| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_002947 | 5130074 = | 86 (0.290) | 21 (0.080) | 9/256 | NT | 15.0% | intergenic (+51/‑131) | PP_4511/PP_4512 | AraC family transcriptional regulator/DMT superfamily permease |
| ? | NC_002947 | 5130173 = | 157 (0.570) | intergenic (+150/‑32) | PP_4511/PP_4512 | AraC family transcriptional regulator/DMT superfamily permease | |||||
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
CAGGTGGGGTATAGCTCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGC > NC_002947/5129925‑5130221 | aGGTGGGGTATAGCTCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACActttgcctttg < 2:4453005/150‑1 (MQ=255) ggTGGGGTATAGCTCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACActttgcctttgc < 2:6859608/150‑1 (MQ=255) accgaagacgatgatcgccgggctggcgctggtggccagtttgccgaagacgccggtaaggccgaagaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagTGcc < 1:2348477‑M1/4‑1 (MQ=255) tGGGGTATAGCTCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCg < 1:686220/150‑1 (MQ=255) ccgaagacgatgatcgccgggctggcgctggtggccagtttgccgaagacgccggtaaggccgaagaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagTGCCg < 1:5350451‑M1/5‑1 (MQ=255) gggTATAGCTCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGc < 1:4666450/150‑1 (MQ=255) gggTATAGCTCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGc < 2:5557339/150‑1 (MQ=255) gaagacgatgatcgccgggctggcgctggtggccagtttgccgaagacgccggtaaggccgaagaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagTGCCGGc < 2:6612229‑M1/7‑1 (MQ=255) gaagacgatgatcgccgggctggcgctggtggccagtttgccgaagacgccggtaaggccgaagaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagTGCCGGc > 1:6732399‑M1/144‑150 (MQ=255) ggTATAGCTCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGcc < 1:1062580/150‑1 (MQ=255) ggTATAGCTCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGcc > 2:1556474/1‑150 (MQ=255) agacgatgatcgccgggctggcgctggtggccagtttgccgaagacgccggtaaggccgaagaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagTGCCGGccc < 1:2903772‑M1/9‑1 (MQ=255) taGCTCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTT > 2:3139531‑M1/1‑150 (MQ=255) cTCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC < 2:5835418‑M1/150‑1 (MQ=255) cTCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC < 2:3618723‑M1/150‑1 (MQ=255) tCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCG < 1:1471172‑M1/150‑1 (MQ=255) cGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGG < 1:4069967‑M1/150‑1 (MQ=255) cGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGG < 1:4826508‑M1/150‑1 (MQ=255) 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cGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCGTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCGACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTagag < 2:3738670/150‑1 (MQ=255) aCAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAAACCCCAACTACAGGCTGCCCCCCCCAGAATGGTGTGCAAAACCAGTCGGACCCGGTTTAACCGCCAAAGGGCCGGCACTGCCAGTAcagaa > 2:6034138/1‑149 (MQ=255) aCAGAATGTGTAAGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGCGTAAACCCCCACCTACACGATTCCCCCGCCTGAATCTTGTGCAAAACCGGTAGGAGCCGGTTTACCCCCGAAAGGGCCCGCACTGCCGGTAGAGAt > 2:2205582/1‑150 (MQ=255) gAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACACGATGCCCCCGCCGGAATGTTGTGCAAAACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGCAAGGGCCGGCCCTGCCGGTAGAGAtctc > 2:2736209/1‑150 (MQ=38) caTGTGTTTGCCTGTGGCTTTACACTTTGCCTTGGCCGGCCCCTGCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCGGATGCCCCCGCCTGACTGTTGGGCAAAACCTGTCGGCGCGGGTTTCCCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTcc < 2:1826526/149‑1 (MQ=255) aaTGTGTTTGCCTGAGGCTTTACCCTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTTAATGTTGTGCAAAACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTcc < 2:1468221/150‑1 (MQ=255) gtTTGCCTGTGGCTTTACACTTTGCCTTGGCCGGCCCCTGCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGGTGTGCAAAACCTGTAGGAGCGGTTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCaa < 2:6357795/150‑1 (MQ=38) tGCCTGAGTCTTTACACTTTGCCTTGGCCGGCCCCTTCGCGGTTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCATTAATGTTGTGCAAAACCTGTCGGAGCGGTTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGa < 2:943100/150‑1 (MQ=38) ccTGAGGCTTTCCACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGAAAAACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGAcc < 2:6361815/150‑1 (MQ=255) acTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAAACGGTAGGTGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCAAGAaccac > 2:543231/1‑150 (MQ=38) tttgcctttgccGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCCCTCCAACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTTTGCAAAACCGGGAGGAGCGGGTTTAACCGCGAAAGGGCCGGCACAGCCTGTAGAGATATCAATCAAGGACCCACCATGAaccaccc > 2:6296481/1‑149 (MQ=255) tttgcctttgccGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCCCTCCAAAACGCTGCCCCCCCCGGAATGTTGTGCAAAACCGGTAGGAGCGGGTTTAACCCCGAAAGGGCCGGCACTGCCGGTAGAGATCTCCAACAAGGCACCCCCAAGAaccaccc > 2:3254027/1‑149 (MQ=255) | CAGGTGGGGTATAGCTCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGC > NC_002947/5129925‑5130221 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |