Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_002947 | 503,840:1 | +C | 13.0% | intergenic (+40/‑111) | PP_0414 → / → rpe | polyamine ABC transporter permease/ribulose‑5‑phosphate 3‑epimerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 503,840 | 1 | . | C | 13.0% | 1010.3 / 160.1 | 276 | intergenic (+40/‑111) | PP_0414/rpe | polyamine ABC transporter permease/ribulose‑5‑phosphate 3‑epimerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (118/122); new base C (15/21); total (133/143) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
CCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGCCCCCTCCATTCTCTCTGCC > NC_002947/503691‑503989 | ttGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑Gaa < 1:4261923/150‑1 (MQ=255) ttGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑Gaa < 2:90771/150‑1 (MQ=255) ttGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑Gaa < 2:1898416/150‑1 (MQ=255) ttGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTC‑CGGCTTTAGCCgcgaa < 2:2675576/150‑5 (MQ=255) ttGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTACCTGTGCCGGCCTCTTC‑CGGCTTTAGCCgcgaa < 1:1028661/150‑5 (MQ=255) gCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTC‑CGGCTTTAGCCGCGAaga < 2:720955/150‑1 (MQ=255) gCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTC‑CGGCTTTAGCCGCGAaga < 1:6771947/150‑1 (MQ=255) gCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTACCTGTGCCGGCCTCTTC‑CGGCTTTAGCCGCGAaga < 1:6310765/150‑1 (MQ=38) gCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTACCTGTGCCGGCCTCTTC‑CGGCTTTAGCCGCGAaga < 1:6310515/150‑1 (MQ=38) gCCGCGGCGGCGACCTTGCTGAGTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACTGGCCTCTTC‑CGGCTTTAGCCGCGAaga < 2:3509404/150‑1 (MQ=255) ccGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTGCCGGCCTCTTC‑CGGCTTTAGCCGCGAagag < 2:5237733/150‑1 (MQ=39) gcggcggcgACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGc < 1:3888006/150‑1 (MQ=255) gcggcgACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCgg > 2:196531/1‑150 (MQ=255) aCCTTGCTGAGTGCGGTCGCGGTGTTGGTGCTGCTGACCCTGGAGTGGGTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCGGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAgg < 2:156492/150‑1 (MQ=255) ccTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTGCCGGCCTCTTC‑CGGCTTTAGCCGCGAAGAGGCCGGTACAggc < 2:5881684/150‑2 (MQ=37) ccTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGt > 2:3871943/1‑150 (MQ=255) cTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACGGGtt > 1:3711808/1‑150 (MQ=255) tGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GACGCGGCCGGCACAGGTTGc > 2:2800149/1‑150 (MQ=255) cTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGt < 2:1218806/150‑1 (MQ=255) aTTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTgg > 1:3898854/1‑150 (MQ=255) tGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTc < 2:1322438/150‑1 (MQ=255) tctcGGTGTTTTTGCTGCTTACCCTGGAGTGTTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGAATCAACAGCCGGATTGATGAGGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAACGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGacac < 1:1188910/150‑1 (MQ=255) tcGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTGGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCa > 2:462987/1‑150 (MQ=255) 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aCCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCt < 1:4204904/150‑1 (MQ=255) cGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTAt > 2:2754083/1‑150 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTg < 2:3604599/150‑1 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTg > 1:3978672/1‑150 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCACTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTg > 1:674511/1‑150 (MQ=255) gCCTCTTC‑CGGCTTTAGCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTg > 2:6123446/1‑150 (MQ=39) ccTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGc < 1:5773301/150‑1 (MQ=255) tctTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGccc > 1:439198/1‑150 (MQ=255) tctTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGccc > 2:404710/1‑150 (MQ=255) tcttccgGCTTTAGCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGccc > 2:3862802/6‑150 (MQ=255) tcttccgGCTTTAGCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGccc > 2:1332400/6‑150 (MQ=255) ctTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGcccc < 2:2131302/150‑1 (MQ=255) ttCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATCCCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGccccc > 2:3555804/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGccccc > 1:6562336/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCATGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGcccc > 2:6273941/1‑149 (MQ=255) ttccgGCTTTAGCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGccccc > 2:577476/4‑150 (MQ=255) tccgGCTTTAGCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGATACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGAAGCCCTACGCTATTGCCCCCt > 1:80639/3‑150 (MQ=255) ggCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGCCCCCTCCAt > 1:1892299/1‑150 (MQ=255) gCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGCCCCCTCCAtt < 2:6342008/150‑1 (MQ=255) gCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGCCCCCTCCAtt > 2:300105/1‑150 (MQ=255) 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CCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGCCCCCTCCATTCTCTCTGCC > NC_002947/503691‑503989 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |