| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,344,122 | T→A | 6.1% | intergenic (‑132/+111) | PP_2935 ← / ← ybiT | membrane protein/ABC‑F family ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,344,122 | 0 | T | A | 6.1% | 729.8 / 29.5 | 249 | intergenic (‑132/+111) | PP_2935/ybiT | membrane protein/ABC‑F family ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (103/121); new base A (7/8); total (114/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.42e-01 | |||||||||||
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
TGGTTGTTGCGCGGTCATGGGCTCTTTCGCGGGCGGGCGGTTGGGCGTGGTCCCATCATGGCCGTTGCGCGAAGGAAAAGACAGCAGGCTAACGAATTATTCGTCGGGCCGTGCCGGTCGGTGGGATGGGGATGTACTCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCTCCCAAGGCCCCACAAGCGTCCAATACCTGTGCGGTCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCCGGCCATCCGAGATGGCCAGGCCGTCCCATCAATCAGACCAGCACACCCTGGCTACGCAGGTAGTCATCGTA > NC_002947/3343973‑3344271 | tGGTTGTTGCGCGGTCATGGGCTCTTTCGCGGGCGGGCGGTTGGGCGTGGTCCCATCATGGCCGTTGCGCGAAGGAAAAGACAGCAGGCTAACGAATTATTCGTCGGGCCGTGCCGGTCGGTGGGATGGGGATGTACTCTTCGCGGGCtt > 1:5134143/1‑150 (MQ=255)tGGTTGTTGCGCGGTCATGGGCTCTTTCGCGGGCGGGCGGTTGGGCGTGGTCCCATCATGGCCGTTGCGCGAAGGAAAAGACAGCAGGCTAACGAATTATTCGTCGGGCCGTGCCGGTCGGTGGGATGGGGATGTACTCTTCGCGGGCtt > 2:6761700/1‑150 (MQ=255) tcgctggccacgcgcatcatcgagctgtcggccgatggtgtggtggacttcagcggtacctacgatgactacctgcgtagccagggtgtgctggtctgattgatgggacggcctggccatctcggatggccgggcCTCTTCGCGGGCTTg > 2:3282315‑M1/136‑150 (MQ=255) 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TGCCCGCTCTCCCAAGGCCCCACAAGCGTCCAATACCGGTGCGGTCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCCGGCCATCCGAGATGGCCAGGCCGTCCCATCAATCAGACCAGCACACCCTGGCTACGCAGGTAGTCATCGTa > 2:5209605‑M1/1‑150 (MQ=255) | TGGTTGTTGCGCGGTCATGGGCTCTTTCGCGGGCGGGCGGTTGGGCGTGGTCCCATCATGGCCGTTGCGCGAAGGAAAAGACAGCAGGCTAACGAATTATTCGTCGGGCCGTGCCGGTCGGTGGGATGGGGATGTACTCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCTCCCAAGGCCCCACAAGCGTCCAATACCTGTGCGGTCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAGAGGCCCGGCCATCCGAGATGGCCAGGCCGTCCCATCAATCAGACCAGCACACCCTGGCTACGCAGGTAGTCATCGTA > NC_002947/3343973‑3344271 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |