| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,412,791 | C→T | 5.7% | L182L (CTG→TTG) ‡ | PP_3020 → | serine/threonine protein phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,412,791 | 0 | C | T | 5.7% | 768.8 / 22.4 | 243 | L182L (CTG→TTG) ‡ | PP_3020 | serine/threonine protein phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (104/125); new base T (8/6); total (112/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
TGGTAGGCCTGCTGCATGCAGACAGCCCGTTTGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGCCCCGGGCCAGATGCA > NC_002947/3412642‑3412940 | tGGTAGGCCTGCTGCAAGCAGACAGCCCGTTTGCCGACTGGACAGACATACGCTCCTGGCTGCAACTGGAAGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGcc > 1:272386/1‑150 (MQ=255) gTAGGCCTGCTGCATGCAGACAGCCCGTTTGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGACAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCCTg > 2:5760846/1‑150 (MQ=255) gTAGGCCTGCTGCATGCAGACAGCCCGTTTGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCCTg > 2:5537832/1‑150 (MQ=255) 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gggACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGcaac > 1:4598262/1‑150 (MQ=255) gACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGcaacaa < 2:4678383/150‑1 (MQ=255) gACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGcaacaa < 2:685599/150‑1 (MQ=255) cacCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGt < 1:5877043/150‑1 (MQ=255) cAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGc > 2:6050045/1‑150 (MQ=255) ccgaccagCAGGGCTCGCAGGCACTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGcc > 2:5423812/8‑150 (MQ=255) aaCCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGcc > 2:2158623/1‑150 (MQ=255) aCCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGccc > 1:1551685/1‑150 (MQ=255) ggTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGCCCCgg < 1:3239004/150‑1 (MQ=255) ccagCAGGGCTCGCAGGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGCCCCgg > 1:986202/4‑150 (MQ=255) tGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGCCCCGGGc < 1:2226019/150‑1 (MQ=255) gCAGGGCTCGCAGGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGCCCCGGGcc > 1:6128325/1‑150 (MQ=255) gCAGGGCTCGCAGGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGCCCCGGGcc > 2:5457359/1‑150 (MQ=255) gCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGCCCCGGGcc < 1:5490805/150‑1 (MQ=255) gCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGCCCCGGGcc < 1:6164892/150‑1 (MQ=255) cAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGCCCCGGGCCa < 1:824190/150‑1 (MQ=255) gggCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTgg < 1:5526551/88‑1 (MQ=255) ggCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGCCCCGGGCCAGAt > 2:4540880/1‑150 (MQ=255) ccTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGCCCCGGGCCAGATgc > 1:4903863/1‑150 (MQ=255) cTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGCCCCGGGCCAGATgca < 1:6022634/150‑1 (MQ=255) cTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGCCCCGGGCCAGATgca < 1:5718528/150‑1 (MQ=255) cTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGCCCCGGGCCAGATgca > 2:1425580/1‑150 (MQ=255) | TGGTAGGCCTGCTGCATGCAGACAGCCCGTTTGCCGACTGGACAGACTTACGCTCCTGGCTGGAACTGGATGACGACCCTGAAGTGCGCCAAGTGTGCCAGTGGTCGCGTCGGCGCCTGAAAGAGGGGGACACCCAACCGGTGCAGGGCCTGCGAGCCCTGCTGGTCGGCCACACCCCGGTGCTGGAGGCCAAGCTGCTGGGCAATGTGTGGCACCTGGACACGGGGGGCTGGGCCAGCGGCCATTTCACCTTGGTCGACATGCGCACCTTGCAACAAGTCAGCCCCGGGCCAGATGCA > NC_002947/3412642‑3412940 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |