Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,394,839 | C→T | 12.3% | I236I (ATC→ATT) | rlmKL → | 23S rRNA (guanine(2445)‑N(2))/(guanine(2069)‑N(7))‑ methyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,394,839 | 0 | C | T | 12.3% | 90.0 / 4.1 | 34 | I236I (ATC→ATT) | rlmKL | 23S rRNA (guanine(2445)‑N(2))/(guanine(2069)‑N(7))‑ methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/12); new base T (2/2); total (20/14) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 |
AAGGAAAACCTGGCGGCAGCGGTGCTGATCCGTGCTGGCTGGCCGCGTATTGCTGCCGAAGGTGGTGCGCTGGCCGACCCGATGTGCGGCGTGGGTACCTTCCTGGTCGAGGCCGCGATGATCGCCGCCGATATCGCCCCCAACCTCAAGCGCGAACGCTGGGGCTTCAGTGCTTGGCTCGGCCATGTGCCGGCGCTGTGGCGCAAGGTGCATGACGAAGCGCAGGCGCGCGCGCAGGCCGGCCTGGCCAAGCCACCGCTGTGGATC > NC_002947/2394705‑2394971 | aaGGAAAACCTGGCGGCAGCGGTGCTGATCCGTGCTGGCTGGCCGCGTATTGCTGCCGAAGGTGGTGCGCTGGCCGACCCGATGTGCGGCGTGGGTACCTTCCTGGTCGAGGCCGCGATGATCGCCGCCGATATCg > 1:200034/1‑136 (MQ=255) aaGGAAAACCTGGCGGCAGCGGTGCTGATCCGTGCTGGCTGGCCGCGTATTGCTGCCGAAGGTGGTGCGCTGGCCGACCCGATGTGCGGCGTGGGTACCTTCCTGGTCGAGGCCGCGATGATCGCCGCCGATATCg < 2:442921/136‑1 (MQ=255) ggAAAACCTGGCGGCAGCGGTGCTGATCCGTGCTGGCTGGCCGCGTATTGCTGCCGAAGGTGGTGCGCTGGCCGACCCGATGTGCGGCGTGGGTACCTTCCTGGTCGAGGCCGCGATGATCGCCGCCGATATCGcc < 2:277932/136‑1 (MQ=255) ggAAAACCTGGCGGCAGCGGTGCTGATCCGTGCTGGCTGGCCGCGTATTGCTGCCGAAGGTGGTGCGCTGGCCGACCCGATGTGCGGCGTGGGTACCTTCCTGGTCGAGGCCGCGATGATCGCCGCCGATATCGcc < 2:377760/136‑1 (MQ=255) gcAGCGGTGCTGATCCGTGCTGGCTGGCCGCGTATTGCTGCCGAAGGTGGTGCGCTGGCCGACCCGATGTGCGGCGTGGGTACCTTCCTGGTCGAGGCCGCGATGATCGCCGCCGATATCGCCCCCAACCTCAAgc < 2:262088/136‑1 (MQ=255) cGGTGCTGATCCGTGCTGGCTGGCCGCGTATTGCTGCCGAAGGTGGTGCGCTGGCCGACCCGATGTGCGGCGTGGGTACCTTCCTGGTCGAGGCCGCGATGATCGCCGCCGATATCGCCCCCAACCTCAAGcgcgc > 1:338350/1‑135 (MQ=255) tGCTGATCCGTGCTGGCTGGCCGCGTATTGCTGCCGAAGGTGGTGCGCTGGCCGACCCGATGTGCGGCGTGGGTACCTTCCTGGTCGAGGCCGCGATGATCGCCGCCGATATCGCCCCCAACCTCAAGCGCGAACg > 2:414908/1‑136 (MQ=255) aTCCGTGCTGGCTGGCCGCGTATTGCTGCCGAAGGTGGTGCGCTGGCCGACCCGATGTGCGGCGTGGGTACCTTCCTGGTCGAGGCCGCGATGATCGCCGCCGATATCGCCCCCAACCTCAAGCGCGAACGCTggg > 2:391521/1‑136 (MQ=255) cGTGCTGGCTGGCCGCGTATTGCTGCCGAAGGTGGTGCGCTGGCCGACCCGATGTGCGGCGTGGGTACCTTCCTGGTCGAGGCCGCGATGATCGCCGCCGATATCGCCCCCAACCTCAAGCGCGAACGCTGGGGcg > 1:332398/1‑135 (MQ=255) tggctggcCGCGTATTGCTGCCGAAGGTGGTGCGCTGGCCGACCCGATGTGCGGCGTGGGTACCTTCCTGGTCGAGGCCGCGATGATCGCCGCCGATATTGCCCCCAACCTCAAGCGCGAACGCTGGGGCTTCAGt > 1:92346/1‑136 (MQ=255) tggctggcCGCGTATTGCTGCCGAAGGTGGTGCGCTGGCCGACCCGATGTGCGGCGTGGGTACCTTCCTGGTCGAGGCCGCGATGATCGCCGCCGATATTGCCCCCAACCTCAAGCGCGAACGCTGGGGCTTCAGt > 1:90040/1‑136 (MQ=255) tggctggcCGCGTATTGCTGCCGAAGGTGGTGCGCTGGCCGACCCGATGTGCGGCGTGGGTACCTTCCTGGTCGAGGCCGCGATGATCGCCGCCGATATCGCCCCCAACCTCAAGCGCGAACGCTGGGGCTTCAGt > 2:254241/1‑136 (MQ=255) ggcCGCGTATTGCTGCCGAAGGTGGTGCGCTGGCCGACCCGATGTGCGGCGTGGGTACCTTCCTGGTCGAGGCCGCGATGATCGCCGCCGATATCGCCCCCAACCTCAAGCGCGAACGCTGGGGCTTCAGTGCTTg < 1:279844/136‑1 (MQ=255) cgTATTGCTGCCGAAGGTGGTGCGCTGGCCGACCCGATGTGCGGCGTGGGTACCTTCCTGGTCGAGGCCGCGATGATCGCCGCCGATATCGCCCCCAACCTCAAGCGCGAACGCTGGGGCTTCAGTGCTTGGCTCg > 1:281790/1‑136 (MQ=255) cgTATAGCTGCCGAAGGTGGTGCGCTGGCCGACCCGATGTGCGGCGTGGGTACCATCCTGGTCGAGGCCGCGATGATCGCCGCCGATATAGCCCCCAACCTCAAGCGCGCACGCTGGGGCTTCAGTGCTTGGCTCg > 2:82232/1‑136 (MQ=255) gTATTGCTGCCGAAGGTGGTGCGCTGGCCGACCCGATGTGCGGCGTGGGTACCTTCCTGGTCGAGGCCGCGATGATCGCCGCCGATATTGCCCCCAACCTCAAGCGCGAACGCTGGGGCTTCAGTGCTTGGCTCgg < 2:90040/136‑1 (MQ=255) gTATTGCTGCCGAAGGTGGTGCGCTGGCCGACCCGATGTGCGGCGTGGGTACCTTCCTGGTCGAGGCCGCGATGATCGCCGCCGATATTGCCCCCAACCTCAAGCGCGAACGCTGGGGCTTCAGTGCTTGGCTCgg < 2:92346/136‑1 (MQ=255) tgcCGAAGGTGGTGCGCTGGCCGACCCGATGTGCGGCGTGGGTACCTTCCTGGTCGAGGCCGCGATGATCGCCGCCGATATCGCCCCCAACCTCAAGCGCGAACGCTGGGGCTTCAGTGCTTGGCTCGGCCAtgtg < 1:501470/136‑1 (MQ=255) aaGGTGGTGCGCTGGCCGACCCGATGTGCGGCGTGGGTACCTTCCTGGTCGAGGCCGCGATGATCGCCGCCGATATCGCCCCCAACCTCAAGCGCGAACGCTGGGGCTTCAGTGCTTGGCTCGGCCATGTGCCGgc > 2:43650/1‑136 (MQ=255) aaGGTGGTGCGCTGGCCGACCCGATGTGCGGCGTGGGTACCTTCCTGGTCGAGGCCGCGATGATCGCCGCCGATATCGCCCCCAACCTCAAGCGCGAACGCTGGGGCTTCAGTGCTTGGCTCGGCCATGTGCCGgc < 2:175109/136‑1 (MQ=255) gcTGGCCGACCCGATGTGCGGCGTGGGTACCTTCCTGGTCGAGGCCGCGATGATCGCCGCCGATATCGCCCCCAACCTCAAGCGCGAACGCTGGGGCTTCAGTGCTTGGCTCGGCCATGTGCCGGCGCTGTGgcgc > 1:486296/1‑136 (MQ=255) ccGACCCGATGTGCGGCGTGGGTACCTTCCTGGTCGAGGCCGCGATGATCGCCGCCGATATCGCCCCCAACCTCAAGCGCGAACGCTGGGGCTTCAGTGCTTGGCTCGGCCATGTGCCGGCGCTGTGGCGCAAGGt < 1:131218/136‑1 (MQ=255) gACCCGATGTGCGGCGTGGGTACCTTCCTGGTCGAGGCCGCGATGATCGCCGCCGATATCGCCCCCAACCTCAAGCGCGAACGCTGGGGCTTCAGTGCTTGGCTCGGCCATGTGCCGGCGCTGTGGCGCAAGGTGc > 1:176827/1‑136 (MQ=255) gATGTGCGGCGTGGGTACCTTCCTGGTCGAGGCCGCGATGATCGCCGCCGATATCGCCCCCAACCTCAAGCGCGAACGCTGGGGCTTCAGTGCTTGGCTCGGCCATGTGCCGGCGCTGTGGCGCAAGGTGCATGAc > 1:77151/1‑136 (MQ=255) cgTGGGTACCTTCCTGGTCGAGGCCGCGATGATCGCCGCCGATATCGCCCCCAACCTCAAGCGCGAACGCTGGGGCTTCAGTGCTTGGCTCGGCCATGTGCCGGCGCTGTGGCGCAAGGTGCATGACGAAGCGCAg < 2:115470/136‑1 (MQ=255) gTACCTTCCTGGTCGAGGCCGCGATGATCGCCGCCGATATCGCCCCCAACCTCAAGCGCGAACGCTGGGGCTTCAGTGCTTGGCTCGGCCATGTGCCGGCGCTGTGGCGCAAGGTGCATGACGACGCGCAGgcgcg > 2:425254/1‑136 (MQ=255) gTACCTTCCTGGTCGAGGCCGCGATGATCGCCGCCGATATCGCCCCCAACCTCAAGCGCGAACGCTGGGGCTTCAGTGCTTGGCTCGGCCATGTGCCGGCGCTGTGGCGCAAGGTGCATGACGAAGCGCAGgcgcg > 2:20584/1‑136 (MQ=255) gTACCTTCCTGGTCGAGGCCGCGATGATCGCCGCCGATATCGCCCCCAACCTCAAGCGCGAACGCTGGGGCTTCAGTGCTTGGCTCGGCCATGTGCCGGCGCTGTGGCGCAAGGTGCATGACGAAGCGCAGgcgcg > 1:318492/1‑136 (MQ=255) cGAGGCCGCGATGATCGCCGCCGATATCGCCCCCAACCTCAAGCGCGAACGCTGGGGCTTCAGTGCTTGGCTCGGCCATGTGCCGGCGCTGTGGCGCAAGGTGCATGACGAAGCGCAGGCGCGCGCGCAggccggc > 1:363226/1‑136 (MQ=255) atgatCGCCGCCGATATCGCCCCCAACCTCAAGCGCGAACGCTGGGGCTTCAGTGCTTGGCTCGGCCATGTGCCGGCGCTGTGGCGCAAGGTGCATGACGAAGCGCAGGCGCGCGCGCAGGCCGGCCTGGCCAAGc < 2:191239/136‑1 (MQ=255) atgatCGCCGCCGATATCGCCCCCAACCTCAAGCGCGAACGCTGGGGCTTCAGTGCTTGGCTCGGCCATGTGCCGGCGCTGTGGCGCAAGGGGCATGACGAAGCGCAGGCGCGCGCGCAGGCCGGCCTGGCCAAGc < 1:254241/136‑1 (MQ=255) cgATATCGCCCCCAACCTCAAGCGCGAACGCTGGGGCTTCAGTGCTTGGCTCGGCCATGTGCCGGCGCTGTGGCGCAAGGTGCATGACGAAGCGAAGGCGCGCGCGCAGGCCGGCCTGGCCAAGCCACCGCTGTgg > 2:451178/1‑136 (MQ=255) gATATCGCCCCCAACCTCAAGCGCGAACGCTGGGGCTTCAGTGCTTGGCTCGGCCATGTGCCGGCGCTGTGGCGCAAGGTGCATGACGAAGCGCAGGCGCGCGCGCAGGCCGGCCTGGCCAAGCCACCGCTGTGGa > 1:129547/1‑136 (MQ=255) tatCGCCCCCAACCTCAAGCGCGAACGCTGGGGCTTCAGTGCTTGGCTCGGCCATGTGCCGGCGCTGTGGCGCAAGGTGCATGACGATGCGAAGGCGCGCGCGCAGGCCGGCCTGGCCAAGCCACCGCTGTGGATc < 1:451178/136‑1 (MQ=255) | AAGGAAAACCTGGCGGCAGCGGTGCTGATCCGTGCTGGCTGGCCGCGTATTGCTGCCGAAGGTGGTGCGCTGGCCGACCCGATGTGCGGCGTGGGTACCTTCCTGGTCGAGGCCGCGATGATCGCCGCCGATATCGCCCCCAACCTCAAGCGCGAACGCTGGGGCTTCAGTGCTTGGCTCGGCCATGTGCCGGCGCTGTGGCGCAAGGTGCATGACGAAGCGCAGGCGCGCGCGCAGGCCGGCCTGGCCAAGCCACCGCTGTGGATC > NC_002947/2394705‑2394971 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |