New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | NC_002947 | = 4271595 | 262 (0.940) | intergenic (‑144/+2) | PP_3738/galP‑IV | transcriptional regulator VanR/porin‑like protein |
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
GCTCATCCAGGCGACTTCCAAAGACATGAGCGGGCATCTTAGCGCAAGCCGAGGGGTTGCTGCAGGCCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAACGCGGAACATGGCACCGGCTGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGTTGAGGTTCTTCAAAGCCCCGCTCTGGAAGGTGTAGTTCACCTCGGCATCGCGCTCC > NC_002947/4271446‑4271744 | gCTCATCCAGGCGACTTCCAAAGACATGAGCGGGCATCTTAGCGCAAGCCGAGGGGTTGCTGCAGGCCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAACGCGGAACATGGCACCGGCTGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGcc > 1:5860499/1‑150 (MQ=255) aTCCAGGCGACTTCCAAAGACATGAGCGGGCATCTTAGCGCAAGCCGAGGGGTTGCTGCAGGCCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAACGCGGAACATGGCACCGGCTGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCccta < 2:1985150‑M2/150‑5 (MQ=255) cAGGCGACTTTCAAAGACATGAGCGGGCATCTTAGCGCAAGCCGAGGGGTTGCTGCAGGCCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAACGCGGAACATGGCACCGGCTGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCcctacaa < 1:3101725‑M2/150‑8 (MQ=255) 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(MQ=255) cGGCTGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGTTGAGGTTCTTCAAAGCCCCGCTCTg > 1:4753230/1‑150 (MQ=255) gCTGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGTTGAGGTTCTTCAAAGCCCCGCTCTGGa > 1:2110709/1‑150 (MQ=255) cTGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGTTGAGGTTCTTCAAAGCCCCGCTCTGGaa < 1:4944143/150‑1 (MQ=255) tGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGTTGAGGTTCTTCAAAGCCCCGCTCTGGAAg < 2:6426610/150‑1 (MQ=255) ccGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGTTGAGGTTCTTCAAAGCCCCGCTCTGGAAGgt > 2:4814565/1‑148 (MQ=255) cGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGTTGAGGTTCTTCAAAGCCCCGCTCTGGAAGGTGTa > 1:4676090/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGTTGAGGTTCTTCAAAGCCCCGCTCTGGAAGGTGTAGTTCa > 2:3308946/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGAGCGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGGTGGGCGCGTTGTTCAGCCGGAGGGTGAGGTTCTTCAAAGCCCCGCTCTGGCAGGTGTCGTTCa > 2:2734457/1‑150 (MQ=255) gTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGTTGAGGTTCTTCAAAGCCCCGCTCTGGAAGGTGTAGTTCACCTCGGc > 2:3367099/1‑150 (MQ=255) aaCCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGTTGAGGTTCTTCAAAGCCCCGCTCTGGAAGGTGTAGTTCACCTCGGCATc < 1:1006869/150‑1 (MQ=255) aaCCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGTTGAGGTTCTTCAAAGCCCCGCTCTGGAAGGTGTAGTTCACCTCGGCATc > 2:204123/1‑150 (MQ=255) aCCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGTTGAGGTTCTTCAAAGCCCCGCTCTGGAAGGTGTAGTTCACCTCGGCATcg > 1:4871158/1‑150 (MQ=255) gCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGTTGAGGTTCTTCAAAGCCCCGCTCTGGAAGGTGTAGTTCACCTCGGCATCGCGCt < 1:191032/150‑1 (MQ=255) ccccTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGTTGAGGTTCTTCAAAGCCCCGCTCTGGAAGGTGTAGTTCACCTCGGCATCGCGCTc < 1:6309547/150‑1 (MQ=255) cccTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGTTGAGGTTCTTCAAAGCCCCGCTCTGGAAGGTGTAGTTCGCCTCGGCATCGCGCTcc > 2:5801470/1‑150 (MQ=255) | GCTCATCCAGGCGACTTCCAAAGACATGAGCGGGCATCTTAGCGCAAGCCGAGGGGTTGCTGCAGGCCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAACGCGGAACATGGCACCGGCTGCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAAGGTCAGCGGATAGCTGACGATCAGGCGCGTCTGGTCGAGATCACTGTTGAAGCTGCGCCGGTTGGTCGCGTTGTTCAGCCGGATGTTGAGGTTCTTCAAAGCCCCGCTCTGGAAGGTGTAGTTCACCTCGGCATCGCGCTCC > NC_002947/4271446‑4271744 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |