Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,759,697 | G→T | 10.8% | G375C (GGC→TGC) | pvdR → | ABC transporter permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,759,697 | 0 | G | T | 10.8% | 121.6 / 2.2 | 37 | G375C (GGC→TGC) | pvdR | ABC transporter permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/14); new base T (2/2); total (21/16) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.25e-01 |
CCCCGTTGGCCGCACTGGACGATAGCGACAACGAAGGCCTACGCCTGGCCCAGGTTTTCGGCCGCGACGGCAAGGTCGAACAGCGCAAGGTGCGCACCGGTCTGAGCGACCGCTTGCGGGTGCAGATCCTAGATGGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTCATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGAGGTTGAATGGCCACGCCCCTGATCGAGCTCTGTGACATCCGTAAAGCGTACGGCGGCGTCGACACCCCCAGGGTAGAAGTCCTG > NC_002947/4759563‑4759831 | ccccGTTGGCCGCACTGGACGATAGCGACAACGAAGGCCTACGCCTGGCCCAGGTTTTCGGCCGCGACGGCAAGGTCGAACAGCGCAAGGTGCGCACCGGTCTGAGCGACCGCTTGCGGGTGCAGATCCTAGATgg < 2:231823/136‑1 (MQ=255) cGTTGGCCGCACTGGACGATAGCGACAACGAAGGCCTACGCCTGGCCCAGGTTTTCGGCCGCGACGGCAAGGTCGAACAGCGCAAGGTGCGCACCGGTCTGAGCGACCGCTTGCGGGTGCAGATCCTAGATTGCCt > 1:437398/1‑136 (MQ=255) cGTTGGCCGCACTGGACGATAGCGACAACGAAGGCCTACGCCTGGCCCAGGTTTTCGGCCGCGACGGCAAGGTCGAACAGCGCAAGGTGCGCACCGGTCTGAGCGACCGCTTGCGGGTGCAGATCCTAGATTGCCt > 1:439808/1‑136 (MQ=255) tGGCCGCACTGGACGATAGCGACAACGAAGGCCTACGCCTGGCCCAGGTTTTCGGCCGCGACGGCAAGGTCGAACAGCGCAAGGTGCGCACCGGTCTGAGCGACCGCTTGCGGGTGCAGATCCTAGATGGCCTCAg > 1:110329/1‑136 (MQ=255) tGGCCGCACTGGACGATAGCGACAACGAAGGCCTACGCCTGGCCCAGGTTTTCGGCCGCGACGGCAAGGTCGAACAGCGCAAGGTGCGCACCGGTCTGAGCGACCGCTTGCGGGTGCAGATCCTAGATGGCCTCAg < 2:237801/136‑1 (MQ=255) gCCTGGCCCAGGTTTTCGGCCGCGACGGCAAGGTCGAACAGCGCAAGGTGCGCACCGGTCTGAGCGACCGCTTGCGGGTGCAGATCCTAGATGGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTCATCGGCGCCCCTgccgc > 1:267007/1‑136 (MQ=255) ccAGGTTTTCGGCCGCGACGGCAAGGTCGAACAGCGCAAGGTGCGCACCGGTCTGAGCGACCGCTTGCGGGTGCAGATCCTAGATGGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTCATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGa > 2:446906/1‑136 (MQ=255) cAGGTTTTCGGCCGCGACGGCAAGGTCGAACAGCGCAAGGTGCGCACCGGTCTGAGCGACCGCTTGCGGGTGCAGATCCTAGATGGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTCATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGAg > 2:480765/1‑136 (MQ=255) cAGGTTTTCGGCCGCGACGGCAAGGTCGAACAGCGCAAGGTGCGCACCGGTCTGAGCGACCGCTTGCGGGTGCAGATCCTAGATGGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTCATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGAg > 2:193627/1‑136 (MQ=255) gCCGCGACGGCAAGGTCGAACAGCGCAAGGTGCGCACCGGTCTGAGCGACCGCTTGCGGGTGCAGATCCTAGATGGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTCATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGAGGTTGAATGGc < 2:354397/136‑1 (MQ=255) ccGCGACGGCAAGGTCGAACAGCGCAAGGTGCGCACCGGTCTGAGCGACCGCTTGCGGGTGCAGATCCTAGATGGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTCATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGAGGTTGAATGGc > 2:459321/1‑135 (MQ=255) ccGCGACGGCAAGGTCGAACAGCGCAAGGTGCGCACCGGTCTGAGCGACCGCTTGCGGGTGCAGATCCTAGATGGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTCATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGAGGTTGAATGGc < 1:459321/135‑1 (MQ=255) cgACGGCAAGGTCGAACAGCGCAAGGTGCGCACCGGTCTGAGCGACCGCTTGCGGGTGCAGATCCTAGATGGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTCATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGAGGTTGAATGGCCACg < 2:338849/136‑1 (MQ=255) gCAAGGTCGAACAGCGCAAGGTGCGCACCGGTCTGAGCGACCGCTTGCGGGTGCAGATCCTAGATGGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTCATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGAGGTTGAATGGCCACGCCCCt < 1:53635/136‑1 (MQ=255) aaGGGCGAACAGCGCAAGGTGCGCACCGGTCTGAGCGACCGCTTGCGGGTGCAGATCCTAGATGGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTCATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGAGGTTGAATGGCCACGCCCCTGa < 1:394761/136‑1 (MQ=255) aGGTCGAACAGCGCAAGGTGCGCACCGGTCTGAGCGACCGCTTGCGGGTGCAGATCCTAGATGGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTCATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGAGGTTGAATGGCCACGCCCCTGAt < 2:110329/136‑1 (MQ=255) gggcGAACAGCGCAAGGTGCGCACCGGTCTGAGCGACCGCTTGCGGGTGCAGATCCTAGATGGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTCATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGAGGTTGAATGGCCACGCCCCTGATc < 1:317131/133‑1 (MQ=255) ggcAAGGTGCGCACCGGTCTGAGCGACCGCTTGCGGGTGCAGATCCTAGATGGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTCATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGAGGTTGAATGGCCACGCCCCTGATCGAGCTCtgtg < 2:267007/135‑1 (MQ=255) aaGGTGCGCACCGGTCTGAGCGACCGCTTGCGGGTGCAGATCCTAGATGGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTCATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGAGGTTGAATGGCCACGCCCCTGATCGAGCTCTGTGACa > 1:101113/1‑136 (MQ=255) ccGGTCTGAGCGACCGCTTGCGGGTGCAGATCCTAGATGGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTCATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGAGGTTGAATGGCCACGCCCCTGATCGAGCTCTGTGACATCCGTAAAGc > 1:148300/1‑136 (MQ=255) tGAGCGACCGCTTGCGGGTGCAGATCCTAGATGGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTCATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGAGGTTGAATGGCCACGCCCCTGATCGAGCTCTGTGACATCCGTAAAGCGTAcgg > 1:28691/1‑136 (MQ=255) tGAGCGACCGCTTGCGGGTGCAGATCCTAGATGGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTCATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGAGGTTGAATGGCCACGCCACTGATCGAGCTCTGTGACATCCGTAAAGCGTAcgg > 1:87270/1‑136 (MQ=255) tGAGCGACCGCTTGCGGGTGCAGATCCTAGATGGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTAATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGAGGTTGAATGGCCACGCCCCTGATCGAGCTCTGTGACATCCGTAAAGCGTAcgg > 1:315099/1‑136 (MQ=255) tGAGCGACCGCTTGCGGGTGCAGATCCTAGATGGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTAATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGAGCTTGAATGGCCACGCCCCTGATCGAGCTCTGTGACATCCGTAAAGCGTAcgg > 1:107753/1‑136 (MQ=255) gAGCGACCGCTTGCGGGTGCAGATCCTAGATGGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTCATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGAGGTTGAATGGCCACGCCCCTGATCGAGCTCTGTGACATCCGTAAAGCGTAcggc > 2:262187/1‑136 (MQ=255) cTTGCGGGTGCAGATCCTAGATGGCCTCAGTGAAg > 2:308256/1‑35 (MQ=255) cTTGCGGGTGCAGATCCTAGATGGCCTCAGTGAAg < 1:308256/35‑1 (MQ=255) cTTGCGGGTGCAGATCCTAGATGGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTCATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGAGGTTGAATGGCCACGCCCCTGATCGAGCTCTGTGACATCCGTAAAGCGTACGGCGGCGTCGac > 2:345154/1‑136 (MQ=255) tGCGGGTGCAGATCCTAGATGGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTCATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGAGGTTGAATGGCCACGCCCCTGATCGAGCTCTGTGACATCCGTAAAGCGTACGGCGGCGTCGacac < 2:382503/136‑1 (MQ=255) gCGGGTGCAGATCCTAGATGGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTCATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGAGGTTGAATGGCCACGCCCCTGATCGAGCTCTGTGACTTCCGTAAAGCGTACGGCGGCGTCGACAcc < 2:229289/136‑1 (MQ=255) gTGCAGATCCTAGATGGCCTCAGTGATGGTGATCGACTGGTCATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGAGGTTGAATGGCCACGCCCCTGATCGAGCTCTGTGACATCCGTAAAGCGTACGGCGGCGTCGACACCCCCa < 1:259263/136‑1 (MQ=255) cAGATCCTAGATTGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTCATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGAGGTTGAATGGCCACGCCCCTGATCGAGCTCTGTGACATCCGTAAAGCGTACGGCGGCGTCGACACCCCCAggg < 2:437398/136‑1 (MQ=255) cAGATCCTAGATTGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTCATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGAGGTTGAATGGCCACGCCCCTGATCGAGCTCTGTGACATCCGTAAAGCGTACGGCGGCGTCGACACCCCCAggg < 2:439808/136‑1 (MQ=255) cAGATCCTAGATGGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTCATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGAGGTTGAATGGCCACGCCCCTGATCGAGCTCTGTGACATCCGTAAAGCGTACGGCGGCGTCGACACCCCCAggg < 2:28691/136‑1 (MQ=255) aGATCCTAGATGGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTCATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGAGGTTGAATGGCCACGCCCCTGATCGAGCTCTGTGACATCCGTAAAGCGTACGGCGGCGTCGACACCCCCAGGGt > 2:410901/1‑136 (MQ=255) aTCCTAGATGGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTCATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGAGGTTGAATGGCCACGCCCCTGATCGAGCTCTGTGACATCCGTAAAGCGTACGGCGGCGTCGACACCCCCAGGGTAg > 1:208608/1‑136 (MQ=255) aGATGGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTCATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGAGGTTGAATGGCCACGCCCCTGATCGAGCTCTGTGACATCCGTAAAGCGTACGGCGGCGTCGACACCCCCAGGGTAGAAGTc > 1:65318/1‑136 (MQ=255) tGGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTCATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGAGCTTGAATGGCCACGCCCCTGATCGAGCTCTGTGACATCCGTAAAGCGTACGGCGGCGTCGACACCCCCAGCGTAGCAGTCCTg > 1:228952/1‑136 (MQ=255) | CCCCGTTGGCCGCACTGGACGATAGCGACAACGAAGGCCTACGCCTGGCCCAGGTTTTCGGCCGCGACGGCAAGGTCGAACAGCGCAAGGTGCGCACCGGTCTGAGCGACCGCTTGCGGGTGCAGATCCTAGATGGCCTCAGTGAAGGTGATCGACTGGTCATCGGCGCCCCTGCCGCCAGCGGAGGTTGAATGGCCACGCCCCTGATCGAGCTCTGTGACATCCGTAAAGCGTACGGCGGCGTCGACACCCCCAGGGTAGAAGTCCTG > NC_002947/4759563‑4759831 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |