Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,994,354 | 0 | A | C | 28.0% | 76.8 / 16.4 | 50 | T627P (ACC→CCC) | oplA | 5‑oxoprolinase A |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (9/27); new base C (14/0); total (23/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.71e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CCCTGTACTCGTACAGCGAACCCGCCAGCCCGGTGGAGCTGGTGAACCTGGAGTGCTCGGTGATCGGCCACCTGCCACGCCCGCCGCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCGCCCCCACCGCGCAAT‑CCGTCCGCCCGATGCTGTTCAGTGCCGACGGTGAATGGCAGCCCACACCGGTGTTCAACGGCAACCACCTGTTGCCTGGGCAGACCGTGCATGGCCCCTGTGTGATCGAGGAAGACACCACC > NC_002947/3994229‑3994485 | cccTGTACTCGTACAGCGAACCCGCCAGCCCGGTGGAGCTGGTGATCCTGGAGTGCTCGGTGATCGGCCACCTGCCACGCCCGCCGCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCGCCCCCACCGCGCAAt‑c < 1:263613/136‑1 (MQ=255) gTACTCGTACAGCGAACCCGCCAGCCCGGTGGAGCTGGTGAACCTGGAGTGCTCGGTGATCGGCCACCTGCCACGCCCGCCGCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCCCCCCCACCCCGCAAa‑ccgac > 2:435697/1‑134 (MQ=255) tACTCGTACAGCGAACCCGCCAGCCCGGTGGAGCTGGTGAACCTGGAGTGCTCGGTGATCGGCCACCTGCCACGCCCGCCGCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCGCCCCCACCGCGCAAt‑ccgtcc < 1:510517/136‑1 (MQ=255) aCTCGTACAGCGAACCCGCCAGCCCGGTGGAGCTGGTGAACCTGGAGTGCTCGGTGATCGGCCACCTGCCACGCCCGCCGCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAt‑ccgtccg > 1:104812/1‑136 (MQ=255) gTACAGCGAACCCGCCAGCCCGGTGGAGCTGGTGAACCTGGAGTGCTCGGTGATCGGCCACCTGCCACGCCCGCCGCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCGCCCCCACCGCGCAAT‑CCGTCCGCCCg < 1:470418/136‑1 (MQ=255) gTACAGCGAACCCGCCAGCCCGGTGGAGCTGGTGAACCTGGAGTGCTCGGTGATCGGCCACCTGCCACGCCCGCCGCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCGCCCCCACCGCGCAAT‑CCGTCCGCCCg < 1:36622/136‑1 (MQ=255) cAGCGAACCCGCCAGCCCGGTGGAGCTGGTGAACCTGGAGTGCTCGGTGATCGGCCACCTGACACGCCCGCCGCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGATCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCAA‑CCCTCCGCCCGATg > 1:562232/1‑136 (MQ=255) aGCGAACCCGCCAGCCCGGTGGAGCTGGTGAACCTGGAGTGCTCGGTGATCGGCCACCTGCCACGCCCGCCGCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCGCCCCCCCCGCGCAAA‑CCGGCCGCCCgcagg > 1:323967/1‑132 (MQ=255) aGCGAACCCGCCAGCCCGGTGGAGCTGGTGAACCTGGAGTGCTCGGTGATCGGCCACCTGCCACGCCCGCCGCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCGCCCCCCCCGCGCAAA‑CCGACCGCCCggagc > 1:467909/1‑132 (MQ=255) aGCGAACCCGCCAGCCCGGTGGAGCTGGTGAACCTGGAGTGCTCGGTGATCGGCCACCTGCCACGCCCGCCGCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCCCCCCCCCCGCGCCAA‑ACGTCCGCCCGATGc > 1:16899/1‑136 (MQ=255) aGCGAACCCGCCAGCCCGGTGGAGCTGGTGAACCTGGAGTGCTCGGTGATCGGCCACCTGCCACGCCCGCCGCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAT‑CCCACCCCCCGAAGc > 1:506463/1‑136 (MQ=255) aaCCCGCCAGCCCGGTGGAGCTGGTGAACCTGGAGTGCTCGGTGATCGGCCACCTGCCACGCCCGCCGCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGCGCCCCCCCCCCCCCCCGCGCAAA‑CCCGCCGCCCGATGcgggg > 1:323970/1‑132 (MQ=255) ccGCCAGCCCGGTGGAGCTGGTGAACCTGGAGTGCTCGGTGATCGGCCACCTGCCACGCCCGCCGCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGCGCCCCCCGCCCCCCCCGCGCAAT‑CCGTCCGCCCGATGCGGTGCAg > 1:277443/1‑136 (MQ=255) ccGCCAGCCCGGTGGAGCTGGTGAACCTGGAGTGCTCGGTGATCGGCCACCTGCCACGCCCGCCGCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCGCCCCCACCGCGCAAt‑c < 1:394680/115‑1 (MQ=255) ccGCCAGCCCGGTGGAGCTGGTGAACCTGGAGTGCTCGGTGATCGGCCACCTGCCACGCCCGCCGCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCGCCCCCACCGCGCAAt‑c > 2:394680/1‑115 (MQ=255) gCCAGCCCGGTGGAGCTGGTGAACCTGGAGTGCTCGGTGATCGGCCACCTGCCACGCCCGCCGCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGCGCCCCCCGCCCCCCCCGCGCAAT‑CCGTCCGCCCGCTGCTGTTCAGTg > 2:106927/1‑136 (MQ=255) gCCAGCCCGGTGGAGCTGGTGAACCTGGAGTGCTCGGTGATCGGCCACCTGCCACGCCCGCCGCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCGCCCCCACCGCGCAAT‑CCGTCCGCCCGATGCTGTTCAGTg > 2:365191/1‑136 (MQ=255) ggTGATCGGCCACCTGCCACGCCCGCCGCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGCGCCCCCCGCCCCCACCGCGCAAT‑CCGTCCGCCCGATGCTGTTCAGTGCCGCCGGGGAATGGCAGCCCCCACCGGTGTTCAAc > 2:198945/1‑136 (MQ=255) ggTGATCGGCCACCTGCCACGCCCGCCGCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGCGCCCCCCGCCCCCACCGCCCCAT‑CCGTACGCCCGCTGCTTTTGAGTGCCGACGGGGAATGGCCGCCCACACCCGGGTTCAAc > 1:72535/1‑136 (MQ=255) ggTGATCGGCCACCTGCCACGCCCGCCGCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCGCCCCCCCCGCGCAAA‑CCGTCCGCCCGATGGGGTTCCGTGCCGACGGTGAATGGCAGCCCACCCCGGTGTTAAAc > 2:465087/1‑136 (MQ=255) ggTGATCGGCCACCTGCCACGCCCGCCGCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCGCCCCCCCCCCGCAAA‑CCCGCCGCCCCCTGCGGTTGGGTGGCGCCGGTGAATGGCAGCCCCCACCCGGGTTGaaa > 1:359122/1‑135 (MQ=255) ggTGATCGGCCACCTGCCACGCCCGCCGCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCGCCCCCACCGCGCCAT‑CCGTCCGCCCGCTGCTGTTGAGTGGCGACGGTGAATGGCAGCCCACACCCGTGTTCaaa > 2:319221/1‑135 (MQ=255) gTGATCGGCCACCTGCCACGCCCGCCGCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCGCCCCCCCCGCCCAAT‑CCGTCCGCCCGAGGGTGTTAAGTGCCCCCGGGGAAAGGCAGCCCACACCGGGGTTAAAcc > 2:578106/1‑135 (MQ=255) gATCGGCCACCTGCCACGCCCGCCGCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCGCCCCCACCGCACAAT‑CCGTCCGCCCGATGCTGTTCAGTGCCGACGGTGAATGGCAGCCCACACCGGTGTTCAACGGc < 1:78418/136‑1 (MQ=255) gCCACCTGCCACGCCCGCCGCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCGCCCCCACCGCGCAAT‑CCGTCCGCCCGATGCTGTTCAGTGCCGACGGTGAATGGCAGCCCACACCGGTGTTCAACGGCAacca < 1:487395/136‑1 (MQ=255) tGCCACGCCCGCCGCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCGCCCCCACCGCGCAAT‑CCGTCCGCCCGATGCTGTTCAGTGCCGACGGTGAATGGCAGCCCACACCGGTGTTCAACGGCAACCACCTGtt < 1:106927/136‑1 (MQ=255) tGCCACGCCCGCCGCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCGCCCCCACCGCGCAAT‑CCGTCCGCCCGATGCTGTTCAGTGCCGACGGTGAATGGCAGCCCACACCGGTGTTCAACGGCAACCACCTGtt < 1:365191/136‑1 (MQ=255) tGCCACGCCCGCCGCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCGCCCCCACCGCGCAAT‑CCGTCCGCCCGATGCTGTTCAGTGCCGACGGTGAATGGCAGCCCACACCGGTGTTCAACGGCAACCACCTGtt < 1:307651/136‑1 (MQ=255) tGCCACGCCCGCCCCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCGCCCCCACCGCGCAAT‑CCGTCCGCCCGATGCTGTTCAGTGCCGACGGTGAATGGCAGCCCACACCGGTGTTCAACGGCAACCACCTGtt < 2:104812/136‑1 (MQ=255) ggCCACGCCCGCCGCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCGCCCCCACCGCGCAAT‑CCGTCCGCCCGATGCTGTTCAGTGCCGACGGTGAATGGCAGCCCACACCGGTGTTCAACGGCAACCACCTGtt < 1:216276/135‑1 (MQ=255) ggCCACGCCCGCCGCAACCCGAGCGGCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCGCCCCCACCGCGCAAT‑CCGTCCGCCCGATGCTGTTCAGTGCCGACGGTGAATGGCAGCCCACACCGGTGTTCAACGGCAACCACCTGtt < 1:72257/135‑1 (MQ=255) ccgccgCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCGCCCCCACCGCGCAAT‑CCGTCCGCCCGATGCTGTTCAGTGCCGACGGTGAATGGCAGCCCACACCGGTGTTCAACGGCAACCACCTGTTGCCTGGGc < 1:198945/136‑1 (MQ=255) aGCTGCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCGCCCCCACCGCGCAAT‑CCGTCCGCCCGATGCTGTTCAGTGCCGACGGTGAATGGCAGCCCACACCGGTGTTCAACGGCAACCACCTGTTGCCTGGGCAGACCGTGCATgg < 2:506463/136‑1 (MQ=255) aGCTGCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCGCCCCCACCGCGCAAT‑CCGTCCGCCCGATGCTGTTCAGTGCCGACGGTGAATGGCAGCCCACACCGGTGTTCAACGGCAACCACCTGTTGCCTGGGCAGACCGTGCATgg < 2:467909/136‑1 (MQ=255) tGCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCGCCCCCACCGCGCAAT‑CCGTCCGCCCGCTGGGGTTAAGTGCCGCCGGGGCATGGCAGCCCCCCCCGGTGTTGAACGGCCACCACCAGTTGCCTGGGCAGCCCGTGCATGGgcc > 2:317165/1‑136 (MQ=255) gCAGGGGCCGGCCGCGCCCCCCGCCCCCCCCGCGCAAT‑CCGTCCGGCCGATGGTGTTGAGTGCCGACGGTGAATGGCAGCCCCCACCGGTGTTCAACGGCAACCCCCGGTTGCCTGGGCCGCCCGTGCATGGcccc > 2:116819/1‑136 (MQ=255) gCAGGGGCCGGCCGAGCCCGCCGCCCCCACCGCGCAAT‑CCGTCCGCCCGATGCTGTTCAGTGCCGACGGTGAATGGCAGCCCACACCGGTGTTCTACGGCAACCACCTGTTGCCTGGGCAGACCGTGCATGGcccc < 1:240261/136‑1 (MQ=255) gCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCGCCCCCACCGCGCAAT‑CCGTCCGCCCGATGCTGTTCAGTGCCGACGGTGAATGGCAGCCCACACCGGTGTTCAACGGCAACCACCTGTTGCCTGGGCAGACCGTGCATGGcccc < 1:12285/136‑1 (MQ=255) gCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCCCCCCCCCCGCGCAATACCGGCC‑CCCCCTGCGGGTCAGTGCCCCCGGTGAATGGCAGCCCCACCCGGGGTTAAACGGCAACCAACAGTTGGCAGGGCAGACCCTGCAAGGcccc > 2:321546/1‑136 (MQ=255) cgAGCCCCCCGCCCCCACCGCGCAAT‑CCGTCCGCCCGATGCTGTTCAGTGCCGACGGTGAATGGCAGCCCACACCGGTGTTCAACGGCAACCACCTGTTGCCTGGGCAGACCGTGCATGGCCCCTGTGTGATCGAg < 1:87049/136‑1 (MQ=255) cgCCCCCCGCCCCCACCGCGCAAT‑CCGTCCGCCCGATGCTGTTCAGTGCCGACGGTGAATGGCAGCCCACACCGGTGTTCAACGGCAACCACCTGTTGCCTGGGCAGACCGTGCATGGCCCCTGTGTGATCGAGGa < 1:129297/135‑1 (MQ=255) aGCCCCCCGCCCCCACCGCGCAAT‑CCGTCCGCCCGATGCTGTTCAGTGCCGACGGTGAATGGCAGCCCACACCGGTGTTCAACGGCAACCACCTGTTGCCTGGGCAGACCGTGCATGGCCCCTGTGTGATCGAGGa < 1:563132/136‑1 (MQ=255) aGCCCCCCGCCCCCACCGCGCAAT‑ACCTCCGCCCGAAGCTGTTAAGTGCCGACGGTGAAAGGCAGCCCACACCGGTGTTAAACCGCAACCACCACTTTCCTGGGCAGACCGTTCATGGGCCCGGTGTGATAGAGGa > 2:345907/1‑136 (MQ=255) gCCCCCCGCCCCCACCGCGCAAT‑CCGTCCGCCCGATGCTGTTCAGTGCCGACGGTGAATGGCAGCCCACACCGGTGTTCAACGGCAACCACCTGTTGCCTGGGCAGACCGTGCATGGCCCCTGTGTGATCGAGGaa < 1:217088/136‑1 (MQ=255) gCCCCCCGCCCCCACCGCGCAAT‑CCGTCCGCCCGATGCTGTTCAGTGCCGACGGTGAATGGCAGCCCACACCGGTGTTCAACGGCAACCACCTGTTGCCTGGGCAGACCGTGCATGGCCCCTGTGTGATCGAGGaa < 2:319258/136‑1 (MQ=255) gCCCCCCGCCCCCACCGCGCAAT‑CCGTCCGCCCGATGCTGTTCAGTGCCGACGGTGAATGGCAGCCCACACCGGTGTTCAACGGCAACCACCTGTTGCCTGGGCAGACCGTGCATGGCCCCTGTGTGATCGAGGaa < 2:495773/136‑1 (MQ=255) gCCCCCCGCCCCCACCGCGCAAT‑CCGTCCGCCCGATGCTGTTCAGTGCCGACGGTGAATGGCAGCCCACACCGGTGTTCAACGGCAACCACCTGTTGCCTGGGCAGACCGTGCATGGCCCCTGTGTGATCGAGGaa < 1:448029/136‑1 (MQ=255) ccGCCCCCACCGCGCAAT‑CCGTCCGCCCGATGCTGTTCAGTGCCGACGGTGAATGGCAGCCCACACCGGTGTTCAACGGCAACCACCTGTTGCCTGGGCAGACCGTGCATGGCCCCTGTGTGATCGAGGAAGacac < 2:211165/136‑1 (MQ=255) ccGCCCCCACCGCGCAAT‑CCGTCCGCCCGATGCTGTTCAGTGCCGACGGTGAATGGCAGCCCACACCGGTGTTCAACGGCAACCACCTGTTGCCTGGGCAGACCGTGCATGGCCCCTGTGTGATCGAGGAAGacac < 1:319221/136‑1 (MQ=255) ccccACCGCGCAAT‑CCGTCCGCCCGATGCTGTTCAGTGCCGACGGTGAATGGCAGCCCACACCGGTGGTAAACGGCAACCACCTGTTGCCTGGGCAGACCGTGCATGGCCCCAGTGTGATCGAGGAAGCCaccacc > 2:444140/1‑136 (MQ=255) | CCCTGTACTCGTACAGCGAACCCGCCAGCCCGGTGGAGCTGGTGAACCTGGAGTGCTCGGTGATCGGCCACCTGCCACGCCCGCCGCAACCCGAGCTGCAGGGGCCGGCCGAGCCCCCCGCCCCCACCGCGCAAT‑CCGTCCGCCCGATGCTGTTCAGTGCCGACGGTGAATGGCAGCCCACACCGGTGTTCAACGGCAACCACCTGTTGCCTGGGCAGACCGTGCATGGCCCCTGTGTGATCGAGGAAGACACCACC > NC_002947/3994229‑3994485 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |