| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 687,827 | C→T | 13.8% | P230L (CCT→CTT) | ydgK → | Bcr/CflA family multidrug resistance transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 687,827 | 0 | C | T | 13.8% | 73.3 / 3.7 | 29 | P230L (CCT→CTT) | ydgK | Bcr/CflA family multidrug resistance transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (12/13); new base T (2/2); total (14/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.94e-01 | |||||||||||
GCATATACCCCGCCAACCGCTGTCTGGCGCCTTGCGCCAGTACCTGCGGCTGCTGGCTGACCGGGTTTTTCTCGGCCATGCCCTGACCGGCGGTATCGCCATTGCCGGCATGTTCGCCTATATCGCCGGTTCACCTTTCGTGTTCATCAAACTGTATGGCGTGCCCGCTGAGCACTACGGCTGGCTGTTCGGTACCAACGCCGCAGGTTTTATTCTGGTGGCGCAGGTGAACGCCCGCCTGCTGGCCAAACGCGGGCCGGCC > NC_002947/687693‑687954 | gCATATACCCCGCCAACCGCTGTCTGGCGCCTTGCGCCAGTACCTGCGGCTGCTGGCTGACCGGGTTTTTCTCGGCCATGCCCTGACCGGCGGTATCGCCATTGCCGGCATGTTCGCCTATATCGCCGGTTCACCt < 2:184902/136‑1 (MQ=255) ccGCCAACCGCTGTCTGGCGCCTTGCGCCAGTACCTGCGGCTGCTGGCTGACCGGGTTTTTCTCGGCCATGCCCTGACCGGCGGTATCGCCATTGCCGGCATGTTCGCCTATATCGCCGGTTCACCTTTCGTGTtc < 1:380109/136‑1 (MQ=255) cAACCGCTGTCTGGCGCCTTGCGCCAGTACCTGCGGCTGCTGGCTGACCGGGTTTTTCTCGGCCATGCCCTGACCGGCGGTATCGCCATTGCCGGCATGTTCGCCTATATCGCCGGTTCACTTTTCGTGTtcatca > 2:117842/1‑136 (MQ=255) cAACCGCTGTCTGGCGCCTTGCGCCAGTACCTGCGGCTGCTGGCTGACCGGGTTTTTCTCGGCCATGCCCTGACCGGCGGTATCGCCATTGCCGGCATGTTCGCCTATATCGCCGGTTCACTTTTCGTGTtcatca > 2:115483/1‑136 (MQ=255) cAACCGCTGTCTGGCGCCTTGCGCCAGTACCTGCGGCTGCTGGCTGACCGGGTTTTTCTCGGCCATGCCCTGACCGGCGGTATCGCCATTGCCGGCATGTTCGCCTATATCGCCGGTTCACCTTTCGTGTtcatca > 2:289494/1‑136 (MQ=255) cAACCGCTGTCTGGCGCCTTGCGCCAGTACCTGCGGCTGCTGGCTGACCGGGTTTTTCTCGGCCATGCCCTGACCGGCGGTATCGCCATTGCCGGCATGTTCGCCTATATCGCCGGTTCACCTTTCGTGTtcatca > 1:355391/1‑136 (MQ=255) cAACCGCTGTCTGGCGCCCTGCGCCAGTACCTGCGGCTGCTGGCTGCCCGGGTTTTTCTCGGCCATGCCCTGACCGGCGGTATCGCCATTGCCGGCATGTTCGCCTATATCGCCGGTTCACCTTTAGTGTtgatca > 1:456392/1‑136 (MQ=255) cAACCGCTGTCTGGCGCCATGCGCCAGTACCTGCGGCTGCTGGCTGACCGGGTTTTTCTCGGCCATGCCCAGACCGGCGGTATCGCCATTGCCGGCATGTTCGGCTATATCGCCGGTTGCCCTTTGGTGTtgatga > 1:299329/1‑134 (MQ=255) gtGGCGCCTTGCGCCAGTACCTGCGGCTGCTGGCTGACCGGGTTTTTCTCGGCCATGCCCTGACCGGCGGTATCGCCATTGCCGGCATGTTCGCCTATATCGCCGGTTCACCTTTCGTGTTCATCAAACTGTATgg < 2:59138/135‑1 (MQ=255) tGGCGCCTTGCGCCAGTACCTGCGGCTGCTGGCTGACCGGGTTTTTCTCGGCCATGCCCTGACCGGCGGTATCGCCATTGCCGGCATGTTCGCCTATATCGCCGGTTCACCTTTCGTGTTCATCAAACTg < 1:419995/130‑1 (MQ=255) tGGCGCCTTGCGCCAGTACCAGCGGCTGCTGGCTGACCGGGTTTTTCTCGGCCATGCCCTGACCGGCGGTATCGCCATTGCCGGCATGTTCGCCTATATCGCCGGTTCACCTTTCGTGTTCATCAAACTg > 2:419995/1‑130 (MQ=255) gcgcCAGTACCTGCGGCTGCTGGCTGACCGGGTTTTTCTCGGCCATGCCCTGACCGGCGGTATCGCCATTGCCGGCATGTTCGTCTATATCGCCGGTTCACCTTTCGTGTTCATCAAACTGTATGGCGTGCCCGCt < 1:96124/136‑1 (MQ=255) ggCTGCTGGCTGACCGGGTTTTTCTCGGCCATGCCCTGACCGGCGGTATCGCCATTGCCGGCATGTTCGCCTATATCGCCGGTTCACCTTTCGTGTTCATCAAACTGTATGGCGTGCCCGCTGAGCACTACggctg > 2:371784/1‑136 (MQ=255) ccTGACCGGCGGTATCGCCATTGCCGGCATGTTCGCCTATATCGCCGGTTCACCTTTCGTGTTCATCAAACTGTATGGCGTGCCCGCTGAGCACTACGGCTGGCTGTTCGGTACCAACGCCGCAGGTTTTATTCtg > 1:442195/1‑136 (MQ=255) gACCGGCGGTATCGCCATTGCCGGCATGTTCGCCTATATCGCCGGTTCACCTTTCGTGTTCATCAAACTGTATGGCGTGCCCGCTGAGCACTACGGCTGGCTGTTCGGTACCAACGCCGCAGGTTTTATTCtggtg < 2:244718/136‑1 (MQ=255) aCCGGCGGTATCGCCATTGCCGGCATGTTCGCCTATATCGCCGGTTCACTTTTCGTGTTCATCAAACTGTATGGCGTGCCCGCTGAGCACTACGGCTGGCTGTTCGGTACCAACGCCGCAGGTTTTATTCtggtgg < 1:115483/136‑1 (MQ=255) aCCGGCGGTATCGCCATTGCCGGCATGTTCGCCTATATCGCCGGTTCACTTTTCGTGTTCATCAAACTGTATGGCGTGCCCGCTGAGCACTACGGCTGGCTGTTCGGTACCAACGCCGCAGGTTTTATTCtggtgg < 1:117842/136‑1 (MQ=255) aCCGGCGGTATCGCCATTGCCGGCATGTTCGCCTATATCGCCGGTTCACCTTTCGTGTTCATCAAACTGTATGGCGTGCCCGCTGAGCACTACGGCTGGCTGTTCGGTACCAACGCCGCAGGTTTTATTCtggtgg < 1:289494/136‑1 (MQ=255) ggcggTATCGCCATTGCCGGCATGTTCGCCTATATCGCCGGTTCACCTTTCGTGTTCATCAAACTGTATGGCGTGCCCGCTGAGCACTACGGCTGGCTGTTCGGTACCAACGCCGCAGGTTTTATTCTGGTGgcgc > 2:389770/1‑136 (MQ=255) gTATCGCCATTGCCGGCATGTTCGCCTATATCGCCGGTTCACCTTTCGTGTTCATCAAACTGTATGGCGTGCCCGCTGAGCACTACGGCTGGCTGTTCGGTACCAACGCCGCAGGTTTTATTCTGGTGGCGCAGGt < 2:251620/136‑1 (MQ=255) gTATCGCCATTGCCGGCATGTTCGCCTATATCGCCGGTTCACCTTTCGTGTTCATCAAACTGTATGGCGTGCCCGCTGAGCACTACGGCTGGCTGTTCGGTACCAACGCCGCAGGTTTTATTCTGGTGGCGCAGGt < 2:496572/136‑1 (MQ=255) gCCTATATCGCCGGTTCACCTTTCGTGTTCATCAAACTGTATGGCGTGCCCGCTGAGCACTACGGCTGGCTGTTCGGTACCAACGCCGCAGGTTTTATTCTGGTGGCGCAGGTGAACGCCCGCCTGCTGGCCAAAc > 2:434634/1‑136 (MQ=255) cGCCGGTTCACCTTTCGTGTTCATCAAACTGTATGGCGTGCCCGCTGAGCACTACGGCTGGCTGTTCGGTACCAACGCCGCAGGTTTTATTCTGGTGGCGCAGGTGAACGCCCGCCTGCTGGCCAAACGCGggccg > 1:235301/1‑136 (MQ=255) cGCCGGTTCACCTTTCGTGTTCATCAAACTGTATGGCGTGCCCGCTGAGCACTACGGCTGGCTGTTCGGTACCAACGCCGCAGGTTTTATTCTGGTGGCGCAGGTGAACGCCCGCCTGCTGGCCAAACGCGggccg > 1:343889/1‑136 (MQ=255) gCCGGTTCACCTTTCGTGTTCATCAAACTGTATGGCGTGCCCGCTGAGCACTACGGCTGGCTGTTCGGTACCAACGCCGCATGTTTTATTCTGGTGGCGCAGGTGAACGCCCGCCTGCTGGCCAAACGCGggccgg < 2:264575/136‑1 (MQ=255) gCCGGTTCACCTTTCGTGTTCATCAAACTGTATGGCGTGCCCGCTGAGCACTACGGCTGGCTGTTCGGTACCAACGCCGCAGGTTTTATTCTGGTGGCGCAGGTGAACGCCCGCCTGCTGGCCAAACGCGggccgg < 2:286143/136‑1 (MQ=255) cGGTTCACCTTTCGTGTTCATCAAACTGTATGGCg < 2:311704/35‑1 (MQ=255) cGGTTCACCTTTCGTGTTCATCAAACTGTATGGCg > 1:311704/1‑35 (MQ=255) cGGTTCACCTTTCGTGTTCATCAAACTGTATGGCGTGCCCGCTGAGCACTACGGCTGGCTGTTCGGTACCAACGCCGCAGGTTTTATTCTGGTGGCGCAGGTGAACGCCCGCCTGCTGGCCAAACGCGggccggcc < 2:442195/136‑1 (MQ=255) | GCATATACCCCGCCAACCGCTGTCTGGCGCCTTGCGCCAGTACCTGCGGCTGCTGGCTGACCGGGTTTTTCTCGGCCATGCCCTGACCGGCGGTATCGCCATTGCCGGCATGTTCGCCTATATCGCCGGTTCACCTTTCGTGTTCATCAAACTGTATGGCGTGCCCGCTGAGCACTACGGCTGGCTGTTCGGTACCAACGCCGCAGGTTTTATTCTGGTGGCGCAGGTGAACGCCCGCCTGCTGGCCAAACGCGGGCCGGCC > NC_002947/687693‑687954 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |