| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,754,851 | G→T | 22.2% | S45Y (TCC→TAC) | typA ← | ribosome associated GTPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,754,851 | 0 | G | T | 22.2% | 43.1 / 3.6 | 18 | S45Y (TCC→TAC) | typA | ribosome associated GTPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/5); new base T (2/2); total (11/7) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.51e-01 | |||||||||||
ACCTCGCCACCGAAGTCGGCGTGGCCGGGGGTGTCGACGATGTTGATGTGGTAGCCGTTCCAGTTGATGGCGGTGTTTTTCGCCAGAATGGTAATACCGCGCTCTTTTTCCTGGTCGTTGGAGTCCATGACGCGCTCGTCGTTGAGCTCGTTACGCTCCAGAGTGCCGGACTGACGCAGGAGTTTGTCGACCAGAGTGGTTTTACCATGGTCAACGTGGGCGATGATGGCGATGTTACGCAGATTTTCGA > NC_002947/5754731‑5754980 | aCCTCGCCACCGAAGTCGGCGTGGCCGGGGGTGTCGACGATGTTGATGTGGTAGCCGTTCCAGTTGATGGCGGTGTTTTTCGCCAGAATGGTAATACCGCGCTCTTTTTCCTGGTCGTTGGAGTCCATGACGCGCt > 2:43364/1‑136 (MQ=255) aCCGAAGTCGGCGTGGCCGGGGGTGTCGACGATGTTGATGTGGTAGCCGTTCCAGTTGATGGCGGTGTTTTTCGCCAGAATGGTAATACCGCGCTCTTTTTCCTGGTCGTTGGAGTCCATGACGCGCTCGTCGTTg > 2:4817/1‑136 (MQ=255) aaGTCGGCGTGGCCGGGGGTGTCGACGATGTTGATGTGGTAGCCGTTCCAGTTGATGGCGGTGTTTTTCGCCAGAATGGTAATACCGCGCTCTTTTTCCTGGTCGTTGGAGTCCATGACGCGCTCGTCGTTg < 2:360557/132‑1 (MQ=255) aaGTCGGCGTGGCCGGGGGTGTCGACGATGTTGATGTGGTAGCCGTTCCAGTTGATGGCGGTGTTTTTCGCCAGAATGGTAATACCGCGCTCTTTTTCCTGGTCGTTGGAGTCCATGACGCGCTCGTCGTTg > 1:360557/1‑132 (MQ=255) gTGGCCGGGGGTGTCGACGATGTTGATGTGGTAGCCGTTCCAGTTGATGGCGGTGTTTTTCGCCAGAATGGTAATACCGCGCTCTTTTTCCTGGTCGTTGTAGTCCATGACGCGCTCGTCGTTGAGCTCGTTACGc > 1:280026/1‑136 (MQ=255) gTGGCCGGGGGTGTCGACGATGTTGATGTGGTAGCCGTTCCAGTTGATGGCGGTGTTTTTCGCCAGAATGGTAATACCGCGCTCTTTTTCCTGGTCGTTGTAGTCCATGACGCGCTCGTCGTTGAGCTCGTTACGc > 1:182741/1‑136 (MQ=255) acgaTGTTGATGTGGTAGCCGTTCCAGTTGATGGCGGTGTTTTTCGCCAGAATGGTAATACCGCGCTCTTTTTCCTGGTCGTTGGAGTCCATGACGCGCTCGTCGTTGAGCTCGTTACGCTCCAGAGTGCCGGACt > 1:332256/1‑136 (MQ=255) gCCGTTCCAGTTGATGGCGGTGTTTTTCGCCAGAATGGTAATACCGCGCTCTTTTTCCTGGTCGTTGGAGTCCATGACGCGCTCGTCGTTGAGCTCGTTACGCTCCAGAGTGCCGGACTGACGCAGGAGTTTGTCg > 1:7757/1‑136 (MQ=255) gCCGTTCCAGTTGATGGCGGTGTTTTTCGCCAGAATGGTAATACCGCGCTCTTTTTCCTGGTCGTTGGAGTCCATGACGCGCTCGTCGTTGAGCTCGTTACGCTCCAGAGTGCCGGACTGACGCAGGAGTTTGTCg > 1:318072/1‑136 (MQ=255) ttCCTGTTGTTGGCGGTGTTTTTCGCCAGAATGGTAATACCGCGCTCTTTTTCCTGGTCGTTGGAGTCCATGACGCGCTCGTCGTTGAGCTCGTTACGCTCCAGAGTGCCGGACTGACGCAGGAGTTTGTCGACCa < 1:58853/136‑1 (MQ=255) ttCCAGTTGATGGCGGTGTTTTTCGCCAGAATGGTAATACCGCGCTCTTTTTCCTGGTCGTTGGAGTCCATGACGCGCTCGTCGTTGAGCTCGTTACGCTCCAGAGTGCCGGACTGACGCAGGAGTTTGTCGACCa < 1:43364/136‑1 (MQ=255) ttCCAGTTGATGGCGGTGTTTTTCGCCAGAATGGTAATACCGCGCTCTTTTTCCTGGTCGTTGGAGTCCATGACGCGCTCGTCGTTGAGCTCGTTACGCTCCAGAGTGCCGGACTGACGCAGGAGTTTGTCGACCa < 2:330795/136‑1 (MQ=255) cAGAATGGTAATACCGCGCTCTTTTTCCTGGTCGTTGGAGTCCATGACGCGCTCGTCGTTGAGCTCGTTACGCTCCAGAGTGCCGGACTGACGCAGGAGTTTGTCGACCAGAGTGGTTTTACCATGGTCAACGTgg > 1:323879/1‑136 (MQ=255) gAATGGTAATACCGCGCTCTTTTTCCTGGTCGTTGGAGTCCATGACGCGCTCGTCGTTGAGCTCGTTACGCTCCAGAGTGCCGGACTGACGCAGGAGTTTGTCGACCAGAGTGGTTTTACCATGGTCAACGTGGGc > 2:107375/1‑136 (MQ=255) aaTACCGCGCTCTTTTTCCTGGTCGTTGTAGTCCATGACGCGCTCGTCGTTGAGCTCGTTACGCTCCAGAGTGCCGGACTGACGCAGGAGTTTGTCGACCAGAGTGGTTTTACCATGGTCAACGTGGGCGatgatg < 2:182741/136‑1 (MQ=255) aaTACCGCGCTCTTTTTCCTGGTCGTTGTAGTCCATGACGCGCTCGTCGTTGAGCTCGTTACGCTCCAGAGTGCCGGACTGACGCAGGAGTTTGTCGACCAGAGTGGTTTTACCATGGTCAACGTGGGCGatgatg < 2:280026/136‑1 (MQ=255) tctTTTTCCTGGTCGTTGGAGTCCATGACGCGCTCGTCGTTGAGCTCGTTACGCTCCAGAGTGCCGGACTGACGCAGGAGTTTGTCGACCAGAGTGGTTTTACCATGGTCAACGTGGGCGATGATGGCGAAGTTAc > 2:406971/1‑136 (MQ=255) gcGTTGGAGTCCATGACGCGCTCGTCGTTGAGCTCGTTACGCTCCAGAGTGCCGGACTGACGCAGGAGTTTGTCGACCAGAGTGGTTTTACCATGGTCAACGTGGGCGATGATGGCGATGTTACGCAGATTTTCGa < 2:477698/135‑1 (MQ=255) | ACCTCGCCACCGAAGTCGGCGTGGCCGGGGGTGTCGACGATGTTGATGTGGTAGCCGTTCCAGTTGATGGCGGTGTTTTTCGCCAGAATGGTAATACCGCGCTCTTTTTCCTGGTCGTTGGAGTCCATGACGCGCTCGTCGTTGAGCTCGTTACGCTCCAGAGTGCCGGACTGACGCAGGAGTTTGTCGACCAGAGTGGTTTTACCATGGTCAACGTGGGCGATGATGGCGATGTTACGCAGATTTTCGA > NC_002947/5754731‑5754980 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |