| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 1911673 = | 177 (0.600) | 16 (0.070) | 9/222 | NT | 10.9% | intergenic (+22/+106) | nirD/PP_1707 | nitrite reductase/D‑isomer specific 2‑hydroxyacid dehydrogenase family protein |
| ? | NC_002947 | 1911767 = | 119 (0.500) | intergenic (+116/+12) | nirD/PP_1707 | nitrite reductase/D‑isomer specific 2‑hydroxyacid dehydrogenase family protein | |||||
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
TGGCAGCGCCGCTCTACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACAT > NC_002947/1911524‑1911819 | tggCAGCGCCGCTCTACAAGCAGCACTTCTGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCg < 1:3739941/150‑1 (MQ=255)tggCAGCGCCGCTCTACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCg < 2:4772788/150‑1 (MQ=255)tggCAGCGCCGCTCTACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCg > 2:3412146/1‑150 (MQ=255) 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agatgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTcgc > 2:381451‑M1/140‑150 (MQ=255) ctctACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTcgcg < 2:3892227/150‑1 (MQ=255) ctctACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTcgcg < 2:37422/150‑1 (MQ=255) tctACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCgg > 1:2231540/1‑150 (MQ=255) tctACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCgg < 2:1081087/150‑1 (MQ=255) 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cGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCcgc < 2:423684/150‑1 (MQ=255) ttGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGGAATCCCGCTCCTACGGGAAGTGGGCCGCCTGGTAATTCGGGGGCGCCCCGGGGGGGGGGGGGGTTGCCGCGGAGAggg > 2:859765/1‑149 (MQ=19) aGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCTGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGc > 2:2687764/1‑150 (MQ=255) ggggAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCCAGCCCCCGCCGACGGCAACTGCACCGCCGGGTAATAAGGCGCCCACCCCGTGGGAGCGGGCGTGGCCGCGCAGAGGCCCGcac > 2:2437549/1‑150 (MQ=255) tgccgggcgcccgccgcaggggttggttttctcgtcggcctgtgccGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGTAATCTGCACCGCCTTGTAATCCGGCGCCGACCCTGGGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGcc > 1:6293600‑M1/47‑150 (MQ=255) gggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCa < 1:6740519‑M1/16‑1 (MQ=255) tGGAGGTGGGGGTGGCGTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTGGGGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTTTAATACGGCGCCGCCCCTGTGGGCGCGGGGTGGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTa < 2:1824970/150‑1 (MQ=255) cTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCAACGGAAACAGCACCGCCGTGTAATACGGCGCCGACCCGGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATaa > 2:2642282/1‑150 (MQ=38) acgcggcaggggttggttatctagtcggcctgtgccGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCGGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATaa > 2:5533681‑M1/37‑150 (MQ=255) cTGATACCCCTTTGCTGCGTGTGCCGGCCTCGTCGCGGGCAAGCCCGCCCCTAGGGAATCTGCACCGCCTTGCAAGACGGCGCCGACCCTGGGGGCGCGGGCTGGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTgc < 1:1091553/150‑1 (MQ=255) cTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCACTTCGCGGGCAAACCCCCGCCCAACGAAACAGCACCCCCCGGTAATAACGCGCCGCCCCGGGGGGAGCGGGCGTGGCCCCCGACAGGCCAGCACAAACCGCCCAGAAAACCAAACCCAgc > 2:3038312/1‑150 (MQ=255) tGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCAACGGAATATGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCCCGAAGAGGCCAGCACAATCCGACTAGATAACCAACCCCGgcg > 2:1058282/1‑150 (MQ=38) aTACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTGGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTgcggc < 2:1746978/150‑1 (MQ=255) ccTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGCCCCTGTGGGCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCaaa < 2:3255894/150‑1 (MQ=255) ggggcgggCCTCTGGGGGGGCCGGCCGGCCCCGCCGGAACCGGCCCCGCGGTGTACGCCGGCGCCGCCCGTGGGGGCGGGGGCGCGCCCGCGACGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGAGAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAaca < 1:1851119/144‑1 (MQ=255) tgCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTAAGGAATCTTCCCCCCCATGTAAAACGGCGCCGACCCGTGGGGGGCGGGGGTGCCCGCGACGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATTACCAACCCCGGCGGCGTGCGCCCGGCCAacacc > 2:6152607/1‑149 (MQ=255) | TGGCAGCGCCGCTCTACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACAT > NC_002947/1911524‑1911819 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |