| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,985,114 | C→T | 12.9% | P170P (CCG→CCA) | cobN ← | aerobic cobaltochelatase subunit CobN |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,985,114 | 0 | C | T | 12.9% | 84.1 / 4.3 | 31 | P170P (CCG→CCA) | cobN | aerobic cobaltochelatase subunit CobN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/11); new base T (2/2); total (18/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
TTGCAGGTGCGAACGGTAGAACAGCAGCGGTGCCACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGT > NC_002947/3984988‑3985241 | ttGCAGGTGCGAACTGTAGAACAGCAGCGGTGCCACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTcc > 2:254479/1‑136 (MQ=255) cAGGTGCGAACGGTAGAACAGCAGCGGTGCCACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAg > 2:486755/1‑136 (MQ=255) cAGGTGCGAACGGTAGAACAGCAGCGGTGCCACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAg > 1:130586/1‑136 (MQ=255) ggTAGAACAGCAGCGGTGCCACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTcgcg < 2:277082/136‑1 (MQ=255) tAGAACAGCAGCGGTGCCACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGTGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGc > 2:316985/1‑136 (MQ=255) tAGAACAGCAGCGGTGCCACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGTGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGc > 2:316983/1‑136 (MQ=255) cGGTGCCACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCCGCCAAtgg > 1:23237/1‑136 (MQ=255) gCCACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATtggctgg < 2:22998/136‑1 (MQ=255) ccACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCCGCCATtggctggc > 2:276620/1‑136 (MQ=255) gctCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCTGCTCGTCCCAGGCATTGTCGCGGCCCTGCCATTGGCTGGCCAGGCAGtt < 1:276620/136‑1 (MQ=255) gctCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGtt < 1:254479/136‑1 (MQ=255) gggTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGGCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACa > 2:46163/1‑136 (MQ=255) gggTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCCATGGCGGGCCAGGCAGTTGAACa > 2:273625/1‑136 (MQ=255) ccAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGcc < 1:14289/136‑1 (MQ=255) tCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGt < 2:243273/64‑1 (MQ=255) tCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGt > 1:243273/1‑64 (MQ=255) cgcTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTg < 2:241794/130‑1 (MQ=255) cgcTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTg > 1:241794/1‑130 (MQ=255) ggTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGTGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCg < 1:316985/136‑1 (MQ=255) ggTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGTGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCg < 1:316983/136‑1 (MQ=255) gATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCCGCCATTTGCGGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTTATGCCAAAGCCGCTc > 2:231961/1‑136 (MQ=255) gATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCCGCCAATGGCTGGGCAGGCACGTGAACACGTTGATGGCGTTTGCCTTTACGCCCTGGCGCAGGTAAATCCAAAGCAGCta > 2:196035/1‑135 (MQ=255) gATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCCGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCAGGCGCAGGTAATTCCAAAGCCGCTc > 2:366872/1‑136 (MQ=255) aCCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCt < 1:486755/136‑1 (MQ=255) cgTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGGCCCCCCAGTGGGGGGGCCGGCCGGTGGACCGGGTGATGGCGGTGGGCGTGCCGCCCCGGCGCCGGGAATGGCCAAGCCCCGcggccggcggc > 2:77829/1‑133 (MQ=255) cgTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCCGGCATTGGCTGGGCAGGGAGTTGAACAGGTTGATGGCGGTGGCCTTGCCGCCCGGGCGCAGGGTATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCtgc > 2:245004/1‑134 (MQ=255) tGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTTGCTGGGCCGGCAGTTGTACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCCCCCAGGCGCACGTAATTCCAAAGCCGCACGGCCTGCACAcc > 2:497808/1‑136 (MQ=255) tGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCACGCAGGTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCAGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCAcc > 2:413015/1‑136 (MQ=255) gcgGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACcgcg < 1:29491/136‑1 (MQ=255) aaaGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGt < 2:350792/136‑1 (MQ=255) aaaGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGt < 2:494270/136‑1 (MQ=255) | TTGCAGGTGCGAACGGTAGAACAGCAGCGGTGCCACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGT > NC_002947/3984988‑3985241 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |