| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,990,844:1 | +C | 5.8% | coding (89/753 nt) | flgA → | flagella basal body P‑ring formation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,990,844 | 1 | . | C | 5.8% | 1440.5 / 75.4 | 328 | coding (89/753 nt) | flgA | flagella basal body P‑ring formation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (139/170); new base C (7/12); total (146/182) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 329 total aligned reads displayed.
TTCAGCCTTTCGTTGCAACTCAGGTAGCGAGTCGGCACGGGCTTTGCTTTTTTGAGTGTCATGCACACGAAAACGACATTTTCCCGACGATTGACACGCCTGCTGACTGGCCCGCTGGCCACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAACGCGTTCACCTTGCCTGAACAGCTTATCGGTGTCACCCAAGGGTTTCTTGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCT > NC_002947/4990696‑4990988 | tCAGCCTTTCGTTGCAACTCAGGTAGCGAGTCGGCACGGGCTTTGCTTTTTTGAGTGTCATGCACACGAAAACGACATTTTCCCGACGATTGACACGCCTGCTGACTGGCCCGCTGGCCACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑Ca > 1:3601186/1‑150 (MQ=255) gCCTTTCGTTGCAACTCAGGTAGCGAGTCGGCACGGGCTTTGCTTTTTTGAGTGTCATGCACACGAAAACGACATTTTCCCGACGATTGACACGCCTGCTGACTGGCCCGCTGGCCACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACg < 2:1370696/149‑1 (MQ=255) ccTTTCGTTGCAACTCAGGTAGCGAGTCGGCACGGGCTTTGCTTTTTTGAGTGTCATGCACACGAAAACGACATTTTCCCGACGATTGACACGCCTGCTGACTGGCCCGCTGGCCACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGt < 2:3758131/150‑1 (MQ=255) ttCGTTGCAACTCAGGTAGCGAGTCGGCACGGGCTTTGCTTTTTTGAGTGTCATGCACACGAAAACGACATTTTCCCGACGATTGACACGCCTGCTGACTGGCCCGCTGGCCACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGc < 2:5816768/150‑1 (MQ=255) gTTGCAACTCAGGTAGCGAGTCGGCACGGGCTTTGCTTTTTTGAGTGTCATGCACACGAAAACGACATTTTCCCGACGATTGACACGCCTGCTGACTGGCCCGCTGGCCACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGaa < 2:3412984/150‑1 (MQ=255) ttGCAACTCAGGTAGCGAGTCGGCACGGGCTTTGCTTTTTTGAGTGTCATGCACACGAAAACGACATTTTCCCGACGATTGACACGCCTGCTGACTGGCCCGCTGGCCACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAAc > 2:6791605/1‑150 (MQ=255) ttGCAACTCAGGTAGCGAGTCGGCACGGGCTTTGCTTTTTTGAGTGTCATGCACACGAAAACGACATTTTCCCGACGATTGACACGCCTGCTGACTGGCCCGCTGGCCACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAAc < 1:653955/150‑1 (MQ=255) ttGCAACTCAGGTAGCGAGTCGGCACGGGCTTTGCTTTTTTGAGTGTCATGCACACGAAAACGACATTTTCCCGACGATTGACACGCCTGCTGACTGGCCCGCTGGCCACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAAc > 2:4815599/1‑150 (MQ=255) aaCTCAGGTAGCGAGTCGGCACGGGCTTTGCTTTTTTGAGTGTCATGCACACGAAAACGACATTTTCCCGACGATTGACACGCCTGCTGACTGGCCCGCTGGCCACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCGCCACCGT‑GCGAAcgccg < 2:5179225/150‑3 (MQ=255) aaCTCAGGTAGCGAGTCGGCACGGGCTTTGCTTTTTTGAGTGTCATGCACACGAAAACGACATTTTCCCGACGATTGACACGCCTGCTGACTGGCCCGCTGGCCACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCGCCACCGT‑GCGAAcgccg < 1:275248/150‑3 (MQ=255) aaCTCAGGTAGCGAGTCGGCACGGGCTTTGCTTTTTTGAGTGTCATGCACACGAAAACGACATTTTCCCGACGATTGACACGCCTGCTGACTGGCCCGCTGGCCACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAAcgccg < 1:4371635/150‑3 (MQ=255) aaCTCAGGTAGCGAGTCGGCACGGGCTTTGCTTTTTTGAGTGTCATGCACACGAAAACGACATTTTCCCGACGATTGACACGCCTGCTGACTGGCCCGCTGGCCACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAACGCGt > 1:6174112/1‑150 (MQ=255) aCTCAGGTAGCGAGTCGGCACGGGCTTTGCTTTTTTGCGTGTCATGCACACGAAAACGACATTTTCCCGACGATTGCCACGCCTGCTGACTGGCCCGCTGGCCACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAACGCGtt < 2:3351194/150‑1 (MQ=255) aCTCAGGTAGCGAGTCGGCACGGGCTTTGCTTTTTTGAGTGTCATGCACACGAAAACGACATTTTCCCGACGATTGACACGCCTGCTGACTGGCCCGCTGGCCACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCGCCACCGT‑GCGAAcgccgg < 2:1806331/150‑4 (MQ=255) aCTCAGGTAGCGAGTCGGCACGGGCTTTGCTTTTTTGAGTGTCATGCACACGAAAACGACATTTTCCCGACGATTGACACGCCTGCTGACTGGCCCGCTGGCCACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAACGCGtt > 1:2272155/1‑150 (MQ=255) cTCAGGTAGCGAGTCGGCACGGGCTTTGCTTTTTTGAGTGTCATGCACACGAAAACGACATTTTCCCGACGATTGACACGCCTGCTGACTGGCCCGCTGGCCACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCGCCACCGT‑GCGAAcgccggg < 1:6859164/150‑5 (MQ=255) aGGTAGCGAGTCGGCACGGGCTTTGCTTTTTTGAGTGTCATGCACACGAAAACGACATTTTCCCGACGATTGACACGCCTGCTGACTGGCCCGCTGGCCACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAACGCGTTCAcc > 2:5294497/1‑150 (MQ=255) aGCGAGTCGGCACGGGCTTTGCTTTTTTGAGTGTCATGCACACGAAAACGACATTTTCCCGACGATTGACACGCCTGCTGACTGGCCCGCTGGCCACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAACGCGTTCACCTTGc > 1:4855312/1‑150 (MQ=255) 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ttttttGAGTGTCATGCACACGAAAACGACATTTTCCCGACGATTGACACGCCTGCTGACTGGCCCGCTGGCCACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAACGCGTTCACCTTGCCTGAACAGCTTATCGGTGTCAc > 2:5651453/1‑150 (MQ=255) ttGAGTGTCATGCACACGAAAACGACATTTTCCCGACGATTGACACGCCTGCTGACTGGCCCGCTGGCCACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAACGCGTTCACCTTGCCTGAACAGCTTATCGGTGTCACCCaa < 1:5294806/150‑1 (MQ=255) tGAGTGTCATGCACACGAAAACGACATTTTCCCGACGATTGACACGCCTGCTGACTGGCCCGCTGGCCACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAACGCGTTCACCTTGCCTGAACAGCTTATCGGTGTCACCCAAg > 1:4061506/1‑150 (MQ=255) tGAGTGTCATGCACACGAAAACGACATTTTCCCGACGATTGACACGCCTGCTGACTGGCCCGCTGGCCACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAACGCGTTCACCTTGCCTGAACAGCTTATCGGTGTCACCCAAg < 1:1835122/150‑1 (MQ=255) gAGTGTCATGCACACGAAAACGACATTTTCCCGACGATTGACACGCCTGCTGACTGGCCCGCTGGCCACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAACGCGTTCACCTTGCCTGAACAGCTTATCGGTGTCACCCAAgg < 1:2671744/150‑1 (MQ=255) tgtCATGCACACGAAAACGACATTTTCCCGACGATTGACACGCCTGCTGACTGGCCCGCTGGCCACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAACGCGTTCACCTTGCCTGAACAGCTTATCGGTGTCACCCAAGGGtt > 1:2006367/1‑150 (MQ=255) cATGCACACGAAAACGACATTTTCCCGACGATTGACACGCCTGCTGACTGGCCCGCTGGCCACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAACGCGTTCACCTTGCCTGAACAGCTTATCGGTGTCACCCAAGGGTTTCt < 1:1171469/150‑1 (MQ=255) aTGCACACGAAAACGACATTTTCCCGACGATTGACACGCCTGCTGACTGGCCCGCTGGCCACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAACGCGTTCACCTTGCCTGAACAGCTTATCGGTGTCACCCAAGGGTTTCtt < 2:15509/150‑1 (MQ=255) aTGCACACGAAAACGACATTTTCCCGACGATTGACACGCCTGCTGACTGGCCCGCTGGCCACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAACGCGTTCACCTTGCCTGAACAGCTTATCGGTGTCACCCAAGGGTTTCtt < 1:3303179/150‑1 (MQ=255) aTGCACACGAAAACGACATTTTCCCGACGATTGACACGCCTGCTGACTGGCCCGCTGGCCACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAACGCGTTCACCTTGCCTGAACAGCTTATCGGTGTCACCCAAGGGTTTCtt < 1:5117229/150‑1 (MQ=255) 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cACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAACGCGTTCACCTTGCCTGAACAGCTTATCGGTGTCACCCAAGGGTTTCTTGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCa < 2:6875416/150‑1 (MQ=255) cACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAACGCGTTCACCTTGCCTGAACAGCTTATCGGTGTCACCCAAGGGTTTCTTGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCa < 2:2076609/150‑1 (MQ=255) cACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGACGAACGCGTTCACCTTGCCTGAACAGCTTATCGGTGTCACCCAAGGGTTTCTTGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCa < 2:774983/150‑1 (MQ=255) aCGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAACGCGTTCACCTTGCCTGAACAGCTTATCGGTGTCACCCAAGGGTTTCTTGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAg < 2:3491374/150‑1 (MQ=255) aCGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAACGCGTTCACCTTGCCTGAACAGCTTATCGGTGTCACCCAAGGGTTTCTTGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAg < 1:6494854/150‑1 (MQ=255) aCGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAACGCGTTCACCTTGCCTGAACAGCTTATCGGTGTCACCCAAGGGTTTCTTGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAg < 1:1398824/150‑1 (MQ=255) aCGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAACGCGTTCACCTTGCCTGAACAGCTTATCGGTGTCACCCAAGGGTTTCTTGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAg < 2:537973/150‑1 (MQ=255) gCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAACGCGTTCACCTTGCCTGAACAGCTTATCGGTGTCACCCAAGGGTTTCTTGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAAcc < 1:965974/150‑1 (MQ=255) ccTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAACGCGTTCACCTTGCCTGAACAGCTTATCGGTGTCACCCAAGGGTTTCTTGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAAccc < 1:6518450/150‑1 (MQ=255) ctgctgATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAACGCGTTCACCTTGCCTGAACAGCTTATCGGTGTCACCCAAGGGTTTCTTGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCg > 1:1508014/1‑150 (MQ=255) tgctgATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAACGCGTTCACCTTGCCTGAACAGCTTATCGGTGTCACCCAAGGGTTTCTTGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGc > 1:1257018/1‑150 (MQ=255) tGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAACGCGTTCACCTTGCCTGAACAGCTTATCGGTGTCACCCAAGGGTTTCTTGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGAcc < 2:6174112/150‑1 (MQ=255) tGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAACGCGTTCACCTTGCCTGAACAGCTTATCGGTGTCACCCAAGGGTTTCTTGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGAcc < 2:6532583/150‑1 (MQ=255) gtgaacgCGTTCGCCACCGT‑GCGAACGCGTTCACCTTGCCTGAACAGCTTATCGGTGTCACCCAAGGGTTTCTTGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTAGGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGAcc > 1:3986713/7‑150 (MQ=255) cGTTCG‑CACGGTGGCGAACGCGTTCACCTTGCCTGAACAGCTTATCGGTGTCACCCAAGGGTTTCTTGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCt < 1:1460407/150‑1 (MQ=255) | TTCAGCCTTTCGTTGCAACTCAGGTAGCGAGTCGGCACGGGCTTTGCTTTTTTGAGTGTCATGCACACGAAAACGACATTTTCCCGACGATTGACACGCCTGCTGACTGGCCCGCTGGCCACGCTGTGCCTGCTGATGCCCGGCGTTCG‑CACGGTGGCGAACGCGTTCACCTTGCCTGAACAGCTTATCGGTGTCACCCAAGGGTTTCTTGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCT > NC_002947/4990696‑4990988 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |