| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,140,018 | 0 | C | A | 52.9% | 7.0 / 16.1 | 18 | E517* (GAA→TAA) | PP_4521 | aerotaxis receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/3); new base A (9/0); total (15/3) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.24e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.66e-02 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGATCTGCTGGTTGATGTC > NC_002947/5139895‑5140141 | gTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCGTTGGGGGGCCCGCGCTTTGAGCGGGTGGACCGTTACGCCCGGcgttg > 1:181337/1‑132 (MQ=255) tCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCCCTTTGCGGGCCCCGCGCTTTCAGCGGTTGAACCATTACGCCAGGCTATgg > 1:146043/1‑135 (MQ=255) gggCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTGAGCGGGTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTaa > 1:366735/1‑135 (MQ=255) gggCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCCCCTTGCGGGCCCCGCGCTTTGAGCGGTTGAACCTTTGCGCCCGGCTATGCAGGTaa > 1:205882/1‑135 (MQ=255) ggCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGACTTGCGCGGGTGAACCGTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGccc > 2:204073/1‑135 (MQ=255) ggCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCCCGTTGCGGGCCCCCCGCGTTTCGCGGGTGTACCATTACCCCCCGCGAAGCAGGTTCgccgccc > 2:325640/1‑135 (MQ=255) cGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGGGGGCCCCGCGCTTTGCGGGGTTGATCCTTTACGCCAGGCGTTGCAGGTACTGCGCCAAGCGGGCGAGGTGGTGGCTGATTTgcgccc > 2:373370/1‑134 (MQ=255) ggTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCCCGCTTTAAGCGGTTGAACCTTTCCGCCCGGCTATTCAGGTACTCCGCCCAGCGCTCGAGGTCCGGGCTGATTTCCGCGcc > 1:374816/1‑136 (MQ=255) gTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGGCCCCGTTTGGGGGCCCGCGGTTTGAGCGGGTGTACCGTTACGCCAGGGTTTGCAGGGTCTCCGCCCTGCGCACGGGGGGCTGGCTGATTTGCGCGccg > 2:245541/1‑135 (MQ=255) gTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCGTTGCGGGCCCCGCGATTTAAGCGGGTGAACCATTACGCCAGGCTATGCAGGTACAACGCCAAGCGCACGAGGTCCTGGCTGATTTACGCGcca > 2:47660/1‑135 (MQ=255) ttGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCCCGTTGCGGGCCCCCCGCTTTAAGCGGTTGAACCATTACGCCCGGCTATGCAGGTACTACCCCAATCCCGCGAGGTCCTGGGGGCTTTACGCGCCATTCCTg > 2:109304/1‑136 (MQ=255) gTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTACCCCACGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTACGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGcc > 1:73354/1‑135 (MQ=255) gTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCGTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCGATGCAGGTACTCCGCCATGCGCGCGAGGTGCTGGGGGATTTCCGCGCCTTTCCTGGCTTGCCCGGcc > 1:222622/1‑135 (MQ=255) gTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCGTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGGTGAACCATTACGCCCGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGGCCTGGGTGATTTACGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGcc > 1:310665/1‑135 (MQ=255) ccaTTACAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGCTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTAGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGATctgct > 2:313955/3‑136 (MQ=255) ttCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGATCTGCTGGtt < 2:366735/136‑1 (MQ=255) ttCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGATCTGCTGGtt < 2:4009/136‑1 (MQ=255) ggTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCGCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGATCTGCTGGTTGATGTc < 1:257171/136‑1 (MQ=255) | GTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGATCTGCTGGTTGATGTC > NC_002947/5139895‑5140141 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |