAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGAACTTGCCGGTGGACGCGGTGTGTTCGCCCAAGGTCAATGGCCTGCCGGGCGAGTAcc > 2:2229313/1‑150 (MQ=38) 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(MQ=255) ttCCAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATCTTGCCGGTGGAAGCGGTGTGGTCGCCCAAGGTCAATGGCCTGCCGGGCGAGTACCGCCTGGGTTACTACTACAGCACGGCCAAGGCTg > 1:1553775/1‑150 (MQ=255) tCCAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATCTTGCCGGTGGAAGCGGTGTGGTCGCCCAAGGTCAATGGCCTGCCGGGCGAGTACCGCCTGGGTTACTACTACAGCACGGCCAAGGCTGa < 2:8755258/150‑1 (MQ=255) ccAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATCTTGCCGGTGGAAGCGGTGTGGTCGCCCAAGGTCAATGGCCTGCCGGGCGAGTACCGCCTGGGTTACTACTACAGCACGGCCAAGGCTGAc < 2:7871123/150‑1 (MQ=255) aaCCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATCTTGCCGGTGGAAGCGGTGTGGTCGCCCAAGGTCAATGGCCTGCCGGGCGAGTACCGCCTGGGTTACTACTACAGCACGGCCAAGGCTGACGa > 2:5981684/1‑150 (MQ=255) aaCCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATCTTGCCGGTGGAAGCGGTGTGGTCGCCCAAGGTCAATGGCCTGCCGGGCGAGTACCGCCTGGGTTACTACTACAGCACGGCCAAGGCTGACGa > 1:7743678/1‑150 (MQ=255) 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aaCCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATCTTGCCGGTGGAAGCGGTGTGGTCGCCCAAGGTCAATGGCCTGCCGGGCGAGTACCGCCTGGGTTACTACTACAGCACGGCCAAGGCTGACGATGTGTacg < 1:6747781/150‑1 (MQ=255) cGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACC‑A‑AGGGGGCGATCTTGCCGGTGGAAGCGGTGTGGTCGCCCAAGGTCAATGGCCTGCCGGGCGAGTACCGCCTGGGTTACTACTACAGCACGGCCAAGGCTGACGATGTGTacgacga > 2:6322720/1‑150 (MQ=255) ggCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATCTTGCCGGTGGAAGCGGTGTGGTCGCCCAAGGTCAATGGCCTGCCGGGCGAGTACCGCCTGGGTTACTACTACAGCACGGCCAAGGCTGACGATGTGTacgacga < 2:7430178/150‑1 (MQ=255) aaCGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATCTTGCCGGTGGAAGCGGTGTGGTCGCCCAAGGTCAATGGCCTGCCGGGCGAGTACCGCCTTGGTTACTACTACAGCACGGCCAAGGCTGACGATGTGTACGACGACGt > 1:9255416/1‑150 (MQ=255) aaCGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATCTTGCCGGTGGAAGCGGTGTGGTCGCCCAAGGTCAATGGCCTGCCGGGCGAGTACCGCCTGGGTTACTACTACAGCACGGCCAAGGCTGACGATGTGTACGACGACGt > 2:1421136/1‑150 (MQ=255) ggCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATCTTGCCGGTGGAAGCGGTGTGGTCGCCCAAGGTCAATGGCCTGCCGGGCGAGTACCGCCTGGGTTACTACTACAGCACGGCCAAGGCTGACGATGTGTACGACGACGTCaa > 1:6920021/1‑150 (MQ=255) ggCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATCTTGCCGGTGGAAGCGGTGTGGTCGCCCAAGGTCAATGGCCTGCCGGGCGAGTACCGCCTGGGTTACTACTACAGCACGGCCAAGGCTGACGATGTGTACGACGACGTCaa > 2:2072457/1‑150 (MQ=255) ttCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATCTTGCCGGTGGAAGCGGTGTGGTCGCCCAAGGTCAATGGCCTGCCGGGCGAGTACCGCCTGGGTTACTACTACAGCACGGCCAAGGCTGACGATGTGTACGACGACGTCAACgg > 2:2558022/1‑150 (MQ=255) cAGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATCTTGCCGGTGGAAGCGGTGTGGTCGCCCAAGGTCAATGGCCTGCCGGGCGAGTACCGCCTGGGTTACTACTACAGCACGGCCAAGGCTGACGATGTGTACGACGACGTCAACGGCAACCCGc < 1:8845327/150‑1 (MQ=255) aGCGGCAGTGGTACCAA‑AGGGGGCGATCTTGCCGGTGGAAGCGGTGTGGTCGCCCAAGGTCAATGGCCTGCCGGGCGAGTACCGCCTGGGTTACTACTACAGCACGGCCAAGGCTGACGATGTGTACGACGACGTCAACGGCAACCCGCa < 1:2423134/150‑1 (MQ=255) 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ATCTGGTACAACTGGCCGGTCAGCCAGTGGGCGCTGCGGGTGAAGTACAACATCACGCCGGAGTTCTTCGTACAGGTCGGGGCCTTCGAGCAGAACCCTTCCAACCTGGAAACCGGCAACGGCTTCAAGCTCAGCGGCAGTGGTACC‑A‑AGGGGGCGATCTTGCCGGTGGAAGCGGTGTGGTCGCCCAAGGTCAATGGCCTGCCGGGCGAGTACCGCCTGGGTTACTACTACAGCACGGCCAAGGCTGACGATGTGTACGACGACGTCAACGGCAACCCGCAGGCGCTGACA > NC_002947/1167764‑1168054 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |