| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 335,435 | C→T | 5.2% | intergenic (‑38/+166) | PP_0277 ← / ← PP_5437 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 335,435 | 0 | C | T | 5.2% | 968.7 / 24.3 | 304 | intergenic (‑38/+166) | PP_0277/PP_5437 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (142/145); new base T (14/2); total (157/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.53e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 316 total aligned reads displayed.
TGCCGGGGTGGTTCCAGCCCAGGTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGG > NC_002947/335286‑335584 | tGCCGGGGTGGTTCCAGCCCAGGTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGgcgc > 2:5332981/1‑150 (MQ=255)tGCCGGGGTGGTTCCAGCCCAGGTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGgcgc < 1:3126196/150‑1 (MQ=255) gggTGGTTCCAGCCCAGGTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGc > 2:3102128/1‑150 (MQ=255) ttCCAGCCCAGGTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAg < 1:3532590/150‑1 (MQ=255) tCCAGCCCAGGTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAgg > 1:118156/1‑150 (MQ=255) tCCAGCCCAGGTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAgg > 1:3298219/1‑150 (MQ=255) gCCCAGGTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTcgc > 1:842113/1‑150 (MQ=255) cccAGGTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTcgcg > 2:1502621/1‑150 (MQ=255) gTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCt < 2:1359231/150‑1 (MQ=255) ttGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTg < 1:5465678/150‑1 (MQ=255) ttGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTg < 1:2649875/150‑1 (MQ=255) tGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCACCAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTgg < 2:1322794/150‑1 (MQ=255) gCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGc < 1:6103401/150‑1 (MQ=255) cTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCg < 1:1486218/150‑1 (MQ=255) tGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCgg > 1:1005018/1‑150 (MQ=255) tGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCgg > 1:2534478/1‑150 (MQ=255) tGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCAGTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCgg > 2:3415951/1‑150 (MQ=255) gTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCggg < 1:2266645/150‑1 (MQ=255) ttGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACACCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGc > 2:1984850/1‑150 (MQ=255) tggggtggggCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCa < 1:715218/150‑1 (MQ=255) gggtggggCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAgc > 1:4523715/1‑150 (MQ=255) gggggggCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGGCAGGGCCAGGGCGCAGGTCAACAGGGCGCGGGGGGTGGCTCGGGTCCCGATGCTCAGGTCCGGGGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGGCGCGGGGCTGGCGGGCcgcg > 2:4972849/4‑150 (MQ=255) gtggggCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTC‑GGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAgcgcg > 2:5093304/1‑150 (MQ=255) ggCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGa > 1:6628285/1‑150 (MQ=255) gCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGAc > 1:4788649/1‑150 (MQ=255) gAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGt > 2:4550927/1‑150 (MQ=255) ggTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGACAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCCGCGCGCGACGTCa > 1:1228634/1‑150 (MQ=255) gTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCAc > 1:2188904/1‑150 (MQ=255) gTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCAc < 2:1555335/150‑1 (MQ=255) ccgccgGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACttt < 1:5196245/150‑1 (MQ=255) ccgccgGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACttt > 1:5656946/1‑150 (MQ=255) cgccgGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACtttt < 2:3780118/150‑1 (MQ=255) gccgGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACttttt < 1:1376932/150‑1 (MQ=255) 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gTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCct > 2:5446275/1‑150 (MQ=255) gtCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCgg < 2:21108/150‑1 (MQ=255) tCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCggg > 2:4430221/1‑150 (MQ=255) tCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCggg > 1:3611943/1‑150 (MQ=255) ccATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCCGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGt > 1:2702127/1‑150 (MQ=255) ccATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGt > 1:4286783/1‑150 (MQ=255) aTTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATTATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGa > 2:1837139/1‑150 (MQ=255) aTTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGa < 2:6038090/150‑1 (MQ=255) ttGTCGGTTCTTGCGAAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACCTCACATTTTAATGATGT‑GGGGGGGCGGATGATACCCCGTTGCGGGGGTGGAGCAGTAGCCGGGGGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGaa > 2:421140/1‑150 (MQ=255) ttGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑ggg > 2:4513914/1‑76 (MQ=255) gTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAAcc > 1:5854101/1‑150 (MQ=255) tCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTATAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAAccc < 1:5449177/150‑1 (MQ=255) gcGGTTCTGGCGCCCCGCCAGACGGGCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAAccc < 2:5204321/149‑1 (MQ=255) ggTTCTGGCGCCACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGc < 1:4127447/150‑1 (MQ=255) ggTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGc < 2:2188904/150‑1 (MQ=255) cttCTGGCGTTGCGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTTGGGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTgg < 1:1628888/123‑1 (MQ=255) 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gcgcAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTaca < 1:3743561/150‑1 (MQ=255) | TGCCGGGGTGGTTCCAGCCCAGGTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGG > NC_002947/335286‑335584 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |