| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 594774 = | 217 (0.740) | 17 (0.060) | 10/252 | NT | 8.4% | intergenic (‑10/+117) | PP_0505/PP_0506 | hypothetical protein/ABC transporter permease |
| ? | NC_002947 | 594859 = | 173 (0.640) | intergenic (‑95/+32) | PP_0505/PP_0506 | hypothetical protein/ABC transporter permease | |||||
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
CGGCGGCCCATAGAGGCATCGCTACCAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGCAAGGTCCATTCATGG > NC_002947/594710‑595005 | ggcggcCCATAGAGGCATCGCTACCAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATGGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGCa > 2:1123360/1‑150 (MQ=255) ccATAGAGGCATCGCTACCAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGt > 1:1963830/1‑150 (MQ=255) tAGAGGAATCGCTACCAGAAACACCAAGGCCCGCCGCAGGGGCAGTGCGGGCCCCTGCGCGGGCTGGCCCGCTCCCACCGGTACTGCCCACGCTCCAACGCCTGCGGGGCGCCCTGGGGGAGGGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAg < 2:1274438/150‑1 (MQ=255) agagGCATCGCTACCAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAgg > 1:2106685/1‑150 (MQ=255) cATCGCTACCAGAACCAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATGGCCGGCCTCTTCGCGGGCTTGCCCGCCCCCACAGGTCCGGCACAAGCTCCAACCCCTGCGGGGCACCCTGTGGGTGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGttt < 1:1677479/150‑1 (MQ=38) aTCGCTACCAGCAACAGCAAGGCCTGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAACGCCGGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTg < 2:2583299/150‑1 (MQ=255) aTCGCTACCAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACCGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGGGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCCGGCGGTGAGGtgtgtg > 2:1736299/1‑150 (MQ=255) aTCGCTACCAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTg > 2:4959779/1‑150 (MQ=255) tACCAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGCGGTGGTTGATCAt > 1:609290/1‑150 (MQ=255) tACCAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCAt > 1:2837997/1‑150 (MQ=255) ccAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTa > 1:4554861/1‑150 (MQ=255) taaacagcatGGCCTGCAGCTTGTGCTTGGCCGGCCTTTTCGGGGGCTTGCCCGCTCCCACCGTTACTGAACAAGCTCCAAAGCGTGGGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTAcgc < 1:6138534/148‑1 (MQ=255) gcaacagcacGGCCTGCAGCTTGTGCTTTGCGGGCCTCTTCGGGGGCTTGCCCGCTCCCACCGGTACTGCACACGCTCCAACGCCTGCGGGGCTCCGTGTGGGAGGGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTAcgc < 2:838903/150‑1 (MQ=255) gcacGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACTGGTACTGCCCAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTc < 2:4067960/150‑1 (MQ=255) aaGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCag > 1:4898372/1‑150 (MQ=255) ggCCAGCAGCATGTGCTTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCGGCGCCCACTGGTCCTGCACAAGCTCAAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCagag < 2:2025004/150‑1 (MQ=39) ggCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGGGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCagag > 1:145215/1‑150 (MQ=255) ccAGCAGCTTGTGCTTTGCGGGCCTGTGGGGGGGCTGGCCCGCTCCCACCGGTACGGCACACGCTCCAACCCGTGGGGGGCTCCCGGTGGTAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGgt < 2:3165165/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ccTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAAcgcg < 2:6055746/150‑1 (MQ=255) tGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGc > 2:5795358/1‑150 (MQ=255) cGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGccc < 2:2789373/150‑1 (MQ=255) ggggCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGcccc > 1:639715/1‑150 (MQ=255) gggCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCg < 2:3097588/104‑1 (MQ=255) cTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGCCAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAgg > 2:1605346/1‑150 (MQ=255) tCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGga > 2:5148912/1‑150 (MQ=255) tCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGga > 2:3767582/1‑150 (MQ=255) cccTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGgat < 2:866349/150‑1 (MQ=255) gtgGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATa < 2:1443598/150‑1 (MQ=255) gggAGCGGGCGGGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGc < 2:608121/150‑1 (MQ=255) gAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCa < 2:1455653/150‑1 (MQ=255) cGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGCa < 2:1816782/150‑1 (MQ=255) gCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGCAAgg > 1:3314964/1‑150 (MQ=255) tttacccgcgaagCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGCAAGGt < 2:5465682‑M2/137‑1 (MQ=255) gTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGCAAGGTc > 2:4293751/1‑150 (MQ=255) gTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGCAAGGTc < 1:3713231/150‑1 (MQ=255) gcccgcgaagCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGCAAGGTCCa > 2:6087008‑M2/11‑150 (MQ=255) gcccgcgaagCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGCAAGGTCCa > 2:6593506‑M2/11‑150 (MQ=255) ccgcgaagCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGCAAGGTCCAtt > 2:6224797‑M2/9‑150 (MQ=255) cgcgaagCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGCAAGGTCCATTc < 1:996858‑M2/143‑1 (MQ=255) cgaagCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGCAAGGTCCATTCAt < 2:5117195‑M2/145‑1 (MQ=255) gaagCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGCAAGGTCCATTCATg < 1:586377‑M2/146‑1 (MQ=255) aagCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGCAAGGTCCATTCATgg < 1:6519964‑M2/147‑1 (MQ=255) aagCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGCAAGGTCCATTCATgg < 1:1209667‑M2/147‑1 (MQ=255) | CGGCGGCCCATAGAGGCATCGCTACCAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGCAAGGTCCATTCATGG > NC_002947/594710‑595005 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |