| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,278,042 | Δ1 bp | 5.3% | coding (192/1125 nt) | rlmG → | ribosomal RNA large subunit methyltransferase G |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,278,042 | 0 | A | . | 5.3% | 1046.9 / 45.9 | 302 | coding (192/1125 nt) | rlmG | ribosomal RNA large subunit methyltransferase G |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (163/123); new base . (5/11); total (168/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.76e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
CGCCAGCCGGAGCAGGCCAACGACCCGTTGCAGGCCTTCGATGCCGCCGACGAGTACCTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAGGCCCGTTCGACCGGGTGCTGG > NC_002947/5277893‑5278190 | cGCCAGCGGGAGCAGGCCAACGACCCGTTGCAGGCCTTCGATGCCGCCGACGAGTACCTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCa < 2:3343610/150‑1 (MQ=255)cGCCAGCCGGAGCAGGCCAACGACCCGTTGCAGGCCTTCGATGCCGCCGACGAGTACCTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCa < 1:6523188/150‑1 (MQ=255)cGCCAGCCGGAGCAGGCCAACGACCCGTTGCAGGCCTTCGATGCCGCCGACGAGTACCTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCa < 2:1936026/150‑1 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ccTTCGATGCCGCCGACGAGTACCTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGc > 1:5679818/1‑150 (MQ=255) ttCGATGCCGCCGACGAGTACCTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCAc < 1:3589001/150‑1 (MQ=255) tCGATGCCGCCGACGAGTACCTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCAcc > 2:5249770/1‑150 (MQ=255) aTGCCGCCGACGAGTACCTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTgg < 1:4041542/150‑1 (MQ=255) aTGCCGCCGACGAGTACCTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTgg < 1:3851993/150‑1 (MQ=255) 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aaTGACAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGG‑AAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCg > 1:6020641/1‑150 (MQ=255) tGACAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGa > 1:6214808/1‑150 (MQ=255) gACAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGaa < 1:978069/150‑1 (MQ=255) aCAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAac > 1:6322403/1‑150 (MQ=255) cAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAaca < 1:2323651/150‑1 (MQ=255) cAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAaca < 2:544162/150‑1 (MQ=255) aGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAacac > 2:4362805/1‑150 (MQ=255) cTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTg > 2:184313/1‑150 (MQ=255) cTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTg < 1:900478/150‑1 (MQ=255) cTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTg > 2:6268558/1‑150 (MQ=255) ggTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCaa < 2:1645795/150‑1 (MQ=255) ggTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCaa < 2:6208732/150‑1 (MQ=255) gTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCGATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAg > 2:4030588/1‑150 (MQ=255) gTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAg > 1:422854/1‑150 (MQ=255) tGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAGGCCCGt > 2:1479571/1‑150 (MQ=255) ggcctgCAAGGCTTGC‑GGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACa > 2:4536441/6‑107 (MQ=255) ggcctgCAAGGCTTGC‑GGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACa < 1:4536409/102‑1 (MQ=255) ggcctgCAAGGCTTGC‑GGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACa > 2:1092694/6‑107 (MQ=255) ggcctgCAAGGCTTGC‑GGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCAGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAGGCCCGtt > 1:3713706/6‑150 (MQ=255) ggCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAGGCCCGtt > 2:3244428/1‑150 (MQ=255) c‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAGGCCCGTTCGa > 2:4732372/1‑150 (MQ=255) aGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAGGCCCGTTCGACCgg < 2:4158727/150‑1 (MQ=255) gCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAGGCCCGTTCGACCggg < 1:6636898/150‑1 (MQ=255) gCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAGGCCCGTTCGACCGGGTGCTg < 2:3819114/150‑1 (MQ=255) gCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAGGCCCGTTCGACCGGGTGCTg < 2:399632/150‑1 (MQ=255) cAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAGGCCCGTTCGACCGGGTGCTgg > 1:2130113/1‑150 (MQ=255) | CGCCAGCCGGAGCAGGCCAACGACCCGTTGCAGGCCTTCGATGCCGCCGACGAGTACCTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCTCAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCTGCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAGGCCCGTTCGACCGGGTGCTGG > NC_002947/5277893‑5278190 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |