| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 721,088 | G→T | 18.1% | A37A (GCC→GCA) | PP_0614 ← | bifunctional N‑carbamoyl‑beta‑alanine amidohydrolase/allantoine amidohydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 721,088 | 0 | G | T | 18.1% | 60.0 / 3.1 | 22 | A37A (GCC→GCA) | PP_0614 | bifunctional N‑carbamoyl‑beta‑alanine amidohydrolase/allantoine amidohydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/13); new base T (2/2); total (7/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.22e-01 | |||||||||||
CCTGGGCGGCGGGCGAAGATATTGCCGATGGCGTCGACGCTGACCGTGCAGCCGGCCTCCTCGCACCAATGGACGAACAGGTCGCGAGCCTGGCGGTCGAGGTCGGTCAGGGCCAGGCGGCATACGCCGCCCTTGGCGGTGGCGCCGAGTTGGGCCAGGTCCATCAATGATTGCCACAGGCGCTCGCGGTTGATCAGAGGGCCTTGGCCGAGCAGGTGCTGCGAGGGATCGATGCGGGTGTTCATGGTTCATCTCTCCTGAAA > NC_002947/720954‑721216 | ccTGGGCGGCGGGCGAAGATATTGCCGATGGCGTCGACGCTGACCGTGCAGCCGGCCTCCTCGCACCAATGGACGAACAGGTCGCGAGCCTGGCGGTCGAGGTCGGTCAGGGCCAGGCGGCATACGCCGCCCTTgg > 2:383230/1‑136 (MQ=255) gcggctGGCGAAGATATTGCCGATGGCGTCGACGCTGACCGTGCAGCCGGCCTCCTCGCACCAATGGACGAACAGGTCGCGAGCCTGGCGGTCGAGGTCGGTCAGGGCCAGGCGGCATACGCCGCCCTTTGCGGTg > 2:233736/1‑136 (MQ=255) gcggctGGCGAAGATATTGCCGATGGCGTCGACGCTGACCGTGCAGCCGGCCTCCTCGCACCAATGGACGAACAGGTCGCGAGCCTGGCGGTCGAGGTCGGTCAGGGCCAGGCGGCATACGCCGCCCTTTGCGGTg > 2:231508/1‑136 (MQ=255) gcggcgGGCGAAGATATTGCCGATGGCGTCGACGCTGACCGTGCAGCCGGCCTCCTCGCACCAATGGACGAACAGGTCGCGAGCCTGGCGGTCGAGGTCGGTCAGGGCCAGGCGGCATACGCCGCCCTTGGCGGTg > 2:398105/1‑136 (MQ=255) cggcggGCGAAGATATTGCCGATGGCGTCGACGCTGACCGTGCAGCCGGCCTCCTCGCACCAATGGACGAACAGGTCGCGAGCCTGGCGGTCGAGGTCGGTCAGGGCCAGGCGGCATACGCCGCCCTTGGCGGTgg < 1:154075/136‑1 (MQ=255) ggcgggcgAAGATATTGCCGATGGCGTCGACGCTGACCGTGCAGCCGGCCTCCTCGCACCAATGGACGAACAGGTCGCGAGCCTGGCGGTCGAGGTCGGTCAGGGCCAGGCGGCATACGCCGCCCTTGGCGGTGgc > 2:128827/1‑136 (MQ=255) gTCGACGCTGACCGTGCAGCCGGCCTCCTCGCACCAATGGACGAACAGGTCGCGAGCCTGGCGGTCGAGGTCGGTCAGGGCCAGGCGGCATACGCCGCCCTTTGCGGTGGCGCCGAGTTGGGCCAGGTCCATCAAt < 1:231508/136‑1 (MQ=255) gTCGACGCTGACCGTGCAGCCGGCCTCCTCGCACCAATGGACGAACAGGTCGCGAGCCTGGCGGTCGAGGTCGGTCAGGGCCAGGCGGCATACGCCGCCCTTTGCGGTGGCGCCGAGTTGGGCCAGGTCCATCAAt < 1:233736/136‑1 (MQ=255) gCAGCCGGCCTCCTCGCACCAATGGACGAACTGGTCGCGAGCCTGGCGGTCGAGGTCGGTCAGGGCCAGGCGGCATACGCCGCGCTTGGCGGTGGCGCCGAGTTGGGCCAGGTCCATCAATGATTGCCACAGgcgc < 2:118133/136‑1 (MQ=255) aGCCGGCCTCCTCGCACCAATGGACGAACAGGTCGCGAGCCTGGCGGTCGAGGTCGGTCAGGGCCAGGCGGCATACGCCGCCCTTGGCGGTGGCGCCGAGTTGGGCCAGGTCCATCAATGATTGCCACAGgcgcgc > 1:424822/1‑134 (MQ=255) gCCGGCCTCCTCGCACCAATGGACGAACAGGTCGCGAGCCTGGCGGTCGAGGTCGGTCAGGGCCAGGCGGCATACGCCGCCCTTGGCGGTGGCGCCGAGTTGGGCCAGGTCCATCAATGATTGCCACAGGCGCTcg < 1:323032/136‑1 (MQ=255) cGGCCTCCTCGCACCAATGGACGAACAGGTCGCGAGCCTGGCGGTCGAGGTCGGTCAGGGCCAGGCGGCATACGCCGCCCTTGGCGGTGGCGCCGAGTTGGGCCAGGTCCATCAATGATTGCCACAGGCGCTcgcg < 2:78038/136‑1 (MQ=255) cctcGCACCAATGGACGAACAGGTCGCGAGCCTGGCGGTCGAGGTCGGTCAGGGCCAGGCGGCATACGCCGCCCTTGGCGGTGGCGCCGAGTTGGGCCAGGTCCATCAATGATTGCCACAGGCGCTCGCGGTTGAt < 2:412926/136‑1 (MQ=255) cctcGCACCAATGGACGAACAGGTCGCGAGCCTGGCGGTCGAGGTCGGTCAGGGCCAGGCGGAATACGCCGCCCTTGGCGGTGGCGCCGAGTTGGGCCAGGTCCATCAATGATTGCCACAGGCGCTCGCGGTTGAt < 2:113026/136‑1 (MQ=255) aCCAATGGACGAACAGGTCGCGAGCCTGGCGGTCGAGGTCGGTCAGGGCCAGGCGGCATACGCCGCCCTTGGCGGTGGCGCCGAGTTGGGCCAGGTCCATCAATGATTGCCACAGGCGCTCGCGGTTGATCAGAgg < 1:257032/136‑1 (MQ=255) gAACAGGTCGCGAGCCTGGCGGTCGAGGTCGGTCAGGGCCAGGCGGCATACGCCGCCCTTGGCGGTGGCGCCGAGTTGGGCCAGGTCCATCAATGATTGCCACAGGCGCTCGCGGTTGATCAGAGGGCCTTGGCCg < 2:285027/136‑1 (MQ=255) tGGCGGTCGTGGTCGGTCATGGCCAGGCGGCATACGCCGCCCTTGGCGGTGGCGCCGAGTTGGGCCAGGTCCATCAATGATTGCCACAGGCGCTCGCGGTTGATCAGAGGGCCTTGGCCGAGCAGGTGCTGCGAgg < 2:307784/136‑1 (MQ=255) cGAGGTCGGTCAGGGCCAGGCGGCATACGCCGCCCTTGGCGGTGGCGCCGAGTTGGGCCAGGTCCATCAATGATTGCCACAGGCGCTCGCGGTTGATCAGAGGGCCTTGGCCGAGCAGGTGCTGCGAGGGATCGAt < 2:122030/136‑1 (MQ=255) gggCCAGGCGGCATACGCCGCCCTTGGCGGTGGCGCCGAGTTGGGCCAGGTCCATCAATGATTGCCACAGGCGCTCGCGGTTGATCAGAGGGCCTTGGCCGAGCAGGTGCTGCGAGGGATCGATGCGGGTGTTCAt > 2:323228/1‑136 (MQ=255) gcATACGCCGCCCTTGGCGGTGGCGCCGAGTTGGGCCAGGTCCATCAATGATTGCCACAGGCGCTCGCGGTTGATCAGAGGGCCTTGGCCGAGCAGGTGCTGCGAGGGATCGATGCGGGTGTTCATGGTTCAtctc < 2:408/136‑1 (MQ=255) aCGCCGCCCTTGGCGGTGGCGCCGAGTTGGGCCAGGTCCATCAATGATTGCCACAGGCGCTCGCGGTTGATCAGAGGGCCTTGGCCGAGCAGGTGCTGCGAGGGATCGATGCGGGTGTTCATGGTTCATCTCTCCt > 2:382386/1‑136 (MQ=255) gccgccCTTGGCGGTGGCGCCGAGTTGGGCCAGGTCCATCAATGATTGC‑‑CAGGCGCTCGCGGTTGATCAGAGGGCCTTGGCCGAGCAGGTGCTGCGAGGGATCGATGCGGGTGTTCATGGTTCATCTCTCCTGaaa < 1:157954/136‑1 (MQ=255) cgccCTTGGCGGTGGCGCCGAGTTGGGCCAGGTCCATCAATGATTGCCACAGGCGCTCGCGGTTGATCAGAGGGCCTTGGCCGAGCAGGTGCTGCGAGGGATCGATGCGGGTGTTCATGGTTCATCTCTCCTGaaa < 1:204159/136‑1 (MQ=255) | CCTGGGCGGCGGGCGAAGATATTGCCGATGGCGTCGACGCTGACCGTGCAGCCGGCCTCCTCGCACCAATGGACGAACAGGTCGCGAGCCTGGCGGTCGAGGTCGGTCAGGGCCAGGCGGCATACGCCGCCCTTGGCGGTGGCGCCGAGTTGGGCCAGGTCCATCAATGATTGCCACAGGCGCTCGCGGTTGATCAGAGGGCCTTGGCCGAGCAGGTGCTGCGAGGGATCGATGCGGGTGTTCATGGTTCATCTCTCCTGAAA > NC_002947/720954‑721216 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |