| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,312,038 | T→C | 5.5% | K185E (AAG→GAG) | csiR ← | DNA‑binding transcriptional repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,312,038 | 0 | T | C | 5.5% | 986.1 / 27.7 | 307 | K185E (AAG→GAG) | csiR | DNA‑binding transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (147/143); new base C (2/15); total (149/158) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.92e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
ATTCATCTAGCGGGCACCGATGCCTTCGGCGTGCATGATCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCTTGTGCCGC > NC_002947/3311889‑3312186 | aTTCATCTAGCGGGCACCGATGCCTTCGGCGTGCATGATCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCtt < 2:1579158/150‑1 (MQ=255)aTTCATCTAGCGGGCACCGATGCCTTCGGCGTGCATGATCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCtt > 1:4387244/1‑150 (MQ=255) aTCTAGCGGGCACCGATGCCTTCGGCGTGCATGATCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGagc < 2:70760/150‑1 (MQ=255) tAGCGGGCACCGATGCCTTCGGCGTGCATGATCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGagcgcc > 2:2768034/1‑150 (MQ=255) aGCGGGCACCGATGCCTTCGGCGTGCATGATCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGagcgcca < 2:5365019/150‑1 (MQ=255) gCGGGCACCGATGCCTTCGGCGTGCATGATCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGagcgccag > 2:4572536/1‑150 (MQ=255) cGGGCACCGATGCCTTCGGCGTGCATGATCTGCACAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGagcgccagc < 1:6751127/150‑1 (MQ=255) gggCACCGATGCCTTCGGCGTGCATGATCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGagcgccagcg > 1:3414224/1‑150 (MQ=255) gggCACCGATGCCTTCGGCGTGCATGATCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTCAagcgccagga < 1:5653945/150‑3 (MQ=255) gggCACCGATGCCTTCGGCGTGCATGATCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTCAagcgccagga < 1:1783597/150‑3 (MQ=255) gggCACCGATGCCTTCGGCGTGCATGATCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTCAagcgccagga < 2:3305588/150‑3 (MQ=255) gggCACCGATGCCTTCGGCGTGCATGATCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTCAagcgccagga < 1:3428894/150‑3 (MQ=255) gggCACCGATGCCTTCGGCGTGCATGATCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTCAagcgccagga < 2:5395637/150‑3 (MQ=255) ggCACCGATGCCTTCGGCGTGCATGATCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGagcgccagcgc < 1:6518493/150‑1 (MQ=255) ggCACCGAGGCCTTCGGCGTGCATGATCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGagcgccagcgc < 2:5167483/150‑1 (MQ=255) ggCACCAATGCCTTCGGCGTGCATGATCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGagcgccagcgc < 2:4440817/150‑1 (MQ=255) aTGCCTTCGGCGTGCATGATCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCTTGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCg < 2:6538110/150‑1 (MQ=255) aTGCCTTCGGCGTGCATGATCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCg > 2:1486759/1‑150 (MQ=255) ccTTCGGCGTGCATGATCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGaa > 1:3508820/1‑150 (MQ=255) ttCGGCGTGCATGATCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGaaaa > 2:4494930/1‑150 (MQ=255) cGGCGTGCATGATCGGCGCACTGCGCGGTACCGGTGGCATCAGGTGCGAGCGCAGCAGGGCGCTGGCGGTTTGGGCATCCCGGGCGAGGATCACCGCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAaca < 2:5883709/150‑1 (MQ=255) gCATGATCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCt > 2:6673350/1‑150 (MQ=255) gCATGATCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCt < 1:4900031/150‑1 (MQ=255) aTCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTc > 1:5477760/1‑150 (MQ=255) aTCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTc > 2:4683832/1‑150 (MQ=255) aTCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCAGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTc > 1:5941378/1‑150 (MQ=255) tCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCa < 2:6319270/150‑1 (MQ=255) tGCGCATTTATGGGTACGGGTGTCATCTGGTGCGAGCGCATCCGGGCGCTGGCGTTTTTGGCATCCCGGGCGAGTATCACCTCGACCTGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGc < 1:1424778/150‑1 (MQ=255) tCGGTACCGGTGTCATCTGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGc < 1:5998817/150‑1 (MQ=255) tCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGc > 1:4004052/1‑150 (MQ=255) tCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGc < 2:1219548/150‑1 (MQ=255) cGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCg > 1:4540486/1‑150 (MQ=255) cGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCg > 2:2598598/1‑150 (MQ=255) 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ccAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATgg < 1:4994646/150‑1 (MQ=255) aGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCa < 2:6380004/150‑1 (MQ=255) gTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAg > 2:5484521/1‑150 (MQ=255) ccGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTAt > 2:2343539/1‑150 (MQ=255) ccGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTAt > 1:3070872/1‑150 (MQ=255) cGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACaggta < 1:1085437/96‑1 (MQ=255) cGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACaggta > 2:1085437/1‑96 (MQ=255) cATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGa > 1:4774568/1‑150 (MQ=255) cATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGa > 1:1324623/1‑150 (MQ=255) gtCCTGGCGGTTGAGCGGCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGc < 1:541201/149‑1 (MQ=255) gcgcTGGCGCTCAAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGc > 2:3774746/4‑150 (MQ=255) cTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGc > 1:4852663/1‑150 (MQ=255) tCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGcc > 2:4084284/1‑150 (MQ=255) tCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGcc > 2:4377672/1‑150 (MQ=255) cTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCtt < 1:717248/150‑1 (MQ=255) cTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCtt > 1:4952823/1‑150 (MQ=255) cTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCtt > 2:5931279/1‑150 (MQ=255) tGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAgg > 2:6756744/1‑105 (MQ=255) tGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCTtg < 2:3177684/150‑1 (MQ=255) gcgcTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCTtgtg < 2:1830233/150‑1 (MQ=255) gcTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCTTGTGcc > 1:6296495/1‑150 (MQ=255) ttGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCTTGTGCCGc < 2:3564260/150‑1 (MQ=255) | ATTCATCTAGCGGGCACCGATGCCTTCGGCGTGCATGATCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCTTGTGCCGC > NC_002947/3311889‑3312186 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |