| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,858,270 | G→T | 15.3% | Q609K (CAG→AAG) | dnaX ← | DNA polymerase III subunit gamma |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,858,270 | 0 | G | T | 15.3% | 82.8 / 2.7 | 26 | Q609K (CAG→AAG) | dnaX | DNA polymerase III subunit gamma |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/13); new base T (2/2); total (11/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.82e-01 | |||||||||||
CTGCTGGCGCTCGGCTCGCTTGCGTGCCGCCGCCTGAGCCGGGGTTTCCTGCTCTGGCAGGATCAGCTCGATGCGCAGGTTCAGCGTGCGCCCCAGGTGCTGGTTGAGCGCTTCGTTCAGGCGCCGCTGCTGGGTGGCGTTGAACAGCGCCCCCTGGCCAGGGTCCAGGTGCAGCAACCAGTCGTCGCCATCGGCGGCAATCAGCGTACAGTTTGCCGCGATGTTGCCTGTCATCCCGGACACAGGCAACTGTGGGAATAATT > NC_002947/4858139‑4858401 | ctgctgGCGCTCGGCTCGCTTGCGTGCCGCCGCCTGAGCCGGGGTTTCCTGCTCTGGCAGGATCAGCTCGATGCGCAGGTTCAGCGTGCGCCCCAGGTGCTGGTTGAGCGCTTCGTTCAGGCGCCGCTGCTGGGTg < 1:159148/136‑1 (MQ=255) gtcggctcgCTTGCGTGCCGCCGCCTGAGCCGGGGTTTCCTGCTCTGGCAGGATCAGCTCGATGCGCAGGTTCAGCGTGCGCCCCAGGTGCTGGTTGAGCGCTTCGTTCAGGCGCCGCTGCTGGGTGGCGTTGAAc < 2:130024/135‑1 (MQ=255) ctcggctcgCTTGCGTGCCGCCGCCTGAGCCGGGGTTTCCTGCTCTGGCAGGATCAGCTCGATGCGCAGGTTCAGCGTGCGCCCCAGGTGCTGGTTGAGCGCTTCGTTCAGGCGCCGCTGCTGGGTGGCGTTGAAc < 2:96550/136‑1 (MQ=255) gCGTGCCGCCGCCTGAGCCGGGGTTTCCTGCTCTGGCAGGATCAGCTCGATGCGCAGGTTCAGCGTGCGCCCCAGGTGCTGGTTGAGCGCTTCGTTCAGGCGCCGCTGCTGGGTGGCGTTGAACAGCGCCCCCTgg < 2:454467/136‑1 (MQ=255) cGGGGTTTCCTGCTCTGGCAGGATCAGCTCGATGCGCAGGTTCAGCGTGCGCCCCAGGTGCTGGTTGAGCGCTTCGTTCAGGCGCCGCTGCTGGGTGGCGTTGAACAGCGCCCCCTGGCCAGGGTCCAGGTgcagc < 1:349946/136‑1 (MQ=255) tGGCAGGATCAGCTCGATGCGCAGGTTCAGCGTGCGCCCCAGGTGCTGGTTGAGCGCTTCGTTCAGGCGCCGCTGCTGGGTGGCGTTGAACa < 1:243857/92‑1 (MQ=255) tGGCAGGATCAGCTCGATGCGCAGGTTCAGCGTGCGCCCCAGGTGCTGGTTGAGCGCTTCGTTCAGGCGCCGCTGCTGGGTGGCGTTGAACa > 2:243857/1‑92 (MQ=255) tGGCAGGATCAGCTCGATGCGCAGGTTCAGCGTGCGCCCCAGGTGCTGGTTGAGCGCTTCGTTCAGGCGCCGCTGCTGGGTGGCGTTGAACAGCGCCCCCTGGCCAGGGTCCAGGTGCAGCAACCAGTCGTCGCCa > 2:265759/1‑136 (MQ=255) cAGGATCAGCTCGATGCGCAGGTTCAGCGTGCGCCCCAGGTGCTGGTTGAGCGCTTCGTTCAGGCGCCGCTGCTTGGTGGCGTTGAACAGCGCCCCCTGGCCAGGGTCCAGGTGCAGCAACCAGTCGTCGCCATcg > 2:311391/1‑136 (MQ=255) cAGGATCAGCTCGATGCGCAGGTTCAGCGTGCGCCCCAGGTGCTGGTTGAGCGCTTCGTTCAGGCGCCGCTGCTTGGTGGCGTTGAACAGCGCCCCCTGGCCAGGGTCCAGGTGCAGCAACCAGTCGTCGCCATcg > 2:310503/1‑136 (MQ=255) cAGGATCAGCTCGATGCGCAGGTTCAGCGTGCGCCCCAGGTGCTGGTTGAGCGCTTCGTTCAGGCGCCGCTGCTGGGTGGCGTTGAACAGCGCCCCCTGGCCAGGGTCCAGGTGCAGCAACCAGTCGTCGCCATcg > 1:149676/1‑136 (MQ=255) aTCAGCTCGATGCGCAGGTTCAGCGTGCGCCCCAGGTGCTGGTTGAGCGCTTCGTTCAGGCGCCGCTGCTGGGTGGCGTTGAACAGCGCCCCCTGGCCAGGGTCCAGGTGCAGCAACCAGTCGTCGCCATtggcgg < 2:382598/136‑1 (MQ=255) tgaGCTCGATGCGCAGGTTCTGCGTGCGCCGCAGGTGCTGGTTGAGCGCTTCGTTCAGGCGCCGCTGCTGGGTGGCGTTGAACAGCGCCCCCTGGCCAGGGTCCAGGTGCAGCAACCAGTCGTCGCCATCggcggc < 1:291577/134‑1 (MQ=255) tCAGCTCGATGCGCAGGTTCAGCGTGCGCCCCAGGTGCTGGTTGAGCGCTTCGTTCAGGCGCCGCTGCTGGGTGGCGTTGAACAGCGCCCCCTGGCCAGGGTCCAGGTGCAGCAACCAGTCGTCGCCATCggcggc < 2:339195/136‑1 (MQ=255) aGCTCGATGCGCAGGTTCAGCGTGCGCCCCAGGTGCTGGTTGAGCGCTTCGTTCAGGCGCCGCTGCTGGGTGGCGTTGAACAGCGCCCCCTGGCCAGGGTCCAGGTGCAGCAACCAGTCGTCGCCATCGGCGGCaa < 2:468358/136‑1 (MQ=255) aGCTCGATGCGCAGGTTCAGCGTGCGCCCCAGGTGCTGGTTGAGCGCTTCGTTCAGGCGCCGCTGCTGGGTGGCGTTGAACAGCGCCCCCTGGCCAGGGTCCAGGTGCAGCAACCAGTCGTCGCCATCGGCGGCaa > 1:468358/1‑136 (MQ=255) aGCGTGCGCCCCAGGTGCTGGTTGAGCGCTTCGTTCAGGCGCCGCTGCTGGGTGGCGTTGAACAGCGCCCCCTGGCCAGGGTCCAGGTGCAGCAACCAGTCGTCGCCATCGGCGGCAATCAGCGTACAGTTTGCcg > 2:461329/1‑136 (MQ=255) tGCGCCCCAGGTGCTGGTTGAGCGCTTCGTTCAGGCGCCGCTGCTTGGTGGCGTTGAACAGCGCCCCCTGGCCAGGGTCCAGGTGCAGCAACCAGTCGTCGCCATCGGCGGCAATCAGCGTACAGTTTGCCGCGAt < 1:311391/136‑1 (MQ=255) tGCGCCCCAGGTGCTGGTTGAGCGCTTCGTTCAGGCGCCGCTGCTTGGTGGCGTTGAACAGCGCCCCCTGGCCAGGGTCCAGGTGCAGCAACCAGTCGTCGCCATCGGCGGCAATCAGCGTACAGTTTGCCGCGAt < 1:310503/136‑1 (MQ=255) cccAGGTGCTGGTTGAGCGCTTCGTTCAGGCGCCGCTGCTGGGTGGCGTTGAACAGCGCCCCCTGGCCAGGGTCCAGGTGCAGCAACCAGTCGTCGCCATCGGCGGCAATCAGCGTACAGTTTGCCGCGATGTTgg > 1:503414/1‑135 (MQ=255) gTTGAGCGCTTCGTTCAGGCGCCGCTGCTGGGTGGCGTTGAACAGCGCCCCCTGGCCAGGGTCCAGGTGCAGCAACCAGTCGTCGCCATCGGCGGCAATCAGCGTACAGTTTGCCGCGATGTTGCCTGTCATCCCg < 2:241232/136‑1 (MQ=255) gTTGAGCGCTTCGTTCAGGCGCCGCTGCTGGGTGGCGTTGAACAGCGCCCCCTGGCCAGGGTCCAGGTGCAGCAACCAGTCGTCGCCATCGGCGGCAATCAGCGTACAGTTTGCCGCGATGTTGCCTGTCATCCCg < 2:58233/136‑1 (MQ=255) tGAGCGCTTCGTTCAGGCGCCGCTGCTGGGTGGCGTTGAACAGCGCCCCCTGGCCAGGGTCCAGGTGCAGCAACCAGTCGTCGCCATCGGCGGCAATCAGCGTACAGTTTGCCGCGATGTTGCCTGTCATCCCGGa > 1:102585/1‑136 (MQ=255) gcgcTTCGTTCAGGCGCCGCTGCTGGGTGGCGTTGAACAGCGCCCCCTGGCCAGGGTCCAGGTGCAGCAACCAGTCGTCGCCATCGGCGGCAATCAGCGTACAGTTTGCCGCGATGTTGCCTGTCATCCCGGacac > 2:480725/1‑136 (MQ=255) gTTCAGGCGCCGCTGCTGGGCGGCGTTGAACAGCGCCCCCTGGCCAGGGTCCAGGTGCAGCAACCAGTCGTCGCCATCGGCGGCAAGCAGCGTACAGTTTGCCGCGATGTTGCCTGTCATCCCGGACACAGGCAAc < 2:179930/136‑1 (MQ=255) tCAGGCGCCGCTGCTGGGTGGCGTTGAACAGCGCCCCCTGGCCAGGGTCCAGGTGCAGCAACCAGTCGTCGCCATCGGCGGCAATCAGCGTACAGTTTGCCGCGATGTTGCCTGTCATCCCGGACACAGGCAACtg > 2:128934/1‑136 (MQ=255) ctgctgGGTGGCGTTGAACAGCGCCCCCTGGCCAGGGTCCAGGTGCAGCAACCAGTCGTCGCCATCGGCGGCAATCAGCGTACAGTTTGCCGCGATGTTGCCTGTCATCCCGGACACAGGCAACTGTGGGaataat < 1:128934/136‑1 (MQ=255) tgctgGGTGGCGTTGAACAGCGCCCCCTGGCCAGGGTCCAGGTGCAGCAACCAGTCGTCGCCATCGGCGGCAATCAGCGTACAGTTTGCCGCGATGTTGCCTGTCATCCCGGACACAGGCAACTGTGGGAATAAtt < 1:103173/136‑1 (MQ=255) | CTGCTGGCGCTCGGCTCGCTTGCGTGCCGCCGCCTGAGCCGGGGTTTCCTGCTCTGGCAGGATCAGCTCGATGCGCAGGTTCAGCGTGCGCCCCAGGTGCTGGTTGAGCGCTTCGTTCAGGCGCCGCTGCTGGGTGGCGTTGAACAGCGCCCCCTGGCCAGGGTCCAGGTGCAGCAACCAGTCGTCGCCATCGGCGGCAATCAGCGTACAGTTTGCCGCGATGTTGCCTGTCATCCCGGACACAGGCAACTGTGGGAATAATT > NC_002947/4858139‑4858401 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |