| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,349,486 | Δ1 bp | 10.4% | intergenic (+64/‑114) | pgi‑II → / → acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,349,486 | 0 | G | . | 10.4% | 508.0 / 56.7 | 164 | intergenic (+64/‑114) | pgi‑II/acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (92/54); new base . (14/3); total (106/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.16e-01 | |||||||||||
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
GGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGCCCTGGCC > NC_002947/5349341‑5349635 | gTCTGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCgg < 1:4739859/150‑1 (MQ=255) gTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCgg < 2:3396361/150‑1 (MQ=255) gTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCgg < 1:1475003/150‑1 (MQ=255) 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aCCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATc > 1:1286933/1‑150 (MQ=255) cAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCg > 1:5676692/1‑150 (MQ=255) cAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCg > 2:5790850/1‑150 (MQ=255) cAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCg > 2:2784959/1‑150 (MQ=255) aGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGc > 2:5567507/1‑150 (MQ=255) ggCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCa > 2:2266937/1‑150 (MQ=255) gCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCaa > 1:4107456/1‑150 (MQ=255) gCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCaa > 1:4929535/1‑150 (MQ=255) aaCGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAAt > 1:2450823/1‑150 (MQ=255) gcgTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATAcc > 1:3430283/1‑150 (MQ=255) aCCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAg > 1:1864224/1‑150 (MQ=255) cTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGc > 1:4654791/1‑150 (MQ=255) tCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCAGGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGcc > 2:4589383/1‑150 (MQ=255) gTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTCAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGCCCt > 1:6453261/1‑150 (MQ=255) aGGCGCGGGTTTACCC‑GCGCAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGCCCTgg < 2:4718104/150‑1 (MQ=255) | GGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGCCCTGGCC > NC_002947/5349341‑5349635 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |