Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 6,037,800:1 | +G | 9.4% | intergenic (+59/+77) | dppA‑IV → / ← PP_5284 | dipeptide transport protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,037,800 | 1 | . | G | 9.4% | 608.2 / 57.4 | 149 | intergenic (+59/+77) | dppA‑IV/PP_5284 | dipeptide transport protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (52/83); new base G (6/8); total (58/91) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.79e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.00e-02 |
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
GGCGGCGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATCCAGCA > NC_002947/6037651‑6037947 | ggcggcGACCTTGCTGCTCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCa < 2:580680/150‑1 (MQ=255) ggcggcGACCTTGCTGCGCCCAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCa < 2:6069335/150‑1 (MQ=255) ggcggcGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCa < 2:3341247/150‑1 (MQ=255) ggcggcGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCa < 1:4157499/150‑1 (MQ=255) cggcgACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑Gt < 1:6007689/150‑1 (MQ=255) aCCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACg < 1:2460568/150‑1 (MQ=255) ccTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGc < 2:899313/150‑1 (MQ=255) cTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCt > 1:2222194/1‑150 (MQ=255) ttGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTa < 2:4601764/150‑1 (MQ=255) ttGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTa < 1:564636/150‑1 (MQ=255) tgctgcGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTAc < 2:492530/150‑1 (MQ=255) tgcGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCGGGCA‑GTTGACGCTAcccc > 2:2712107/1‑150 (MQ=255) gcgcCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCt < 1:2837631/150‑1 (MQ=255) 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ccGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGGTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTcc > 1:5762992/1‑150 (MQ=255) gCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCGGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTcccc < 2:4139577/150‑1 (MQ=255) tACAGGGGTAGCGTCA‑ACTGCCAGGCTGGCGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCAc > 2:6385836/1‑150 (MQ=25) tACAGGGGTAGCGTCA‑ACTGCCAGGCTGGCGCTACCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCAc > 2:1687846/1‑150 (MQ=25) tACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCAc > 1:6488192/1‑150 (MQ=255) tACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCAc > 2:6685364/1‑150 (MQ=255) aCAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCAcc > 1:5327388/1‑150 (MQ=255) cAGGGGTAGCGTCA‑ACTGCCAGGCTGGCGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCa > 1:3249532/1‑150 (MQ=21) cAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCa < 2:2398987/101‑1 (MQ=255) cAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCa > 1:2398554/1‑101 (MQ=255) aGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCaa > 1:3295794/1‑150 (MQ=255) gggtTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCCACCCCTTTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAat < 1:2716208/150‑1 (MQ=255) gggtTAGCGCACGCCTGGCT‑GTTGCCGCTACCCTTTTTGTCGGGGTTTTCCCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAat < 1:574247/150‑1 (MQ=255) gggTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatg > 1:166507/1‑150 (MQ=255) gTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTTGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgat < 2:3602688/150‑1 (MQ=255) gTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCAGCACCAatgat > 2:1339350/1‑150 (MQ=255) tAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgatg > 2:6174651/1‑150 (MQ=255) gcgcCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgatgat < 2:1675412/150‑1 (MQ=255) gcgcCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgatgat < 2:1121594/150‑1 (MQ=255) gcgcCAGCCGGGCA‑GTTCACGCTACCCAGTTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTTACCCTATAAGGCTCTCATTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgatgat < 1:6812404/150‑1 (MQ=255) cAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTTGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGa < 2:6520354/150‑1 (MQ=255) cAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGa > 2:4572151/1‑150 (MQ=255) cAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGa > 2:2173688/1‑150 (MQ=255) cAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGa > 2:2098139/1‑150 (MQ=255) aGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGAt < 2:346092/150‑1 (MQ=255) ccTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATcc > 2:1732415/1‑150 (MQ=255) tGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATCCAg > 1:454434/1‑150 (MQ=255) tGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATCCAg > 2:6778213/1‑150 (MQ=255) ggCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATCCAGc > 2:4665460/1‑150 (MQ=255) ggCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGAGATCCAGc > 2:3915761/1‑150 (MQ=255) | GGCGGCGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATCCAGCA > NC_002947/6037651‑6037947 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |