| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,519,853 | C→A | 13.8% | G70W (GGG→TGG) | cbpM ← | chaperone modulatory protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,519,853 | 0 | C | A | 13.8% | 93.9 / 2.5 | 29 | G70W (GGG→TGG) | cbpM | chaperone modulatory protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/8); new base A (2/2); total (19/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
CACAAGGCCGCTCCCACAGATGCCGGCACGGCCGGCCTACAACTGGATAAACCGGCCCAGCCGCTGCTTCAGCATGCTGTTCTCACTGCGCAACTGCTGCACTTCCTGCAACAGCTCCAGCGCCAGCGCCACCCCTTCCCACTCCAGTTCCAGCTCCTGGTGCAGCTTCACCGCTCGTTTGGTCACCAACGGCGCCTGATCGTCAAACAGCCAGTCCTCCGGCGTTCGCCCGGAAGGTTCGACAATGCCGTGCTCGACGATTT > NC_002947/5519719‑5519981 | cacaAGGCCGCTCCCACAGATGCCGGCACGGCCGGCCTACAACTGGATAAACCGGCCCAGCCGCTGCTTCAGCATGCTGTTCTCACTGCGCAACTGCTGCACTTCCTGCAACAGCTCCAGCGCCAGCGCCACCCCt < 1:144515/136‑1 (MQ=255)aacaAGGCCGCTCCCACAGATGCCGGCACGGCCGGCCTACAACTGGATAAACCGGCCCAGCCGCTGCTTCAGCATGCTGTTCTCACTGCGCAACTGCTGCACTTCCTGCAACAGCTCCAGCGCCAGCGCCACCCCt < 1:262769/135‑1 (MQ=255) aaGGCCGCTCCCACAGATGCCGGCACGGCCGGCCTACAACTGGATAAACCGGCCCAGCCGCTGCTTCAGCATGCTGTTCTCACTGCGCAACTGCTGCACTTCCTGCAACAGCTCCAGCGCCAGCGCCACCCCTTcc > 2:304649/1‑136 (MQ=255) ccACAGATGCCGGCACGGCCGGCCTACAACTGGATAAACCGGCCCAGCCGCTGCTTCAGCATGCTGTTCTCACTGCGCAACTGCTGCACTTCCTGCAACAGCTCCAGCGCCAGCGCCACCCATTCCCACTCCAGtt > 1:273934/1‑136 (MQ=255) ccACAGATGCCGGCACGGCCGGCCTACAACTGGATAAACCGGCCCAGCCGCTGCTTCAGCATGCTGTTCTCACTGCGCAACTGCTGCACTTCCTGCAACAGCTCCAGCGCCAGCGCCACCCATTCCCACTCCAGtt > 1:358240/1‑136 (MQ=255) caGATGCCGGCACGGCCGGCCTACAACTGGATAAACCGGCCCAGCCGCTGCTTCAGCATGCTGTTCTCACTGCGCAACTGCTGCACTTCCTGCAACAGCTCCAGCGCCAGCGCCACCCCTTCCCACTCCAGTTCCa < 1:48574/136‑1 (MQ=255) gATGCCGGCACGGCCGGCCTACAACTGGATAAACCGGCCCAGCCGCTGCTTCAGCATGCTGTTCTCACTGCGCAACTGCTGCACTTCCTGCAACAGCTCCAGCGCCAGCGCCACCCCTTCCCACTCCAGTTCCAGc < 1:83535/136‑1 (MQ=255) cACGGCCGGCCTACAACTGGATAAACCGGCCCAGCCGCTGCTTCAGCATGCTGTTCTCACTGCGCAACTGCTGCACTTCCTGCAACAGCTCCAGCGCCAGCGCCACCCCTACCCACTCCAGTTCCAGCTCCTGGTg > 2:26430/1‑136 (MQ=255) tACAACTGGATAAACCGGCCCAGCCGCTGCTTCAGCATGCTGTTCTCACTGCGCAACTGCTGCACTTCCTGCAACAGCTCCAGCGCCAGCGCCACCCCTTCCCACTCCAGTTCCAGCTCCTGGTGCAGCTTCACCg > 1:331596/1‑136 (MQ=255) aaaCCGGCCCAGCCGCTGCTTCAGCATGCTGTTCTCACTGCGCAACTGCTGCACTTCCTGCAACAGCTCCAGCGCCAGCGCCACCCCTTCCCACTCCAGTTCCAGCTCCTGGTGCAGCTTCACCGCTCGTTTGGtg > 1:271274/1‑135 (MQ=255) aaaCCGGCCCAGCCGCTGCTTCAGCATGCTGTTCTCACTGCGCAACTGCTGCACTTCCTGCAACAGCTCCAGCGCCAGCGCCACCCCTTCCCACTCCAGTTCCAGCTCCTGGTGCAGCTTCACCGCTCGTTTGGTc > 2:483723/1‑136 (MQ=255) aGCCGCTGCTTCAGCATGCTGTTCTCACTGCGCAACTGCTGCACTTCCTGCAACAGCTCCAGCGCCAGCGCCACCCCTTCCCACTCCAGTTCCAg < 2:37851/95‑1 (MQ=255) aGCCGCTGCTTCAGCATGCTGTTCTCACTGCGCAACTGCTGCACTTCCTGCAACAGCTCCAGCGCCAGCGCCACCCCTTCCCACTCCAGTTCCAg > 1:37851/1‑95 (MQ=255) ctgctTCAGCATGCTGTTCTCACTGCGCAACTGCTGCACTTCCTGCAACAGCTCCAGCGCCAGCGCCACCCCTTCCCACTCCAGTTCCAGCTCCTGGTGCAGCTTCACCGCTCGTTTGGTCACCAACGGCGCCTGa > 1:423466/1‑136 (MQ=255) tCAGCATGCTGTTCTCACTGCGCAACTGCTGCACTTCCTGCAACAGCTCCAGCGCCAGCGCCACCCCTTCCCACTCCAGTTCCAGCTCCTGGTGCAGCTTCACCGCTCGTTTGGTCACCAACGGCGCCTGATCGTc > 2:1143/1‑136 (MQ=255) aTGCTGTTCTCACTGCGCAACTGCTGCACTTCCTGCAACAGCTCCAGCGCCAGCGCCACCCCTTCCCACTCCAGTTCCAGCTCCTGGTGCAGCTTCACCGCTCGTTTGGTCACCAACGGCGCCTGATCGTCAAACa > 1:177679/1‑136 (MQ=255) tGCTGTTCTCACTGCGCAACTGCTGCACTTCCTGCAACAGCTCCAGCGCCAGCGCCACCCCTTCCCACTCCAGTTCCAGCTCCTGGTGCAGCTTCACCGCTCGTTTGGTCACCAACGGCGCCTGATCGTCAAACAg < 1:1143/136‑1 (MQ=255) tGCTGTTCTCACTGCGCAACTGCTGCACTTCCTGCAACAGCTCCAGCGCCAGCGCCACCCATTCCCACTCCAGTTCCAGCTCCTGGTGCAGCTTCACCGCTCGTTTGGTCACCAACGGCGCCTGATCGTCAAACAg < 2:273934/136‑1 (MQ=255) tGCTGTTCTCACTGCGCAACTGCTGCACTTCCTGCAACAGCTCCAGCGCCAGCGCCACCCATTCCCACTCCAGTTCCAGCTCCTGGTGCAGCTTCACCGCTCGTTTGGTCACCAACGGCGCCTGATCGTCAAACAg < 2:358240/136‑1 (MQ=255) ttCTCACTGCGCAACTGCTGCACTTCCTGCAACAGCTCCAGCGCCAGCGCCACCCCTTCCCACTCCAGTTCCAGCTCCTGGTGCAGCTTCACCGCTCGTTTGGTCACCAACGGCGCCTGATCGTCAAACAGCCAGt > 2:29728/1‑136 (MQ=255) cAACTGCTGCACTTCCTGCAACAGCTCCAGCGCCAGCGCCACCCCTTCCCACTCCAGTTCCAGCTCCTGGTGCAGCTTCACCGCTCGTTTGGTCACCAACGGCCCCTGATCGTCAAACAGCCAGTCCTCCcgcggg > 1:70789/1‑134 (MQ=255) ctgcACTTCCTGCAACAGCTCCAGCGCCAGCGCCACCCCTTCCCACTCCAGTTCCAGCTCCTGGTGCAGCTTCACCGCTCGTTTGGTCACCAACGGCGCCTGATCGTCAAACAGCCAGTCCTCCGGCGTTCGCCCg > 1:197067/1‑136 (MQ=255) gCTCCAGCGCCAGCGCCACCCCTTCCCACTCCAGTTCCAGCTCCTGGTGCAGCTTCACCGCTCGTTTGGTCACCAACGGCGCCTGATCGTCAAACAGCCAGTCCTCCGGCGTTCGCCCGGAAGGTTCGACAATGcc < 2:179234/136‑1 (MQ=255) tCCAGCGCCAGCGCCACCCCTTCNCACTCCAGTTCCAGCTCCTGGTGCAGCTTCACCGCTCGTTTGGTCACCAACGGCGCCTGANCGTCAANCAGCCAGTCCTCCGGCGTTCGCCCGGAAGGTTCNACAATGACGt > 2:348108/1‑136 (MQ=255) cagcgccagcgcCACCCCTTCCCACTCCAGTTCCAGCTCCTGGTGCAGCTTCACCGCTCGTTTGGTCACCAACGGCGCCTGATCGTCAAACAGCCAGTCCTCCGGCGTTCGc < 1:431798/112‑1 (MQ=255) cagcgccagcgcCACCCCTTCCCACTCCAGTTCCAGCTCCTGGTGCAGCTTCACCGCTCGTTTGGTCACCAACGGCGCCTGATCGTCAAACAGCCAGTCCTCCGGCGTTCGc > 2:431798/1‑112 (MQ=255) cagcgccagcgcCACCCCTTCCCACTCCAGTTCCAGCTCCTGGTGCAGCTTCACCGCTCGTTTGGTCACCAACGGCGCCTGATCGTCAAACAGCCAGTCCTCCGGCGTTCGCCCGGAAGGTTCGACAATGCCGTGc > 1:143028/1‑136 (MQ=255) cagcgccagcgcCACCCCTTCCCACTCCAGTTCCAGCTCCTGGTGCAGCTTCACCGCTCGTTTGGTCACCAACGGCGCCTGATCGTCAAACAGCCAGTCCTCCGGCGTTCGCCCGGAAGGTTCGACAATGCCGTGc > 1:423917/1‑136 (MQ=255) gccaCCCCTTCCCACTCCAGTTCCAGCTCCTGGTGCAGCTTCACCGCTCGTTTGGTCACCAACGGCGCCTGATCGTCAAACAGCCAGTCCTCCGGCGTTCGCCCGGAAGGTTCGACAATGCCGTGCTCGACGAttt > 2:291279/1‑136 (MQ=255) | CACAAGGCCGCTCCCACAGATGCCGGCACGGCCGGCCTACAACTGGATAAACCGGCCCAGCCGCTGCTTCAGCATGCTGTTCTCACTGCGCAACTGCTGCACTTCCTGCAACAGCTCCAGCGCCAGCGCCACCCCTTCCCACTCCAGTTCCAGCTCCTGGTGCAGCTTCACCGCTCGTTTGGTCACCAACGGCGCCTGATCGTCAAACAGCCAGTCCTCCGGCGTTCGCCCGGAAGGTTCGACAATGCCGTGCTCGACGATTT > NC_002947/5519719‑5519981 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |