| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 486415 = | 105 (0.360) | 13 (0.050) | 8/242 | NT | 9.2% | intergenic (‑98/+100) | apaG/rsmA | Co(2+)/Mg(2+) efflux protein/ribosomal RNA small subunit methyltransferase A |
| ? | NC_002947 | 486504 = | 164 (0.630) | intergenic (‑187/+11) | apaG/rsmA | Co(2+)/Mg(2+) efflux protein/ribosomal RNA small subunit methyltransferase A | |||||
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
TCAGGTAGCGGGTCACGACGCTGACGTCGATTTGATAGCGGGGGTCGGACATGCAAGGGCCTTGGGCGAACTGACGCAATAATGCAGTCTAGGCCATTGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGATCGGGCTTGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCAGTTGGTCAGCCAGGCGCACGAAGGCTG > NC_002947/486266‑486564 | cgcaacaccatgaaaggcctgctggacagcgccgccatcgaggctgctggcgttgatggcagcctgcgccctgaacagctcgacctggcagccttcgtgcgcctggctgaccaactggcggatcagcaacaagcctgatttagcccgtac > 2:208821‑M1/150‑150 (MQ=255) gcaacaccatgaaaggcctgctggacagcgccgccatcgaggctgctggcgttgatggcagcctgcgccctgaacagctcgacctggcagccttcgtgcgcctggctgaccaactggcggatcagcaacaagcctgatttagcccgtacc < 2:6752883‑M1/2‑1 (MQ=255) caacaccatgaaaggcctgctggacagcgccgccatcgaggctgctggcgttgatggcagcctgcgccctgaacagctcgacctggcagccttcgtgcgcctggctgaccaactggcggatcagcaacaagcctgatttagcccgtaCCg > 1:1145809‑M1/148‑150 (MQ=255) caacaccatgaaaggcctgctggacagcgccgccatcgaggctgctggcgttgatggcagcctgcgccctgaacagctcgacctggcagccttcgtgcgcctggctgaccaactggcggatcagcaacaagcctgatttagcccgtaCCg > 2:2196877‑M1/148‑150 (MQ=255) caacaccatgaaaggcctgctggacagcgccgccatcgaggctgctggcgttgatggcagcctgcgccctgaacagctcgacctggcagccttcgtgcgcctggctgaccaactggcggatcagcaacaagcctgatttagcccgtaCCg < 1:2089069‑M1/3‑1 (MQ=255) aGGTAGCGGGTCACGACGCTGACGTCGATTTGATAGCGGGGGTCGGACATGCAAGGGACGTGGGCGAACTGACGCACTAATGCAGTCTAGGCCCTTGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGATCGGGCTGGGGTGGGGTGTTGTCTGTGCCg > 2:440732/1‑150 (MQ=255) aacaccatgaaaggcctgctggacagcgccgccatcgaggctgctggcgttgatggcagcctgcgccctgaacagctcgacctggcagccttcgtgcgcctggctgaccaactggcggatcagcaacaagcctgatttagcccgtaCCgg < 1:4843941‑M1/4‑1 (MQ=255) aacaccatgaaaggcctgctggacagcgccgccatcgaggctgctggcgttgatggcagcctgcgccctgaacagctcgacctggcagccttcgtgcgcctggctgaccaactggcggatcagcaacaagcctgatttagcccgtaCCgg < 2:1908389‑M1/4‑1 (MQ=255) acaccctgaaagccctgctggacagcgccgccatcgaggctgctggcgttgatggcagcctgcgccctgaacagctcgacctggcagccttcgtgcgcctggctgaccaactggcggatcagcaacaagcctgatttagcccgtaCCGGc > 2:1453083‑M1/146‑150 (MQ=255) caccatgaaaggcctgctggacagcgccgccatcgaggctgctggcgttgatggcagcctgcgccctgaacagctcgacctggcagccttcgtgcgcctggctgaccaactggcggatcagcaacaagcctgatttagcccgtaCCGGcc < 1:1862704‑M1/6‑1 (MQ=255) ccatgaaaggcctgctggacagcgccgccatcgaggctgctggcgttgatggcagcctgcgccctgaacagctcgacctggcagccttcgtgcgcctggctgaccaactggcggatcagcaacaagcctgatttagcccgtaCCGGCctc < 1:623430‑M1/8‑1 (MQ=255) gggTCACGACGCTGACGTCGATTTGATAGCGGGGGTCGGACATGCAAGGGCCTTGGGCGAACTGACGCAATAATGCAGTCTAGGCCATTGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGATCGGGCTTGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCtt > 1:2146797/1‑150 (MQ=255) gggTCACGACGCTGACGTCGATTTGATAGCGGGGGTCGGACATGCAAGGGCCTTGGGCGAACTGACGCAATAATGCAGTCTAGGCCATTGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGATCGGGCTTGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCtt > 1:5941563/1‑150 (MQ=255) gggTCACGACGCTGACGTCGATTTGATAGCGGGGGTCGGACATGCAAGGGCCTTGGGCGAACTGACGCAATAATGCAGTCTAGGCCATTGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGATCGGGCTTGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCtt > 1:2475815/1‑150 (MQ=255) atgaaaggcctgctggacagcgccgccatcgaggctgctggcgttgatggcagcctgcgccctgaacagctcgacctggcagccttcgtgcgcctggctgaccaactggcggatcagcaacaagcctgatttagcccgtaCCGGCCTCtt < 2:3717293‑M1/10‑1 (MQ=255) tgaaaggcctgctggacagcgccgccatcgaggctgctggcgttgatggcagcctgcgccctgaacagctcgacctggcagccttcgtgcgcctggctgaccaactggcggatcagcaacaagcctgatttagcccgtaCCGGCCTCTTc > 2:4553289‑M1/140‑150 (MQ=255) tgaaaggcctgctggacagcgccgccatcgaggctgctggcgttgatggcagcctgcgccctgaacagctcgacctggcagccttcgtgcgcctggctgaccaactggcggatcagcaacaagcctgatttagcccgtaCCGGCCTCTTc > 2:1426393‑M1/140‑150 (MQ=255) ggTCACGACGCTGACGTCGATTTGATAGCGGGGGTCGGACATGCAAGGGCCTTGGGCGAACTGACGCAATAATGCAGTCTAGGCCATTGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGATCGGGCTTGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTc > 2:1378242/1‑150 (MQ=255) aaggcctgctggacagcgccgccatcgaggctgctggcgttgatggcagcctgcgccctgaacagctcgacctggcagccttcgtgcgcctggctgaccaactggcggatcagcaacaagcctgatttagcccgtaCCGGCCTCTTcgcg > 1:530630‑M1/137‑150 (MQ=255) aaggcctgctggacagcgccgccatcgaggctgctggcgttgatggcagcctgcgccctgaacagctcgacctggcagccttcgtgcgcctggctgaccaactggcggatcagcaacaagcctgatttagcccgtaCCGGCCTCTTcgcg > 1:3591637‑M1/137‑150 (MQ=255) aggcctgctggacagcgccgccatcgaggctgctggcgttgatggcagcctgcgccctgaacagctcgacctggcagccttcgtgcgcctggctgaccaactggcggatcagcaacaagcctgatttagcccgtaCCGGCCTCTTCGCgg > 2:1062490‑M1/136‑150 (MQ=255) aggcctgctggacagcgccgccatcgaggctgctggcgttgatggcagcctgcgccctgaacagctcgacctggcagccttcgtgcgcctggctgaccaactggcggatcagcaacaagcctgatttagcccgtaCCGGCCTCTTCGCgg > 1:964749‑M1/136‑150 (MQ=255) aggcctgctggacagcgccgccatcgaggctgctggcgttgatggcagcctgcgccctgaacagctcgacctggcagccttcgtgcgcctggctgaccaactggcggatcagcaacaagcctgatttagcccgtaCCGGCCTCTTCGCgg > 1:4169700‑M1/136‑150 (MQ=255) aggcctgctggacagcgccgccatcgaggctgctggcgttgatggcagcctgcgccctgaacagctcgacctggcagccttcgtgcgcctggctgaccaactggcggatcagcaacaagcctgatttagcccgtaCCGGCCTCTTCGCgg > 1:4484907‑M1/136‑150 (MQ=255) acgacgCTGACGTCGATTTGATAGCGGGGGTCGGACCTGCAAGGGCCTTGGGCGAACTGACGCAATAATGCAGTCTAGGCCATGGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGATCGGGCTT‑GGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCGTCGCggg > 2:3529558/1‑150 (MQ=255) acgacgCTGACGTCGATTTGATAGCGGGGGTCGGACATGCCAGGGCCTTGGGCGAACTGACGCAATAATGCAGTCTAGGCCATTGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGCTCGGGCTTGGGGGGGGTGGTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCgg > 2:1440829/1‑150 (MQ=255) acgacgCTGACGTCGATTTGATAGCGGGGGTCGGACATGCAAGGGCCTTGGGCGAACTGACGCAATAATGCAGTCTAGGCCATTGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGAGCGGGCTT‑GGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCggg > 2:3529475/1‑150 (MQ=255) cgacgCTGACGTCGATTTGATCGAGGGGGTCGGACAGGCAAGGGACTTGGGCGAACTGACGCAATAATGCAGTCTAGGCCATTGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGATCGCGCTGGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCAGGCCTCTACGCggg > 2:1364478/1‑150 (MQ=255) 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gTCGATTGGATAGCGGGGGTCGGACATGCAAGGGCCTTGGGCGTACTGACGCAATAATGCAGGCTAGGCCATGGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGATCGGGGGTGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCGGCGCGGGTACACCCGcg > 2:5712288/1‑149 (MQ=255) gATTTGATAGCGGGGGTCGGACATGCAAGGGCCTTGGGCGAACTGACGCAATAATGCAGTCTAGGCCATTGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGATCGGGCTTGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTcca > 1:728913/1‑149 (MQ=255) gATTTGATAGCGGGGGTCGGACATGCAAGGGCCTTGGGCGAACTGACGCAATAATGCAGTCTAGGCCATTGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGATCGGGCTTGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCt > 1:729015/1‑150 (MQ=255) aTTTGATAGCGGGGGTCGGACATGCAAGGGCCTTGGGCGAACTGACGCAATAATGCAGTCTAGGCCAGTGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGATCGGGCGTGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTa > 2:5251607/1‑150 (MQ=255) aTAGCGGGGGTCGGACATGCAAGGGCCTTGGGCGAACTGACGCAATAATGCAGTCTAGGCCATTGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGATCGGGCTTGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAgg > 1:6356738/1‑150 (MQ=255) gCGGGGGTCGGACATGCAAGGGCCTTGGGCGAACTGACGCAATAATGCAGTCTAGGCCATTGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGATCGGGCTTGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGt > 1:3715564/1‑150 (MQ=255) ggggTCGGACATGCAAGGGCCTTGGGCGAACTGACGCAATAATGCAGTCTAGGCCATTGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGATCGGGCTTGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTATAAGGGGTCGc > 1:6441684/1‑150 (MQ=255) ggggTCGGACATGCAAGGGCCTTGGGCGAACTGACGCAATAATGCAGTCTAGGCCATTGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGATCGGGCTTGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGc > 1:5491622/1‑150 (MQ=255) gggTCGGACATGCAAGGGCCTTGGGCGAACTGACGCAATAATGCAGTCTAGGCCATTGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGATCGGGCTTGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGca > 1:1864723/1‑150 (MQ=255) gCAAGGGCCTTGGGCGAACTGACGCAATAATGCAGTCTAGGCCATTGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGATCGGGCTTGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAg > 1:5454625/1‑150 (MQ=255) 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acctggcagccttcgtgcgcctggctgaccaactggcggatcagcaacaagcctgatttagcccgtaCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAaga > 1:4741524‑M1/68‑150 (MQ=255) ggcagccttcgtgcgcctggctgaccaactggcggatcagcaacaagcctgatttagcccgtaCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGcc > 2:1912725‑M1/64‑150 (MQ=255) tAGGCCATTGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGATCGGGCTTGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAGGAGGCCGGt > 2:5525647/1‑150 (MQ=255) tAGGCCATTGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGATCGGGCTTGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGt > 1:3011654/1‑150 (MQ=255) ggCCATTGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGATCGGGCTTGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTAc > 2:3192616/1‑150 (MQ=255) 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gggggTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCAGTTGGTCAGcc > 1:1908389/1‑150 (MQ=255) ggggttgtCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCAGTTGGTCAGCCAgg < 2:2237504/147‑1 (MQ=255) gtCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCAGTTGGTCAGCCAGGCGCACg > 2:36993/1‑150 (MQ=255) gtCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCAGTTGGTCAGCCAGGCGCACg > 2:36992/1‑150 (MQ=255) tCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCAGTTGGTCAGCCAGGCGCACGa > 1:1030860/1‑150 (MQ=255) tCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCAGTTGGTCAGCCAGGCGCACGa > 2:1000002/1‑150 (MQ=255) tCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCAGTTGGTCAGCCAGGCGCACGa > 2:3756465/1‑150 (MQ=255) tCTGTGCCGGCCTCGTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGAGATCCCGTCTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCAGTTGGTCAGCCAGGCGCACGa > 2:515055/1‑150 (MQ=255) cTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTGGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCAGTTGGTCAGCCAGGCGCACGaa < 2:6237774/150‑1 (MQ=255) gtgCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCAGTTGGTCAGCCAGGCGCACGAAgg > 1:1430179/1‑150 (MQ=255) gtgCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCAGTTGGTCAGCCAGGCGCACGAAgg > 2:2487108/1‑150 (MQ=255) gCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCAGTTGGTCAGCCAGGCGCACGAAGGCt > 2:481139/1‑150 (MQ=255) gCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTGGGGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCAGTTGGTCAGCCAGGCGCACGAAGGCt < 1:1440829/150‑1 (MQ=255) gCCGGCCTCGTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCAGTTGGTCAGCCAGGCGCACGAAGGCt < 2:1300297/150‑1 (MQ=255) CCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTGGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCAGTTGGTCAGCCAGGCGCACGAAGGCTg < 2:4016142‑M1/150‑1 (MQ=255) | TCAGGTAGCGGGTCACGACGCTGACGTCGATTTGATAGCGGGGGTCGGACATGCAAGGGCCTTGGGCGAACTGACGCAATAATGCAGTCTAGGCCATTGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGATCGGGCTTGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCAGTTGGTCAGCCAGGCGCACGAAGGCTG > NC_002947/486266‑486564 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |