Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 335,436 | A→T | 5.0% | intergenic (‑39/+165) | PP_0277 ← / ← PP_5437 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 335,436 | 0 | A | T | 5.0% | 1010.8 / 25.9 | 308 | intergenic (‑39/+165) | PP_0277/PP_5437 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (145/141); new base T (14/2); total (159/149) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.01e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 312 total aligned reads displayed.
GCCGGGGTGGTTCCAGCCCAGGTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGG > NC_002947/335287‑335585 | tggtTCCAGCCCAGGTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAg < 1:4330874/150‑1 (MQ=255) gtTCCAGCCCAGGTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGTTGCGCCAGaa < 2:3305347/150‑1 (MQ=255) gtTCCAGCCCAGGTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGaa < 1:6370230/150‑1 (MQ=255) ttCCAGCCCAGGTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAg > 2:2772235/1‑150 (MQ=255) tCCAGCCCAGGTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAgg > 1:118156/1‑150 (MQ=255) cAGCCCAGGTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTc > 2:1530041/1‑150 (MQ=255) cAGCCCAGGTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTc < 2:2286070/150‑1 (MQ=255) gCCCAGGTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTcgc > 1:842113/1‑150 (MQ=255) aGGTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCgggg < 1:4935376/150‑1 (MQ=255) ggTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGc < 1:3751515/150‑1 (MQ=255) gTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCt < 2:1359231/150‑1 (MQ=255) ttGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTg < 1:2649875/150‑1 (MQ=255) tGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCACCAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTgg < 2:1322794/150‑1 (MQ=255) gCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGc < 1:6103401/150‑1 (MQ=255) cTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCg < 1:1486218/150‑1 (MQ=255) tGTTGGGGTGGGGCGATGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCgg > 2:3082646/1‑150 (MQ=255) tGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTTAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCgg < 1:4997143/150‑1 (MQ=255) tGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCgg > 1:2534949/1‑150 (MQ=255) tGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCgg < 1:2208807/150‑1 (MQ=255) tGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCgg > 1:1005018/1‑150 (MQ=255) gTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCggg > 2:3220302/1‑150 (MQ=255) tggggtggggCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCa < 1:715218/150‑1 (MQ=255) gggggggCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGGCAGGGCCAGGGCGCAGGTCAACAGGGCGCGGGGGGTGGCTCGGGTCCCGATGCTCAGGTCCGGGGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGGCGCGGGGCTGGCGGGCcgcg > 2:4972849/4‑150 (MQ=255) gtggggCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTC‑GGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAgcgcg > 2:5093304/1‑150 (MQ=255) gggCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGcgcgcg > 1:5455803/1‑150 (MQ=255) ggCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGa < 1:4665521/150‑1 (MQ=255) ggCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGa > 1:6628285/1‑150 (MQ=255) ggCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGa > 1:4972005/1‑150 (MQ=255) gAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGt < 1:1602800/150‑1 (MQ=255) gAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGt > 2:4550927/1‑150 (MQ=255) ggTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGACAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCCGCGCGCGACGTCa > 1:1228634/1‑150 (MQ=255) ccgccgGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACttt < 1:5196245/150‑1 (MQ=255) ccgccgGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACttt > 1:5657261/1‑150 (MQ=255) gccgGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACttttt < 1:1376932/150‑1 (MQ=255) cgGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTaa < 2:4882318/150‑1 (MQ=255) ggCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGACTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAAt > 1:1108150/1‑150 (MQ=255) gcAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGAt > 2:1157754/1‑150 (MQ=255) cGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑ggg < 2:3743958/150‑1 (MQ=255) cGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑ggg < 1:3862568/150‑1 (MQ=255) cGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑ggg < 2:4293837/150‑1 (MQ=255) ggTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCCGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑gggg > 2:1773100/1‑150 (MQ=255) ggTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑gggg > 2:653405/1‑150 (MQ=255) tCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGCTTT‑gggggg > 2:5319140/1‑150 (MQ=255) agggccagggcGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGc < 1:5538529/150‑1 (MQ=255) ggccagggcGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCgg < 2:4445240/150‑1 (MQ=255) ccagggcGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGgat < 2:253200/150‑1 (MQ=255) ccagggcGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGgat < 1:6040279/150‑1 (MQ=255) agggcGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGgatga < 2:5550312/150‑1 (MQ=255) agggcGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGgatga > 2:4753168/1‑150 (MQ=255) cGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATaca < 2:4685880/150‑1 (MQ=255) cGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATaca > 1:6539125/1‑150 (MQ=255) aaGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑TGGGGGGCGGATGATACAcc < 2:6198/150‑1 (MQ=255) gTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGtt < 2:128276/150‑1 (MQ=255) cAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGc > 1:2822254/1‑150 (MQ=255) aaCAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACCCCGTTGCg > 2:6777325/1‑150 (MQ=255) aaCAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCg > 1:5083868/1‑150 (MQ=255) aaCAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGATGCg > 2:331757/1‑150 (MQ=255) aGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCgggg > 1:1749172/1‑150 (MQ=255) aGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCgggg > 1:3424264/1‑150 (MQ=255) gggCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGGCGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGGTGCggggg > 2:2962442/1‑150 (MQ=255) gcgggggTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCAGTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGa < 2:4174403/148‑1 (MQ=255) gAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCAGGCGCAACGCCAGAAGGACGCGGGGCTGCCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTA‑GGGGGGGCCGAAGATACACCGTAGCGGGggagga > 2:4802478/1‑150 (MQ=255) gggggTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGc < 2:5031145/150‑1 (MQ=255) ggggTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCGATTGTCGGTTCTGGGGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGGTGGGGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATCGACCGTTGCGGGGGTgagatc > 2:106473/1‑145 (MQ=255) ggTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCGGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTACTGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCAtt < 2:6397567/150‑1 (MQ=255) ttGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACACCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAg < 1:1984850/150‑1 (MQ=255) tGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGc < 2:5273922/150‑1 (MQ=255) cTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCtt < 2:2460875/150‑1 (MQ=255) cTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGAGTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGccgt > 1:2396138/1‑148 (MQ=255) cGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTtgt < 1:6792282/150‑1 (MQ=255) cGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAAGGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTtgt < 1:3519468/150‑1 (MQ=255) gggTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTtgtg < 2:5189068/150‑1 (MQ=255) ggTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTgtgt > 1:3549580/1‑150 (MQ=255) aCGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTc > 1:5641947/1‑150 (MQ=255) gctGCTCAGGTCCGGTGGTCCAGTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTg < 2:3589908/148‑1 (MQ=255) gATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGCGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTg < 2:2118178/150‑1 (MQ=255) ggCTCAGGGCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGt < 2:2389110/149‑1 (MQ=255) gCTCTGGTCCGGTGGTCCAGTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTGGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTa < 2:3947395/150‑1 (MQ=255) tctggTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATg < 1:3688008/147‑1 (MQ=255) tCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCGTGTGTTGTCTGGTATg > 1:4017740/1‑150 (MQ=255) gTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCct > 2:5446275/1‑150 (MQ=255) tCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCctc < 2:5813870/150‑1 (MQ=255) ccGGTGGTCCATGGTCGGTTCGGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCGGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCctct < 2:345237/150‑1 (MQ=255) gtggtCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTcg > 1:4822253/1‑150 (MQ=255) gtCCAGTGTCGGTTCTGGCGCACCGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTACTGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCgg < 2:21086/150‑1 (MQ=255) tCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCggg > 2:4430221/1‑150 (MQ=255) ccATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCCGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGt > 1:2702127/1‑150 (MQ=255) cATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTg > 1:4212568/1‑150 (MQ=255) aTTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGa < 2:6038090/150‑1 (MQ=255) aTTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCGTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGa > 2:1837143/1‑150 (MQ=255) ttGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑ggg < 1:4513914/76‑1 (MQ=255) ttGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑ggg > 2:4513914/1‑76 (MQ=255) gTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAAcc > 1:5854101/1‑150 (MQ=255) cttCTGGCGTTGCGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTTGGGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTgg > 2:1628888/2‑124 (MQ=255) cttCTGGCGTTGCGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCt > 2:6819026/2‑150 (MQ=255) ttCTGGCGTTGCGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTc > 1:3243368/1‑150 (MQ=255) ttCTGGCGTTGCGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTc > 1:6214113/1‑150 (MQ=255) ttCTGGCGTTGCGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTc > 1:5945685/1‑150 (MQ=255) tGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTTTGTTGTCTGGTAAGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTa > 1:1460533/1‑150 (MQ=255) gcAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACg > 2:1459183/1‑150 (MQ=255) | GCCGGGGTGGTTCCAGCCCAGGTTGCTGTTGGGGTGGGGCGAGGTGCCGCCGGCGCAGCCGGTCAGGGCCAGGGCGAAGGTCAACAGGGCGAGGGGGTTGGCTCGGGTCACGATGCTCAGGTCCGGTGGTCCATTGTCGGTTCTGGCGCAACGCCAGAAGGTCGCGGGGCTGGCGGGCAGCGCGCGACGTCACTTTTTAATGATTT‑GGGGGGGCGGATGATACACCGTTGCGGGGGTGGAGCATTAGCCTTGTGTTGTCTGGTATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGGG > NC_002947/335287‑335585 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |