| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 476,133 | A→T | 100% | Q141L (CAG→CTG) | tsaD → | tRNA N6‑adenosine(37)‑threonylcarbamoyltransferase complex transferase subunit TsaD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 476,133 | 0 | A | T | 100.0% | 52.4 / NA | 19 | Q141L (CAG→CTG) | tsaD | tRNA N6‑adenosine(37)‑threonylcarbamoyltransferase complex transferase subunit TsaD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (7/12); total (7/12) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GCGCTGGCCTTTGCCTGGGACATCCCGGCGATCGGTGTGCACCACATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCAGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAAGCCTGGACGATGCTGCCGGTGAAGCGTTCGACAAGACCGCCAAGCTGATCGGCCTCAATTATCCTGGTGGTCCGGAAATCGC > NC_002947/476000‑476262 | gcgcTGGCCTTTGCCTGGGACATCCCGGCGATCGGTGTGCACCACATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGCTGGACATACCCTGc > 2:1125/1‑136 (MQ=255) gcTGGCCTTTGCCTGGGACATCCCGGCGATCGGTGTGCACCACATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCctgctg < 2:341671/136‑1 (MQ=255) gCGATCGGTGTGCACCACATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGt < 2:254093/136‑1 (MQ=255) cGATCGGTGTGCACCACATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTa < 2:263119/136‑1 (MQ=255) cGATCGGTGTGCACCACATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTa < 2:129275/136‑1 (MQ=255) tCGGTGTGCACCACATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGa > 1:454147/1‑136 (MQ=255) caccacATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAATCCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTgg < 2:454147/136‑1 (MQ=255) ggAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAAGc < 1:492940/136‑1 (MQ=255) aCCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAAGCCTGGACGa > 2:391834/1‑136 (MQ=255) gCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAAGCCTGGACGATGCTGCCg < 2:181732/136‑1 (MQ=255) gaaAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAAGCCTGGACGa < 2:336426/113‑1 (MQ=255) gaaAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAAGCCTGGACGa > 1:336426/1‑113 (MQ=255) agagTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAAGCCTGGACGATGCTGCCGGTGAAGCGTTCGACAAGACCGCCAAg > 1:248415/1‑136 (MQ=255) tCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAAGCCTGGACGATGCTGCCGGTGAAGCGTTCGACAAGACCGCCAAGCTGATc < 1:1125/136‑1 (MQ=255) tCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAAGCCTGGACGATGCTGCCGGTGAAGCGTTCGACAAGACCGCCAAGCTGATc < 1:497350/136‑1 (MQ=255) tCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAAGCCTGGACGATGCTGCCGGTGAAGCGTTCGACAAGACCGCCAAGCTGATc < 1:495213/136‑1 (MQ=255) tCCGGTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAAGCCTGGACGATGCTGCCGGTGAAGCGTTCGACAAGACCGCCAAGCTGATc < 1:209570/136‑1 (MQ=255) ttCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAAGCCTGGACGATGCTGCCGGTGAAGCGTTCGACAAGACCGCCAAGCTGATCGGcc > 2:361358/1‑136 (MQ=255) ggCTTTGTTGGGTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAAGCCTGGACGATGCTGCCGGTGAAGCGTTCGACAAGACCGCCAAGCTGATCGGCCTCAAt < 2:28168/135‑1 (MQ=255) aTACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAAGCCTGGACGATGCTGCCGGTGAAGCGTTCGACAAGACCGCCAAGCTGATCGGCCTCAATTATCCTGGTGGTCCGGAAATcgc > 2:411903/1‑136 (MQ=255) | GCGCTGGCCTTTGCCTGGGACATCCCGGCGATCGGTGTGCACCACATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCAGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAAGCCTGGACGATGCTGCCGGTGAAGCGTTCGACAAGACCGCCAAGCTGATCGGCCTCAATTATCCTGGTGGTCCGGAAATCGC > NC_002947/476000‑476262 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |