| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5278997 = | 209 (0.710) | 15 (0.060) | 10/248 | NT | 8.6% | intergenic (+22/+84) | rlmG/PP_4649 | ribosomal RNA large subunit methyltransferase G/hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | 5279070 = | 130 (0.490) | intergenic (+95/+11) | rlmG/PP_4649 | ribosomal RNA large subunit methyltransferase G/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
GTGGAGCAGGTGGCGGCAACGCCCAAGTTCGTCATTCTGAAAGCCCGCAAGTAGGCGCGCCACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAGGCCGCCACACCCAGCGCTGCGACGCTCATCGCCCAGATCAGCAACAGCCAACCCAGTCGCTGCCACAGCGGTTTCTTGTCTTCCAAACCA > NC_002947/5278922‑5279219 | aGGTGGCGGCAACGCCCAAGTTCGTCATTCTGAAAGCCCGCAAGTAGGCGCGCCACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCtt > 1:4141516/1‑150 (MQ=255) gTGGCGGCAACGCCCAAGTTCGTCATTCTGAAAGCCCGCAAGTAGGCGCGCCACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTa > 1:1483315/1‑150 (MQ=255) gTGGCGGCAACGCCCAAGTTCGTCATTCTGAAAGCCCGCAAGTAGGCGCGCCACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTa > 2:2392161/1‑150 (MQ=255) gcgcaaaCGCCCACTTTGGTATTTCTCAAAGCCCGATCTTTGGCGCGCCACCCCCCCGGTTGGTGGGGGCTGCCCCGCTAACCCGGGCACGGCCTGGC‑CCATCTCGCGGGTGGCGTGCTGCGGGGGAACGCCCGCTGCCGCTCTTTATCa < 2:3107004/145‑1 (MQ=255) ggcAACGCCAATGTTCTTCTTTCTTAAAGCCCGCATGTGGGCGCGCCCCCGCCCCGGTAGTTGGGGGCTTGCCCGCGACCACGGGCAACGCGTGTG‑CCATCTCGCGGGTTGCCTGGTGGGTGGGCACGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAgt < 2:3788743/150‑1 (MQ=255) aCGCCCAAGTTCGTCATTCTGAAAGCCCGCAAGTAGGCGCGCCACCGCCCCCGTTGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTTGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAgtgtgt < 1:6651402/150‑1 (MQ=255) gCCCAAGTTCGTCATTCTGAAAGCCCGCAAGTAGGCGCGCCACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTgg > 1:5009775/1‑150 (MQ=255) ccATGTTCTTCATTCTGAAAGCCCGCACGTAGGCGCGCCACCGCCCCGGTCGGTGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCACCGCCTGTG‑CCATCTCGCGGGTTGCGTGGTTGGTGGGAAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTc < 2:3191076/150‑1 (MQ=255) ccAAGTTCGTCATTCTGAAAGCCCGCAAGTAGGCGCGCCACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTc > 2:3038812/1‑150 (MQ=255) ccAAGTTCGTCATTCTGAAAGCCCGCAAGTAGGCGCGCCACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTc > 2:6395256/1‑150 (MQ=255) aaGTTCGTCATTCTGAAAGCCCGCAAGTAGGCGCGCCACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAg > 2:2937898/1‑150 (MQ=255) aaGTGCGTCTTTCTGAACGCCCGCACGTCGGCGCGCCCCCGCCCCCGTCGGCGCGGGGTGGCCCGCGACCACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTCGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAg < 2:6728176/150‑1 (MQ=255) gTCATTCTGAAAGCCCGCAAGTAGGCGCGCCACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCccgc > 1:790436/1‑150 (MQ=255) cATTCTGAAAGCCCGCAAGTAGGCGCGCCACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCccgccg > 1:6584435/1‑150 (MQ=255) ttCTGAACGCCCGCACGTCGGCGCGCCACCGCCCCCTTTGGTGGGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTCGCGGGTTGCCTGCTTGGTGGGCATGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCgccgcc < 2:1876970/150‑1 (MQ=255) tCTGAAAGCCCGCAAGTAGGCGCGCCACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGccc > 2:6690613/1‑150 (MQ=255) tCTGAAAGCCCGCAAGTAGGCGCGCCACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCAGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGccc > 2:1154450/1‑150 (MQ=255) tGAAAGCCCGCAAGTAGGCGCGCCACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGccccc > 1:4967442/1‑150 (MQ=255) aaGCCCGCAAGTAGGCGCGCCACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTCTCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATg > 2:6638952/1‑150 (MQ=255) ccGGAAGTCGGCGGGCCACCGCCCCCGTTGGAGCGGGGTTGCCCGCTAACACGGGCAACGGCTGTT‑GCATCTTGGGGGTTGGCTGGTTGGTGGGCATGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAAct < 2:5587317/150‑2 (MQ=255) ccGCAAGTAGGCGCGCCACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACa > 1:1655950/1‑150 (MQ=255) gCAAGTAGGCGCGCCACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGc > 1:2441351/1‑150 (MQ=255) tAGGCGCGCCACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCAt > 2:3488461/1‑150 (MQ=255) tAGGCGCGCCACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCAt > 2:75699/1‑150 (MQ=255) tggCGCGCCACCGCCCCTTTAGTTGGGGGCTTGCCCGGGAACACGGGCAACGCTTGTG‑CAATCTTGCGGTTTGCGTGCTTGGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATc < 2:4840750/149‑1 (MQ=255) gcgcgcCACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATcac > 2:6852788/1‑150 (MQ=255) gcgcgcCACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATcac > 1:3305265/1‑150 (MQ=255) gcgcCACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATcacac > 2:6521209/1‑150 (MQ=255) gcgcCACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCAGCTAGCGCGTTGCCTGCGGCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCGGGATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCCTGAACCGCCGCATcacac > 2:5173257/1‑150 (MQ=38) ccACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAgg > 2:6344894/1‑150 (MQ=255) cccccccccgGTGGGTGGGGGTTTGCCCGCAAACCCGGCCAACG‑GTGTGCCCTTCTCGGGGGTTGCGTGGTTGGTGGGAACCCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAGgc < 1:4614620/145‑1 (MQ=255) cccccGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTg < 1:2819272/84‑1 (MQ=255) gTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAGGCCGCCACAccc > 1:6700554/1‑150 (MQ=255) gcagcgggcttgcccacgaagcaggcaacgcgctagatggcacaggcgttgccggtgttcgcgggcaagcccgctGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAGGCCGCCACACCCCgc > 2:3136310‑M2/76‑150 (MQ=255) gggTTTGCCCGTGAACAGGGGCATCGCCTGTG‑CATTGTTGCGGTTTGCCTGGTTGGTGGGCTTGCCGGCTGCCTCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCGCATGATCAGCCGCATCACACAGGCCGCCTCACCCAGCGCTGc < 2:6469439/150‑1 (MQ=255) GGCTTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAGGCCGCCACACCCAGCGCTGCg < 2:2255378‑M1/150‑1 (MQ=255) GCTTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAGGCCGCCACACCCAGCGCTGCGa < 1:4291901‑M1/150‑1 (MQ=255) gcttgcccacgaagcaggcaacgcgctagatggcacaggcgttgccggtgttcgcgggcaagcccgctGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAGGCCGCCACACCCAGCGCTGCGa > 1:3047160‑M2/69‑150 (MQ=255) TTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAGGCCGCCACACCCAGCGCTGCGACg < 1:5754472‑M1/150‑1 (MQ=255) gcccacgaagcaggcaacgcgctagatggcacaggcgttgccggtgttcgcgggcaagcccgctGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAGGCCGCCACACCCAGCGCTGCGACGCt > 2:1900009‑M2/65‑150 (MQ=255) CCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCg > 1:929882‑M1/1‑112 (MQ=255) ccacgaagcaggcaacgcgctagatggcacaggcgttgccggtgttcgcgggcaagcccgct‑CCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAGGCCGCCACACCCCGCGCTGCGACGCTcag > 2:138367‑M2/63‑149 (MQ=255) ccacgaagcaggcaacgcgctagatggcacaggcgttgcctgcttcgtgggcaagcccgctGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAGGCCGCCACACCCAGCGCTGCGACGCTCAt > 2:421828‑M2/62‑150 (MQ=255) cacgaagcaggcaacgcgctagatggcacaggcgttgccggtgttcgcgggcaagcccgctGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAGGCCGCCACACCCAGCGCTGCGACGCTCAt > 1:40327‑M2/62‑150 (MQ=255) cacgaagcaggcaacgcgctagatggcacaggcgttgccggtgttcgcgggcaagcccgctGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAGGCCGCCACACCCAGCGCTGCGACGCTCAt > 1:3178147‑M2/62‑150 (MQ=255) cacgaagcaggcaacgcgctagatggcacaggcgttgccggtgttcgcgggcaagcccgct‑CCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAGGCCGCCACACCCAGCGCTGCGACGCTCATc > 1:1977609‑M2/62‑150 (MQ=255) caaCACCGCCACCGCCTGGG‑CCATCTCGCGGGTTGCTTGCTGGGTGGCCACCCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAGGCCGCCACACCCAGCGCTGCGACGCTCATCGc < 1:968518/149‑1 (MQ=255) acacCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAGGCCGCCACACCCAGCGCTGCGACGCTCATCGccc > 1:3021360/1‑150 (MQ=255) ccccGCCACCGCTTTTG‑CAATCTCGGGGGTGGCGTGGTTGGTGGGAACCCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAGGCCGCCACACCCAGCGCTGCGACGCTCATCGCCCa < 1:1955695/148‑1 (MQ=255) 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gggcaagcccgctGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAGGCCGCCACACCCAGCGCTGCGACGCTCATCGCCCAGATCAGCAACAGCCAACCCAGTCGCTGCCACAGCGGTTTCtt < 2:790436‑M2/137‑1 (MQ=255) gcaagcccgctGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATTAACAGCCGCATCACACAGGCCGCCACACCCAGCGCTGCGACGCTCATCGCCCAGATCAGCAACAGCCAACCCAGTCGCTGCCACAGCGGTTTCTTGt > 1:3310595‑M2/12‑150 (MQ=255) gcaagcccgctGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAGGCCGCCACACCCAGCGCTGCGACGCTCATCGCCCAGATCAGCAACAGCCAACCCAGTCGCTGCCACAGCGGTTTCTTGt < 1:6711409‑M2/139‑1 (MQ=255) caagcccgctGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAGGCCGCCACACCCAGCGCTGCGACGCTCATCGCCCAGATCAGCAACAGCCAACCCAGTCGCTGCCACAGCGGTTTCTTGTc > 1:5379135‑M2/11‑150 (MQ=255) aagcccgctGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAGGCCGCCACACCCAGCGCTGCGACGCTCATCGCCCAGATCAGCAACAGCCAACCCAGTCGCTGCCACAGCGGTTTCTTGTCt > 2:5822823‑M2/10‑150 (MQ=255) 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GTGGAGCAGGTGGCGGCAACGCCCAAGTTCGTCATTCTGAAAGCCCGCAAGTAGGCGCGCCACCGCCCCCGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCTGTG‑CCATCTAGCGCGTTGCCTGCTTCGTGGGCAAGCCCGCTGCCGCTCTTTATCAGTGTGTGGTCAGGCCCGCCGCCCCCATGAACAGCCGCATCACACAGGCCGCCACACCCAGCGCTGCGACGCTCATCGCCCAGATCAGCAACAGCCAACCCAGTCGCTGCCACAGCGGTTTCTTGTCTTCCAAACCA > NC_002947/5278922‑5279219 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |